16S全长测序揭示运动性脑震荡肠道微生物菌群变化
全长16S测序读长大约1500bp,能够覆盖16SV1-V9高变区域。测序结果通过PCoA分析显示三个时间点之间存在重叠,且ANOSIM分析评估的差异无统计学意义。基于辛普森和香农alpha多样性指数显示在时间点之间没有显著差异。比较门、科和属水平的肠道微生物群组成结果表明赛季中期和赛季后期流行类群的相对丰度相似。有17个物种在休...
你也忽视了?红斑“狼”疮,就藏在一餐一饭中
一项研究用16SrRNA基因测序技术,从20个健康人、17个红斑狼疮患者和20个接受激素治疗的红斑狼疮患者的大便中,分析细菌群。结果发现,在细菌分类的门水平(细菌分类的一种大类),红斑狼疮患者的厚壁菌门/拟杆菌门的比例减少了,但那些接受糖皮质激素治疗的患者这一比例又增加了。如果从属水平(细菌分类更细致的一个层次)...
《食品科学》:贵州大学李豆南博士等:酱香大曲中高温放线菌的筛选...
测序结果分析表明,FBKL4.014基因组中共有72个基因注释到CAZy数据库中,其中包含碳水化合物结合域酶(CBMs)9个,CBM家族包括CBM16、CBM32、CBM39、CBM50和CBM61;碳水化合物酯酶(CEs)17个,CE家族包括CE1、CE3、CE4、CE8、CE9、CE10和CE14;糖基转移酶(GTs)13个,GT家族包括GT1、GT2、GT4、GT28和GT51;辅助...
幽门螺杆菌检测技术与预防胃癌的关键
图2.16S/18S/ITS全长测序流程样品准备和处理:从病人胃部组织或其他临床样本中提取DNA|PCR扩增:使用针对16SrRNA基因的特异性引物通过PCR(聚合酶链反应)技术扩增16SrDNA|DNA测序:对扩增的16SrDNA片段进行测序|序列分析与鉴定:比对测序得到的DNA序列与已知的细菌16SrRNA序列数据库,以鉴定样本中的细菌种类技术优...
人费克蓝姆菌致老年高龄糖尿病患者左侧面部痈一例
4.16SrRNA测序提取菌落DNA,采用27F和1429R引物进行PCR扩增,引物序列为:27F:5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3';1429R:5'-GGTTACCTTGTTACGACTT-3'。扩增后外送测序,序列结果经NCBI数据库比对,与人费克蓝姆菌的序列相似度为99.02%(图4),可准确鉴定至种水平。至此,结合形态学、生化鉴定、质谱鉴定和分子鉴定,该...
科研丨北大人民医院: 肌炎患者肠道微生物组特征的宏基因组关联...
目前已发表的通过16SrDNA测序研究肌炎微生物组的报道有三篇,其中两项研究的数据可从公共数据库(CRA004577和PRJNA734725)获得(www.e993.com)2024年7月27日。在门水平上,本研究的结果与外部验证基本一致。分析表明,在门水平上,肌炎组中拟杆菌门和变形菌门的丰度高于健康个体,而疣微菌门和厚壁菌门的丰度低于健康个体,这与本研究的结果一致。然而...
结核分子细菌负荷(TB-MBLA)用于结核病诊断和治疗效果监测准确性的...
接着,研究者分析了6个月治疗期间不同检测方法阳性率的变化情况。结果表明所有检测方法都显示出对治疗的反应,表现为第2周时检测阳性率下降。在8周时(n=113),检测阳性率也有所下降,但Xpert-Ultra阳性率(74%)下降趋势远低于TB-MBLA(18%),痰涂片(12%)和痰培养(11%)。
世卫组织发布最新指南,推荐圣庭医疗TBseq??进行耐药结核病诊断!
通过靶向捕获16S和hsp65基因区域进行分枝杆菌菌种鉴定以及与抗结核药物耐药相关的21个MTBC基因检测,采用靶向高通量测序技术,在MinION或GridION平台(牛津纳米孔技术)上测序,随后再用测序数据处理的自动化分析软件(NanoTNGSV1.0)和用于结果解释的集成数据库的安全在线应用程序(TBseq&WebApp)进行分析。
借助AI,实验室微生物偏差如何开展调查
定义微生物数据偏差:制定清晰的微生物数据偏差定义和分类,包括对异常结果的定义、原因和影响的分析。收集数据:收集与微生物数据偏差相关的所有数据和文献资料,包括检验报告、验证报告、质量控制记录等。初步调查:对微生物数据偏差进行初步调查,了解发生时间、频率、范围、影响等方面的情况,可以采用根本原因分析(RCA)等...
中药单体1区:黄藤素调节菌-肠-脑轴改善LPS诱导脓毒症相关性脑病小鼠
OTU作为肠道微生物群分析的基本结构单元,本研究中OTU聚类以97%的共识阈值进行。粪便样本经DNA提取和高通量测序后共获得对照组1280个OTU、模型组1223个OTU、黄藤素组1250个OTU。三组共有1145个OTU,我们在对照组、模型组和黄藤素组分别观察到27个、9个、14个独特的OTU(图9A)。这些结果表明黄藤素可以影响肠道微...