综述| NAT REV MICROBIOL:微生物群落中的水平基因转移分析
2021年9月22日 - 健康界
在某些情况下,这种方法可以分析单个CRISPR元件和它们的MGEs靶点的联系,并且如果能对contigs进行分类学注释的话,还可以分析其宿主细菌关联。3MGEs的额外基因组背景3.1反向PCR整合MGEs的上下游序列在组装过程中发生丢失,特别是对一些特别混乱的MGEs而言。尽管reads的共线性可以用于确定MGEs紧挨的基因组上下游的信息,...
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如何快速批量找到转录本序列的开放阅读框(ORF)
2017年7月13日 - 网易
最终的输出结果如下图,同一个转录本的不同ORF用后缀的数字表示(_1,_2…)。输出结果可以进行复制保存,然后提交到blastp进行分析。点评getORF最大的优势是可以进行批量处理,预测得到的ORF也很多,但界面的呈现不如ORFFinder直观。
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突破认知:LncRNA、circRNA 编码啦!
2021年4月10日 - 腾讯新闻
大部分lncRNA编码的肽段较短、或者一条长链里面包含多个ORF,优先选择ORF较长的研究。打开orffinder预测网站,输入登录号ID或者序列,其他参数默认(参考已发现最小的短肽,目前预测短肽的最小值是24aa),点击「submit」,可看到两条预测结果:注意只看「strand」为「+」的结果,因为RNA是单链的,编码...
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2021年3月21日 - 网易
httpsoftberry/范例结果:系统发育分析18.iTOL工具链接:httpsitol.embl.de/19.Evolview工具链接:httpevolgenius/evolview/启动子预测20.PromoterScan工具链接:httpcbs.dtu.dk/services/Promoter/蛋白一级结构预测21.PredictProte工具链接:httpspredictp...
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