Cell丨“神药”地塞米松,如何挽救重症新冠患者生存率?
1、单细胞转录组测序(scRNA-seq):用于识别地塞米松治疗引起的单核细胞状态的特定变化,并分析其与临床结果的关联。2、质谱流式检测(CyTOF):区分和量化血液中的各类免疫细胞,包括它们的数量和比例,以及它们在地塞米松治疗前后的变化。3、基因富集分析(GSEA)和基因集变异分析(GSVA):用于分析全血转录组数据,以确定...
...13个10x Genomics单细胞转录组建库测序标准分析”项目成交公示
昆明理工大学生科院于2023年8月29日在校园网就“13个10xGenomics单细胞转录组建库测序标准分析”项目发布了询价公告,共有4家单位按询价公告要求递交了报价材料。现评审工作已完成,根据评审结果,经使用部门研究决定,确定成交结果如下:成交供应商:安诺优达基因科技(北京)有限公司预算金额:19.5万元成交价格:14.3万元...
CellAgent:LLM Agent 助力单细胞测序数据分析的重要突破丨AI 4...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术允许以前所未有的规模和精度分析转录组数据,彻底改变了分子生物学。这一进步推动了计算方法的大规模创新,目前已有超过1400种工具可用于从各种角度分析scRNA-seq数据。然而,scRNA-seq数据分析涉及相当的复杂性,需要专业的知识和技能。分析步骤包括预处理、批次校正、聚类、寻找标记基因、细胞...
Nature Genetics | BANKSY:革命性算法,重塑空间组学数据分析
在空间转录组学(如FISH技术)中,BANKSY能够结合空间信息和表达数据,提供更加细致和准确的细胞定位及功能分析。空间分辨分析:结合细胞位置信息,进行精准的空间组学分析。细胞功能解读:依据空间定位,解读细胞在组织中的功能角色。多组学数据整合在多组学数据整合方面,BANKSY算法展现了其强大的数据融合能力。通过整合不同...
...Cell | 王永成/樊龙江团队合作开发微生物组单细胞转录组测序技术
本研究利用smRandom-seq2对健康人类的粪便样本进行单细胞转录组测序分析,共捕获8,478个细胞,根据注释结果共鉴定得到98种肠道微生物,其中15个属的丰度高于1%,丰度最高的前5个属分别为Prevotella、Phascolarctobacterium、Clostridium、Dorea和Roseburia。根据肠道微生物的转录状态进行降维聚类,结果共划分出11个细菌簇,属于...
【陈巍学基因】视频:单个细胞的全基因组 + 转录组 + 细胞表面蛋白...
1、单个细胞的全基因组测序分析结果a)SNV(单碱基突变)和Indel(插入或缺失)检测结果及注释b)CNV(拷贝数变异)检测结果及注释c)SV(结构变异)检测结果及注释2、单个细胞的全mRNA转录组测序分析结果a)转录本组装和新转录本基因结构、编码蛋白质的新转录本预测...
细菌微生物基因表达调控表观研究方案|原核三代甲基化+转录组
性价比高:ONT测序成本相对于二代NGS测序技术大幅降低。2、原核转录组(mRNA+sRNA)原核转录组测序可以从基因表达量、基因结构和sRNA调控功能三维度揭示不同生物性状的分子调控机制。如通过计算各组间的差异基因并对差异基因进行富集分析,获得对生物性状影响较大的通路信息;通过预测基因的反义转录本,丰富基因组注释内容...
师弟听信谗言换掉 TRIzol 试剂后,样本全毁了……
1、转录组测序(BulkRNA-seq)应用案例目前很多研究为了明确单细胞测序分析结果的准确性,会同时进行BulkRNA-seq和singlecellRNA-seq,可以利用相同样本的BulkRNA-Seq数据进行评估整个样本中所有基因的表达水平,两种测序结果相互印证。而赛默飞TRIzol试剂出色的裂解性能可以为转录组测序中研究转录本的异质...
靶向治疗的基因检测是怎么检测的
核心提示:靶向治疗的基因检测,是通过血液、组织等样本进行测序,并对序列进行分析。如果存在敏感位点,则可以指导后续的靶向药物治疗。靶向治疗的基因检测,是通过血液、组织等样本进行测序,并对序列进行分析。如果存在敏感位点,则可以指导后续的靶向药物治疗。
科学家发现B细胞或能保留记忆形成机制,助力疫苗的有效性评价
在测序方面,他们则进行了转录组测序、染色质开放性测序、组蛋白修饰测序、DNA甲基化修饰测序等。组学测序研究的特点,在于能够提供大规模的数据供分析,这让他们对细胞的状态有了更加完整的认识,避免了只研究个别基因可能带来的偏斜。但是,另一方面也让他们更加容易陷入数据的海洋,最终只能描述现象以至于无法抓住背后的...