用户测评 | 凌恩生物基于华大序风纳米孔测序平台的细菌完成图方案
④功能注释分析基于华大序风纳米孔测序平台长读长技术获得的完整基因组,开展纯白链霉菌、家蚕芽孢杆菌NR-GO-COG-KEGG-SWISS等多数据库注释,可以获得多角度详实准确的功能注释信息。图6.1纯白链霉菌NR-GO-COG-KEGG-SWISS注释VENN图图6.2家蚕芽孢杆菌NR-GO-COG-KEGG-SWISS注释VENN图测试结论此次测试结果显示,...
指南共识丨纳米孔测序在病原微生物检测中的应用专家共识
通过连接接头的马达蛋白将双链核酸解开,在电场力的驱动下使单链核酸分子穿过纳米蛋白孔道,由于不同的碱基通过纳米孔道时会产生不同阻断程度的电流信号,测序仪通过记录电流信号的变化,就可推导出碱基信息,从而实现对核酸分子的测序。
苯并[a]芘厌氧降解菌群的富集及其条件优化 | 科技导报
1.6BaP分析测试方法BaP的提取和含量测定:在溶液中加入等体积的二氯甲烷,振荡30min后,离心5min(5000r/min),收集有机相。重复萃取2次,合并萃取液,加入适量Na2SO4除去萃取液中的水分,旋蒸氮吹至1mL后使用高效液相色谱仪进行测定。测定方法如下:色谱柱采用AthenaC18(4.6×150mm,5μm,120A),流动相采用90%乙腈...
徐剑宏研究员等:1 株伏马毒素B1降解真菌的筛选及降解特性分析
5FDS-2降解活性物质的初步分析05如图7所示,菌株FDS-2菌液上清和菌体破碎液上清对的降解率分别为7.4%和92.3%,沸水浴处理后菌体破碎液上清的降解率显著降低。这表明降解的活性物质位于FDS-2胞内。进一步对上清液进行蛋白酶K处理,破碎液上清中的活性物质失去降解能力,推测该活性物质是菌株FDS-2的胞内酶。1FB1...
新里程碑!实测样本超5000例, VITA产品开启全球微生物单细胞测序新...
测序获得54.8G的原始数据,有效细菌数为7,020个,基因中位值为105,UMI中位值为307,测序饱和度为67.7%。表3.基础数据物种丰度及降维聚类分析基于VITAseer??软件,对有效细菌内的全部序列进行鉴定。综合每个cellbarcode所有序列的鉴定结果,得到其物种注释信息。根据注释细菌物种的cellbarcodes数量,统计该样本物种...
...健康产蛋母鸭蛋内容物非致病菌与其生殖道和盲肠菌群的相关性分析
3样品物种组成分析基于OTU注释结果,4组共30个样品的细菌分属于56个门,从图3a可知,门水平优势物种主要有厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidota)、弯曲杆菌门(Campilobacterota)、放线菌门(Actinobacteriota)以及脱硫杆菌门(Desulfobacterota),其中厚壁菌门中SZ和MC组相对丰度大...
终极一问:高通量 or 高灵活度?一文讲清单细胞测序如何选择
*以下测评结果来源于欧易生物对自身合作的多家单细胞测序平台在价格优势、细胞捕获、基因捕获、样本兼容、物种兼容五个维度进行分析测评出「时下/当下」最经典、最灵活、最兼容、超高性价比、最全面的特点结论,仅供参考,非商业广告。110xGenomics—Chromium平台...
华大基因2023年年度董事会经营评述
多组学大数据服务业务主要包含基因测序、质谱分析、生物数据库管理、数据云分析等标准化技术服务和全流程系统解决方案。合成类业务主要包含基因合成、Oligo合成等。其中,基因合成业务包括合成密码子优化过的cDNA、特殊位点突变的基因、人工设计的DNA序列,公司可提供包含目的基因的质粒;Oligo合成则是利用化学方法合成特定的已知...
一例关节置换术术后的赛多孢霉感染病例分析
实验室通过传统菌落观察和镜下形态分析,初步诊断为赛多孢霉,但相关的赛多孢霉属内鉴定,形态学鉴定不太可靠,尖端赛多孢和波氏赛多孢的分生孢子在形态上无法区分。目前推荐采用分子鉴定方法。本案例菌株经过测序鉴定为尖端赛多孢菌。并且实验室及时更新了质谱的菌株库。
微生物组数据分析:近期有哪些值得关注的新方法新工具?
①开发了空间宏转录组测序及一体化生信分析技术SMT,可实现宿主基因表达和微生物分布的空间定位及联合分析;②基于小鼠大小肠组织及结直肠癌病人手术样品,利用荧光原位杂交、传统批量测序等技术证明SMT分析结果可靠性较高;③通过模拟可控的组织驻留菌,发现不同浓度菌液内的菌形成深浅不同的电子“菌斑”,通过计算可定...