FSHW | 口服凝结芽孢杆菌TQ-35可缓解OVA敏感BALB/c小鼠的过敏反应
为了研究系统发育关系,通过将门水平上操作分类单元(OTU)序列的碱基差异与单个OTU序列的物种注释信息相结合,构建了一个物种进化树,如图6A所示。如图6B所示,在肠道菌群丰度最高的10个门级中,治疗组的杆菌和γ变形杆菌比例低于致敏组。但梭状芽胞杆菌和拟杆菌的百分比有所增加。研究发现用两歧双歧杆菌口服治疗的OVA致敏BALB...
猫源败血波氏杆菌的分离鉴定及致病性研究|细菌|菌株|毒力|阴性|病...
图3.基于16SrRNA序列的进化树2.3生化鉴定试验结果分离菌株GZ2303株与标准株JQ051012的生化反应结果进行对照相符合,不分解糖类,葡萄糖、麦芽糖、蔗糖、乳糖、半乳糖、鼠李糖、阿拉伯糖、甘露糖、三糖铁、肌醇、山梨醇、甘露醇均为阴性;明胶、硫化氢、MP、VP、靛基质为阴性;能产生氧化酶、脲酶;能还原硝酸盐;...
...江苏海洋大学刘姝副教授等:产黑芥子酶鞘氨醇杆菌属菌株RJ35的...
2、产黑芥子酶菌株RJ35的鉴定将菌株RJ35在LB固体培养基上划线,37℃培养1d后观察形态,菌落平滑、圆形、浅黄色,湿润(图2a)。菌株RJ35革兰氏阴性、杆状(图2b)。对菌株RJ35进行分子生物学鉴定,利用菌株RJ35的16SrDNA序列构建进化树,表明菌株RJ35与鞘氨醇杆菌亲缘关系最近,鉴定菌株RJ35为鞘氨醇杆菌(图3)。...
鸡蛋壳表面典型菌株的分离鉴定及其对全蛋液致腐能力分析
将菌株A~E的基因序列与GenBank内已知菌株的相应序列进行比对,选取BLAST结果中得分较高菌的16SrDNA序列,使用MEGA5.2.1软件根据Neighbor-Joining进行系统进化树分析,结果如图5所示。根据供试细菌16SrDNA序列构建的系统发育树可以看出,分离得到菌株A、B、C与芽孢杆菌属(Bacillus)遗传距离最近,均属于芽孢杆菌属,其中菌...
微生物组数据分析:近期有哪些值得关注的新方法新工具?
①开发了GEN-ERA工具箱,专为细菌和小型真核生物比较基因组学设计,无需任何安装,允许下载、组装和储存(宏)基因组数据;②GEN-ERA还提供了同源推断、分类树重建、核苷酸序列比较和代谢建模等流程;③在早期分支蓝藻的18个基因组数据集上测试,可提供最新的Gloeobacterales(蓝藻细菌进化树中第一个分化群体)系统基因组...
余方友教授团队最新发表:中国分离的与血流感染相关的ST45型高毒力...
表2SCCmecIV型和V型ST45菌株的药敏结果为了探究我国分离的ST45克隆型MRSA的进化关系,本研究纳入全球308株ST45型金黄色葡萄球菌的基因组,开展了核心SNP系统发育分析(图1)(www.e993.com)2024年10月19日。结果表明,27株ST45分离株在系统进化树上处于两个不同的分支,SCCmecIV型菌株所在分支与我国台湾地区的12株、丹麦的1株以及来源未知的2株...
现代大肠杆菌中表达古代蛋白,逆向工程如何帮助我们理解生物进化
最独特的第八株大肠杆菌菌株(其它蛋白质发生了进化的菌株),已经帮助研究人员们更好的了解了EF-Tu蛋白在细胞中发挥的作用。通过对适应古代版本EF-Tu的蛋白质进行筛查,Kacar及合作者们已经能够确定EF-Tu的新结合伴侣。Fournier说道:“Betul的工作最令人着迷的一点就是突变筛选如何识别新的相互作用伴侣蛋白”。
综述| 结核分枝杆菌全基因组测序数据分析方法与应用进展
在准确识别近期传播簇的基础上,可以进一步结合分子进化方法推测其内部的传播网络(传播链),常用的软件有SeqTrack和TransPhylo等。SeqTrack是最早的使用整体传播树的构建对研究的样本群体进行传播网络推断的工具之一,TransPhylo则是在此基础上加入了对流调信息的分析,综合考虑菌株在宿主体内的进化情况,从而对传播网络进行推断...
制作面包 驯化酵母 研究揭示人类对真菌进化有重要影响
他们使用流式细胞仪分析了每个菌株的染色体组数量,并使用微卫星标记分析了二倍体和四倍体的遗传多样性。随后,Sicard和同事分析了17种烘焙酵母菌株和《自然》杂志2018年发表的研究中描述的1011种其他酿酒酵母菌株的新测序基因组,最终创建了一个系统进化树,并绘制了拷贝数的变化图。
6月,最值得看的30篇肠道健康文献!|热心肠日报
①开发具有菌株分辨率的微生物高通量单细胞测序方法Microbe-seq,该方法结合了基于液滴的微流控技术和专有的生信分析流程,能从复杂菌群中获得单个细菌的基因组信息;②用该方法分析人肠道菌群样本,得到21914个单细胞微生物基因组信息,组装出76个物种水平基因组(52个为高质量),发现10个物种含有多个菌株,并组装了菌株...