大家之言|唐振平:水环境微塑料中细菌的定殖规律及生态风险

首先,基于NMDS分析、典型关联分析(CCA)、PCoA和冗余分析(RDA),盐度已被证实为影响海洋细菌组分的最重要因素之一。其次,研究基于NMDS、CCA和PCoA等相关性分析证明,温度会显著影响海洋MPs表面细菌定殖。再者,营养基质(有机物)可影响细菌群落在MPs表面的定殖能力,尤其是低营养水平更能促进细菌附着于MPs表面,但目前仍缺乏...

微生物组-扩增子16S分析和可视化(2024.10)

有监督的主坐标轴分析(CCA/RDA),展示组间差异,anovaa统计DESeq/edgeR/t.test/wilcoxon统计组间差异,计算Pvalue和FDR热图、曼哈顿图、火山图展示两组间比较差异分类单元、OTU/ASV韦恩图、三元图、网络图展示两组及多组间相同与不同五、功能预测和机器学习学习PICRUSt分析原理、常用结果展示样式及文章解读。

科研丨成中医&成中医附属医院: 靛蓝和靛玉红通过加强肠道屏障功能...

采用Spearman相关性分析以探讨肠道菌群与其他病理异常之间的关系。基于RDA/CCA分析(图7(a)-7(c)),拟杆菌与ILC2、IL-12、TNF-α、IL-17A、IFN-γ和FITC-葡聚糖渗透性呈正相关,与巨噬细胞、ILC3、E-cadherin、occludin和ZO-1呈负相关。乳杆菌与IL-12、E-cadherin、occludin和ZO-1呈正相关,与IFN-γ、IL-17...

IF 21.1|基因组所刘永鑫/南农袁军发布微生物组R语言分析的最佳实践

vegan不仅可以进行Alpha多样性分析,还提供了一些其他功能,例如rda()函数用于主成分分析(PCA)和冗余分析(RDA),cca()函数用于对应分析(CA)和典型对应分析(CCA),decorana()函数用于决策曲线分析(DCA),metaMDS()函数用于行微生物组排序分析的非度量多维尺度分析(NMDS)(代码3B)。stats包中的prcomp()函数可用于主成分分...

宏基因组学技术与微生物群落多样性分析方法

冗余分析(RDA)与典范对应分析(CCA)是2种典型的解释性排序方法。RDA可看作是PCA排序的一种拓展,加入解释变量后使得排序轴(主成分)被约束为解释变量的线性组合。同PCA类似,RDA也不适合于处理样本覆盖梯度长的数据集。CCA是RDA不适用的情况下更好的选择,利用解释变量约束响应变量后进行对应分析的典范形式。

美格云平台上线10款实用绘图小工具啦!

美格基因云工具本次将上线10款实用小工具，包括动态绘图——堆砌柱状图、Venn图、PCA、PCoA、NMDS、RDA和CCA，静态绘图——LEfSe，表格处理——删除缺失值及数据库注释——KEGG注释，所有小工具均可自行上传表格或序列，再对个别参数进行简单设置后运行即可生成个性化结果，简单易操作，绘图快人一步！优势分析01、可...

科研| 沈阳农大:土壤细菌和真菌群落对葡萄长期单一栽培的响应...

RDA分析表明真菌群落组成受AN(r2??=??0.9649,P??=??0.001),AP(r2??=??0.562,P??=??0.003),AK(r2??=??0.8381,P??=??0.001)和pH(r2??=??0.7401,P??=??0.005)显著影响。RDA的前两个轴解释了真菌群落51.64%的变异。Y20组的土壤样品性质与AN、AP和AK呈正相关,与pH呈负相关,而Y5、...

科研| 浙江农林:两种共享宿主生态位的粒肩天牛属物种具有不同的...

在CCA中,有机酸含量与细菌群落结构相关。而在RDA中,总酚含量与微生物组组成相关。很明显,锈色粒肩天牛的肠道微生物群不太可能受到有毒化合物的影响(图5a,b)。植物次生化合物与菌群丰度相互作用的网络分析表明Sphingobacterium、Stenotrophomonas、Acinetobacter、Thermus、Achromobacter、Gibbsiella和Pseudomonas的丰度与二萜...