郑刚教授:非编码基因组在心血管疾病中的临床意义(下篇)
我们需要探索全基因组分析;下一代测序和动物模型研究将探索更多关于未知ncRNA的信息。我们可以关注ncRNA在人类、细胞和组织特异性调节中的保守性质。此外,我们可以专注于循环ncRNA体液,包括血清、血浆和尿液,这些体液可用于根据心血管疾病患者的临床体征和症状进行诊断、预后和治疗。CircRNA可能对诊断和预后更有效。因此,nc...
NCB | 黄韵/周育斌团队揭示TET2选择性调控DNA去甲基化与基因转录...
模式图:TET2通过LCI结构域形成液态凝聚体,并和增强子相关蛋白(UTX,MLL4)形成共凝聚体,从而确保其精确的基因组定位(如增强子区域)和特定位置的选择性DNA去甲基化。缺失或破坏LCI结构域的完整性导致TET2无法有效形成液态凝聚体,进而失去准确的基因组定位,从而引发全基因组不受控制的去甲基化,引发癌细胞的死亡。(Credit:...
单碱基编辑器比“基因剪刀”还好用
传统方法主要依赖蛋白质的一级序列信息通过序列保守性比对和分类来实现对新蛋白的筛选。然而,这种方式忽略了影响蛋白功能的关键因素——蛋白质的三维结构。近年来,随着AlphaFold2等人工智能技术的发展,能够快速预测给定蛋白序列的三维结构,通过规模化分析和分类蛋白结构,极大地推动了新功能蛋白的挖掘效率。“本研究利用Alp...
Nat Genet | 利用饱和基因组编辑分析抑癌基因BAP1编码序列中99%的...
在与临床数据进行比较之前,研究团队检测了每个变异的功能得分和功能分类的可重复性,通过比较独立基因组编辑实验的LFC值。总体而言,81%的变异(14,624/18,108)分别使用文库A和文库BHDR模板进行分析,LFC值的相关性接近线性(图4)。当使用文库A或文库BLFC和FDR计算功能分类时,变异分类的一致性为90%(13,106/14,62...
【文献解读】利用Cas12a敲除技术探索跨物种lncRNA功能保守性
比较序列分析可以为剖析lncRNA的进化和功能提供有用的信息,通过序列分析可以寻找功能保守的lncRNA,然而绝大多数lncRNA显示出很少的序列相似性,lncRNA进化和蛋白质编码基因进化具有本质上的不同,因此迫切需要一种识别远缘物种lncRNA同源物的创新策略。一、候选lncRNA同源物的同源性鉴定及coPARSE-lncRNA进化同源物的鉴定...
微生物组-宏基因组分析专题研讨会 (2024.11,线下+线上)
一、分析平台搭建“工欲善其事必先利其器”,没有自己的分析平台,想分析大数据,那怎么能行(www.e993.com)2024年10月17日。宏基因组数据量极大,前期原始下机的大数据想在自己本本上处理还是有难度的。好在现阶段一般的高校、科研院所、课题组都有自己的服务器,即使没有服务器,也可以租用国内的阿里云、腾讯云等服务。现在分析条件拥有了,如何把...
突破性技术:基因测序进入私人定制时代
在个人基因组测序速度越来越快,成本越来越低时,研究人员提出了新的挑战:单细胞测序。传统的测序一般需要提取数万个细胞中的DNA或者RNA进行测序,常常会对人体细胞的多样性理解产生偏差。而单细胞测序,类似于前文所提的“单细胞分析”技术,是在单个细胞层面进行测序和解析基因组,实现了细胞多样性的表征。
2024诺贝尔生理学或医学奖 | microRNA:揭开细胞发育之谜|microrna...
图5:let-7RNA表达的进化保守性及microRNA的总体演化。左图:动物的进化树,突出显示了存在可检测到的let-7microRNA表达的分支(+)或未检测到表达的分支(-)。在没有早期阶段表达,但在成年阶段表达let-7RNA的物种以”Dev.“标记(Pasquinelli等,2000)。右图:microRNA基因在多细胞生物基因组中演化和扩展超过5亿...
我科学家发现调控寿命的新基因
代方银介绍,叉头框蛋白O是目前已确定的少数几个人类长寿基因之一,能调节与衰老相关的途径从而影响寿命。然而,介导这些影响的靶点暂不明确。对此,研究团队首先查明,叉头框蛋白O在不同模式动物间的二级结构具有较高保守性,这为利用家蚕筛选叉头框蛋白O靶基因提供了依据。
广州健康院王杰课题组开发跨物种单细胞组学数据分析的新工具CACIMAR
CACIMAR的保守性分析主要包含三个步骤(图1)。第一步,CACIMAR基于每个物种内的单细胞聚类结果确定每个物种的细胞类型、标志基因、细胞内调控和细胞间相互作用。该策略不用进行跨物种的单细胞聚类,有效避免了跨物种的批次效应。第二步,基于标志基因的统计值(statisticalpower)和物种同源性(homolog),CACIMAR计算...