更有效地解析和设计蛋白质

可以说蛋白质预测和蛋白质设计的方向是相反的。蛋白质预测是从一个自然界中已知蛋白的氨基酸序列,来预测这个蛋白质折叠的三维结构;蛋白质设计则是先设计出一个三维结构,通常希望这个三维结构具有某种功能,然后再去找与它可能匹配的氨基酸序列,再通过实验把这种蛋白质结构合成出来。三联生活周刊:有没有某种蛋白质因为结...

...新进展:细胞定向迁移调控分子动力学机制及其功能的结构基础解析

该研究团队最新研究揭示:ACAP4蛋白含有一个特异的BAR(Bin,Amphiphysin,andRSV161/167)结构域,表皮生长因子通过磷酸化BAR结构域中第34位酪氨酸、促进了ACAP4蛋白与细胞膜的结合,从而调控ARF6GTP/GDP循环的时空动力学特征,确定细胞迁移的方向性。该研究为解析磷酸化修饰ACAP4蛋白在不同微环境中调控肿瘤细胞转移可...

“阿尔法折叠2”预测蛋白结构近原子水平

比赛用的蛋白质会先用实验方法解析出来,但具体结果不会公开。比赛中,“阿尔法折叠2”预测的大部分结构达到了空前的准确度,不仅与实验方法不相上下,还远超解析新蛋白质结构的其他方法。将实验方法得到的蛋白质结构叠加在“阿尔法折叠2”的结构上,组成蛋白质主链骨架的叠加原子之间的距离中位数(95%的覆盖率)为0.96埃...

中国科学技术大学结合计算预测和设计揭示无序蛋白结构域的靶标...

系统研究了位点突变和截短对互作的影响,发现实验结果与AlphaFold2预测的α/β型复合物结构模型吻合;作者进一步用蛋白质序列设计深度学习模型ABACUS-R基于结构设计了多个突变体,成功获得一个突变体的晶体并解析了其结构。

中国科大建立新的蛋白质从头设计方法

图1.用SCUBA模型进行蛋白质设计的原理。(a)SCUBA主链能量面上的极小对应了蛋白质的可设计主链结构,即特定氨基酸序列下的最低自由能结构;(b)SCUBA中用神经网络表示的统计能量项;(c)和(d)用近邻计数(NC)-神经网络(NN)方法从蛋白质结构原始数据中学习解析能量函数的方法框架。

蛋白质分子结构技术解析

蛋白质分子结构技术的发展已经允许科学家以原子级别的精确度来解析蛋白质的结构(www.e993.com)2024年11月24日。这些技术的使用对于理解蛋白质的功能、药物设计、以及生物化学研究至关重要。以下是几种最常用的蛋白质分子结构解析技术:一、X射线晶体学(X-rayCrystallography)X射线晶体学是一种能够解析蛋白质详细原子结构的技术。这项技术依赖于蛋...

AI 对科学探索推动的边界在哪?蛋白质、气象等领域专家共话AI4S |...

1.理性设计/半理性设计:通过结构解析和氨基酸改造来优化蛋白质性能,但耗时长且改造区域受限;2.定向进化:通过高通量随机突变和筛选找到符合应用需求的蛋白,但成本高、耗时长且效率低。Alphafold的出现在结构预测方面取得了重大突破,但并未解决蛋白质功能问题。蛋白质工程的核心挑战在于庞大的蛋白质突变空间,有效突变...

Nature | 不止蛋白质结构!AlphaFold3可高精确度预测生物分子结构...

准确预测的生物分子复合物结构,对于人们理解细胞功能和开发合理治疗方法至关重要。随着AlphaFold的发展,人们在蛋白质的结构预测方面已经取得了巨大的进步,AlphaFold2使得蛋白结构预测达到实验层面的精度,此外,在AlphaFold2思想和技术基础上开发的一系列新算法和研究新进展也使这一领域得到了长足发展。AlphaFold在问世不久后,...

“阿尔法折叠3”来了极大提升对蛋白质—分子结构的预测能力

阿尔法折叠3通过准确预测蛋白质、DNA的结构以及它们如何相互作用,改变了人们对生物世界和药物发现的理解。图片来源:深度思维/IsomorphicLabs《自然》8日报道了结构生物学最新进展——阿尔法折叠3的问世。它能以高准确率预测蛋白质与其他生物分子相互作用的结构。这种用计算机解析蛋白质与其他分子复杂相互作用的能力,将...

Nature Methods | 提高生物大分子成像分辨率:电喷雾技术在cryo-EM...

蛋白质结构解析Cryo-EM在蛋白质结构生物学中的应用非常广泛,尤其适用于那些难以通过X射线晶体学或核磁共振(NMR)技术解析结构的大分子和复杂体。它可以揭示蛋白质的三维结构,帮助研究人员理解其功能和生物化学性质。病毒学研究在病毒学领域,cryo-EM能够详细描绘出病毒颗粒的结构,包括其表面蛋白和遗传物质的排列。