科学家打造空间转录组分析新工具,能整合不同患者的空间数据

Starfysh解决了目前部分测序技术存在的低空间分辨率的缺陷。该方法可以将不同组织的空间转录组数据、以及对应的组织学图片加以结合，通过空间基因表达与组织学特征，针对不同位点的细胞类型与细胞状态比例进行预测。与其他空间转录组方法相比，Starfysh无需使用单细胞数据作为参考，因此在分析上存在较好的灵活性，对于分析...

98页重磅综述!单细胞组学技术、数据分析与应用

综述第一章“Single-celltranscriptomesequencing”,详细介绍了单细胞转录组技术的发展历程、当前可用的scRNA-seq技术(图2)及数据分析方法,并概述了单细胞转录组测序技术在胚胎发育、组织和器官发展研究、肿瘤生物学、免疫系统研究以及传染病研究等领域的应用。借助于scRNA-seq技术,科学家们能够更深入地解析细胞如何在不...

清华大学杨雪瑞团队系统总结空间转录组数据解析方法

总的来说,空间转录组数据的分析包括不同技术路线的数据预处理、生物学信息的挖掘和空间解析度下的知识重建(图1)。本综述详细总结了针对这一流程中各分析任务的生物信息方法,包括空间反卷积(图1A)、基因插补(图1B)、图像对齐和细胞分割(图1C)等数据预处理方法,以及空间基因表达模式的鉴定、空间数据的整合(图1D)...

Nature Methods | 全面评估长读长RNA测序:揭示转录组分析新前沿

结果分析与比较:通过综合评估工具在不同挑战中的表现,研究团队分析了各工具和平台在转录本重建、定量和denovo重建中的优劣。结果显示,不同工具在处理不同类型数据时表现出显著差异,且某些工具在处理低丰度转录本时存在较大挑战。LRGASP(长读长RNA测序基因组注释评估项目)的概览,包括数据生成、读长分布、合作设计、...

【单细胞测序系列】只做转录组不做蛋白组,意义少一半?

从三类样本健康、COVID-19感染者和康复者收集到的124,726细胞,通过T-SNE做可视化分析,分成了17个不同免疫群。通过柱状图,将17个免疫亚群在三类不同来源样本(健康、COVID-19感染者和康复者)做了比例说明。2mRNA转录组检测与AbSeq检测差异

...Nature Methods等评为关键技术之一!百创S3000空间转录组芯片发布

BMKMANUS3000产品动图实测数据分析结果概览●小鼠脑结果●小鼠胚胎结果同时,从性能上看,百创S3000芯片的发布,也将进一步加强百创产品“原片无错高清H&E+原片无错荧光+原片测序”的效果,“三片合一”实现更加精准的细胞分割,将空间转录组推进到单细胞分辨率的领域,使空间组学性能更进一步(www.e993.com)2024年11月3日。“三片合一”专访发布...

新研究表明:运动能重塑我们的身体,仅需8周就能由内而外的改变!

利用蛋白组、转录组数据,比较不同组织中显著富集的转录因子,研究人员观察到,血液中与造血相关的转录因子GABPA、ETS1、KLF3和ZNF143显著富集,这些转录因子调控着血细胞的生成与成熟,进而影响着整个机体的循环健康与免疫响应。这暗示了耐力训练不仅增强了肌肉与心肺功能,还可能通过优化造血环境,间接提升了全身的免疫状态与...

Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这

如人的转录组中,50%的转录本长度大于2500bp,转录本长度范围在186bp到109kb。尽管short-readRNA-seq可以对更长的转录本进行细致的分析,但相应的方法很难高通量化用于全转录组范围的分析。其它的偏好性和限制可能来自于RNA-seq数据分析的计算方法,比如怎么处理在基因组上有多个匹配位置的序列。一个新的称为...

融合创新!时空可视化试剂套装发布,DNB制备、时空测序引物、测序...

实测数据三:用户坐标:北京样本类型:人的肿瘤组织测序平台:DNBSEQ-T7RS“两个样本在1个flowcell里完成混测,总产出6031MReads,产出数据表现与官网公开参数相比更优秀。对其中一个样本数据进行拆分过滤,得到了高质量reads,利用saw8.0进行空间转录组数据分析,结果表明数据基因中位值表现良好,达到经验值水平,其余...

从分子层面解读肾上腺嗜铬细胞瘤|肿瘤|髓质|内分泌|香豆素_网易订阅

转录组数据的整合分析除了代谢物的差异分析,研究还整合了来自GEO数据库的PCC组织的mRNA表达数据。通过比较PCC和正常肾上腺髓质样本,共鉴定出3830个差异表达基因(DEGs),其中1814个上调,2016个下调。这些DEGs的通路富集分析进一步证实了半胱氨酸-甲硫氨酸代谢、酪氨酸代谢和嘧啶代谢在PCC中的重要性。特别是,研究发现在PCC...