...中科院高福团队:m-AMSA抗非洲猪瘟病毒pP1192R双功能机制的结构...
尽管基于系统发育分析,pP1192R与其他原核或真核Topoⅱ存在高度差异,但pP1192R的DNA结合/切割结构域在整体二聚体结构以及子结构域组装特征方面与其他Topoⅱ具有高度相似性。pP1192R缺乏可变c端结构域(CTD),而CTD通常存在于其他Topoias同源物中,并有助于酶的催化活性。TopoIIAs中DNA结合/裂解核心的其他典型结构域...
NCB | 黄韵/周育斌团队揭示TET2选择性调控DNA去甲基化与基因转录...
针对LCI的氨基酸序列的一系列突变研究表明,LCI具有朊状结构域(PLDs),芳香残基的存在和排列方式决定了TET2的液态凝聚行为。有趣的是,新一代测序及多组学分析表明,破坏TET2的凝聚形成对其催化功能的影响很小,但极大影响了5hmC在基因组产生位置的准确性,最终导致全基因组范围内不受控制的DNA去甲基化。先前的大多数研究...
Cell:张锋团队揭示首个真核基因编辑系统Fanzor的结构多样性和DNA...
例如,该研究发现,尽管这些蛋白在RNA结合界面上表现出保守性,但在DNA靶向临近基序(Target-adjacentMotif,TAM)的识别和负责切割的催化位点上存在差异,尤其是GtFz1的催化三联体中出现了非典型的N残基,这一变化增强了其体外DNA切割活性。此外,PpFz1中的一个独特结构域被发现能够与一种称为亲环蛋白(Cyclophilin)的蛋白质...
NSMB | DNA超螺旋结构域与染色质Compartments共定位且调控基因表达
首先,人类基因组DNA超螺旋结构域的动态分布随着细胞状态和细胞种类的变化而变化,暗示了他们可能对基因表达的影响。然后,研究人员通过敲除拓扑异构酶来改变人类全基因组DNA超螺旋结构域,然后分析其中基因转录活性的变化。在敲除关键DNA拓扑异构酶之后,负超螺旋结构域会积累更多负超螺旋,而在其中的基因转录会更加活跃。正超...
FMD 通过对LU结构域蛋白家族的系统分析发现人类新基因LY6A编码...
作者克隆了LY6A基因的全长cDNA,显示了它所编码的蛋白序列、结构域组成,以及外显子-内含子结构等都与小鼠Ly-6A/Sca-1具有高度保守性。在细胞中异位表达LY6A蛋白,显示它与小鼠Ly-6A/Sca-1一样能够被正确加工,并通过糖基磷脂酰肌醇锚定在细胞膜上。综上,这项研究发现了一个新的人类基因LY6A编码一个潜在的...
泛基因家族分析发文章就上2区!你研究的物种能不能发?
泛基因家族成员在各品系中的缺失分析;泛基因家族成员的系统发育分析;泛基因家族成员选择压力分析;泛基因家族成员结构变异的注释;泛基因家族成员结构变异对其转录表达的影响分析泛基因家族成员结构变异对其基因结构及保守结构域的影响分析差异表达基因家族成员转录因子互作网络分析...
Nat Genet | 利用饱和基因组编辑分析抑癌基因BAP1编码序列中99%的...
研究发现,BAP1的保守N端UCH结构域对错义变化和密码子缺失的耐受性较低,而蛋白质中央区域的耐受性较高。密码子缺失精确地划定了关键结构域,突出显示了未表征的区域。在与临床数据进行比较之前,研究团队检测了每个变异的功能得分和功能分类的可重复性,通过比较独立基因组编辑实验的LFC值。总体而言,81%的变异(14,624...
同济大学张赫团队发表关于染色质拓扑相关结构域调控基因转录新...
真核生物基因组在进化上保守,但在空间层次上具有高度可塑性,由染色质环、拓扑相关结构域(topologicallyassociatingdomain,TAD)等动态的染色质高维结构组成。当TAD重构介导的染色质环处于紊乱状态时,易引起染色质构象重塑,导致基因表达异常,甚至促使肿瘤发生。因此,亟需进一步发现受TAD变化调控的功能基因,并深入揭示TAD重...
《食品科学》:宁夏大学李亚蕾教授等:牛HSPA6蛋白特性分析及蛋白...
蛋白质N-糖基化修饰在蛋白质翻译后修饰中具有关键作用。基于对保守结构域、可能磷酸化位点及N-糖基化预测的综合分析,发现发挥生物学作用的结构域位于4~379位碱基中,而磷酸化位点及N-糖基化激活位点分布的后端碱基可能是蛋白质进行修饰的主要部分。打开网易新闻查看精彩图片...
PRGdb:植物R基因数据库
除这之外新的数据库还进行了新注释,随着三个新的抗性类别LYK,LECRK和LYP的加入,PRGdb4.0包括了植物中七个典型的抗性蛋白类别,并且能够预测超出这些已建立的类别的结构域组合。PRGdb4.0共收录了199个参考抗性基因。利用DRAGO3分析182个植物蛋白质组及其在prgdb4.0中纳入的推定抗性基因,RLK和RLP仍然是最丰富的类别,...