Genome Biol | 杨力组开发基于深度学习的计算分析框架实现RNA测序...
DEMINING流程首先通过严格的筛选标准去除转录组数据中的测序和比对错误(图1a),然后将获得的高可信度(DNA和RNA)突变位点信息作为输入,通过搭建的深度学习模型DeepDDR实现DNA突变和RNA编辑的精准区分(图1b)。在DeepDDR模型的训练过程中,研究团队从403个配套的RNA测序和DNA测序数据集中提取了122,872个高可信度的RNA编辑...
Genome Biol | 突破传统直接RNA测序局限!新方法可同时检测多类...
标准的直接RNA-seq方法依赖于poly(A)选择,可对poly(A)转录组(主要是mRNA)进行测序,但无法有效检测没有poly(A)尾的短ncRNA。为改善这一局限性,同时保持对poly(A)转录组进行测序的能力,研究团队开发了一种名为NERD-seq的非编码富集RNA直接测序方法(图1)。该方法利用柱基大小富集将总RNA分为长RNA和短RNA两部分...
中科院动物所金坚石组综述16S rRNA基因扩增子测序技术的前世今生
目前广泛使用的16SrRNA基因扩增子测序方法都是基于下一代测序和单分子测序技术,以低成本进行高通量的分析。然而,由于这些方法存在较大的测序和扩增错误,使得正确识别16SrRNA基因序列变得困难。为了纠正测序与扩增错误,近几十年来开发了一系列方法,包括序列聚类法、统计分析去噪以及分子条形码标记法。首先是序列聚类...
华大集团发布纳米孔基因测序新品,CEO尹烨:未来测序成本有望降至10...
该产品填补了国内纳米孔测序领域高通量芯片的空白,可应用于数据通量需求更高的应用场景,比如大基因组、人基因组重测序、全长转录组测序和表观遗传学检测等。在性能参数方面,两款纳米孔测序仪的测序读长均覆盖百bp至Mbp(1Mbp等于10的6次方)级别的读长范围,可满足从基础科研到复杂疾病研究的广泛需求;在测序时长...
华大集团发布纳米孔基因测序仪,成全球唯一拥有三种不同技术路径...
它可应用于数据通量需求更高的应用场景,比如大基因组、人基因组重测序、全长转录组测序和表观遗传学检测等。WY01的出现,填补了国内纳米孔测序领域高通量芯片的空白,多项关键性能处于全球领先的水平,它可加速疾病研究和诊断,促进跨学科研究合作,支持生物多样性和生态学研究。如果说WT02可以被喻为“全公路越野车”...
福建医科大学孟超肝胆医院单细胞转录组测序试剂盒采购项目公开...
福建医科大学孟超肝胆医院单细胞转录组测序试剂盒采购项目招标项目的潜在投标人应在福州市鼓楼区鼓东街道湖东路79号外运大厦7层福建盛鑫招标代理有限公司办公区报名处获取招标文件,并于2024年09月14日09点30分(北京时间)前递交投标文件(www.e993.com)2024年10月18日。一、项目基本情况...
Cell子刊 | 定制化、低成本的高分辨率纳米图案空间转录组学平台...
最后,研究团队比较了Nova-ST与其他基于测序的空间转录组学技术的性能。首先,在控制测序深度的情况下,将Nova-ST与其他方法进行比较发现,Nova-ST文库与Stereo-seq文库在映射百分比和注释读数方面具有相似的指标(Nova-ST83.51%和73.04%vs.Stereo-seq77.9%和62.55%)。不过,Nova-ST具有...
北京医院张瑞团队:首次揭示真实世界多中心转录组测序的研究结果
转录组测序(RNA-seq)为探索全球表达模式,以及识别可变剪接事件,拓宽了新途径。转录组学数据的差异表达分析,能够全基因组鉴定与感兴趣的生物学条件相关的基因或亚型表达变化。这极大地促进了疾病诊断生物标志物的发现、预后和治疗选择。这些证据有助于RNA-seq在临床常规中的应用。
Nature Methods | 全面评估长读长RNA测序:揭示转录组分析新前沿
为了评估长读长方法在转录组分析中的有效性,长读长RNA测序基因组注释评估项目(Long-readRNA-SeqGenomeAnnotationAssessmentProject,LRGASP)应运而生。该项目通过使用不同的测序协议和平台,生成了超过4.27亿条来自人类、小鼠和海牛物种的长读长序列数据。这些数据集包括从互补DNA(cDNA)和直接RNA数据集中提取的长...
【CSCB2024】分会场回顾之重大疾病单细胞转录组与空间转录组分会场
廖奇教授团队基于单细胞转录组测序技术,对不同方法治疗后的患者的组织样本进行了单细胞图谱解析,系统刻画了食管鳞癌患者肿瘤上皮细胞和肿瘤微环境对新辅助治疗耐受的机制,为食管鳞癌精准治疗方案的建立提供了重要支撑。四川大学华西医院的郭安源教授就《肿瘤生物信息学——免疫治疗药物预测及CAR-T单细胞》进行了报告。