Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这

采用Illumina的short-read测序做DGE分析的核心步骤包括RNA提取,cDNA合成,接头连接,PCR扩增,测序和数据分析(图一)。由于mRNA片段化和基于beads的文库纯化过程中偏好150-200bp的片段,导致这个方案最后获得的cDNA片段都在200bp以下。每个样本平均测20-30millionreads,对每个基因或转录本进行定量,再统计分析差异基因(参考...

实验技术 | 微量RNA测序技术:解码生命,助力科研

(2)物种多样性与适应性进化:分析不同环境中的生物多样性和基因表达,探索物种适应性进化机制。8.农业与食品科学研究:(1)作物抗逆性与育种:研究作物在逆境中的RNA表达,指导抗逆性育种;(2)食品安全与动植物育种:通过RNA测序提升食品安全和动物、植物的育种效率。9.法医学与人类学研究:(1)法医学分析:利用R...

Nature Methods | 全面评估长读长RNA测序:揭示转录组分析新前沿

通过对人类、小鼠和海牛物种的RNA样本进行生物学三重重复实验,并在一个地点提取RNA后,分配给所有参与组进行测序,确保了数据的可靠性。综合使用cDNA制备方法和直接RNA测序,结合多种平台的数据,LRGASP项目全面评估了各种实验方法和分析工具在不同挑战中的表现,提供了对当前实践的深入洞察和未来改进的建议。该研究的重要...

质谱成像技术点亮环境毒理学研究:2024中国环境质谱大会分会场精彩...

对于大气颗粒物(PM),研究发现丙酮提取物对A549细胞的毒性高于水提取物,且琼脂膜采样的PM表现出更强的细胞毒性。综上所述,这些研究强调了在评估大气颗粒物细胞毒性及其健康风险时,需关注采样、提取和暴露方法对实验结果的影响。北京工业大学高学云教授(任晓君副研究员代)报告题目:功能RNA的细胞多模态分析报告了基...

追问weekly | 过去一周,脑科学领域有哪些新发现?

在实验中,研究人员通过让小鼠接触不同的个体并施加轻微电击(模拟威胁),验证了小鼠的记忆反应。关闭CA1后,小鼠无法记住威胁发生的地点,但仍能记住哪个个体有威胁;关闭CA2后,小鼠记住了威胁发生的地点,但对所有个体都表现出无差别的恐惧反应。钙成像结果显示,厌恶经历增强并稳定了CA2区域的记忆表征,使小鼠能够在面对...

微流控技术在生物分析和诊断中的最新进展

与不需要任何实验室设备的市售提取试剂盒相比，该系统在RNA富集方面实现了类似的灵敏度水平(www.e993.com)2024年11月20日。此外，越来越多的POC设备使用智能手机作为用户界面。开发了一种被动和自驱动的微流控平台，该平台能够通过集成的比色传感器实现高灵敏度的读数。结果会自动发送到连接的智能手机。最近，一种自主POC设备被报道用于在全血中快速...

实验设计助手:一键获得研究内容、详细方案、高分建议、思维导图

2.RNA提取试剂盒3.基因组测序仪器4.生物信息学分析软件实验目的2:确定SALL2基因缺失对乳腺癌细胞内分泌耐药的影响实验设计:1.选择具有不同SALL2基因表达水平的乳腺癌细胞系。2.分别将这些细胞系分为实验组和对照组。3.对实验组和对照组的细胞进行细胞增殖实验,比较细胞生长曲线和增殖...

基于转录组学探讨酸枣仁皂苷A改善阿尔茨海默病小鼠认知功能障碍的...

2.5总RNA提取与RNA-Seq分析取对照组、模型组与JuA高剂量组小鼠各3只,切取脑内海马组织,委托上海派森诺生物科技有限公司进行RNA提取与RNA-Seq测序。将脑组织切成小块,用TRIzol裂解液低温提取总RNA,质检合格后通过带有Oligo(dT)的磁珠富集具有polyA的mRNA,以片段化的mRNA为模板合成...

Nat Commun:邱伟/秦峰/刘晓东揭示多发性硬化髓鞘再生障碍新机制...

△图2单细胞测序分析提示CLU在多发性硬化患者病灶中AST细胞中高表达2、CLU可抑制星形胶质细胞吞噬髓鞘碎片功能通过RNAseq,研究人员探究了CLU对AST细胞增殖和功能影响。利用体外EDU增殖实验,研究人员成功验证了CLU对AST细胞增殖的促进作用。体内缓释泵实验进一步证实,CLU在小鼠中枢神经系统能显著增强GFAP+ALDH1L1+AST细...

iMeta | 齐素华/顾兵/罗兰/王亮-揭示玛咖来源细胞外囊泡可通过脑...

(B)经Maca-EVs治疗的对照组和UCMS小鼠血清中5‐HT浓度的定量数据。炎症因子浓度的定量数据,包括IL‐1β(C)、IL‐6(D)和TNF‐α(E)在对照组和经Maca-EVs治疗的UCMS小鼠血清中。所有数据均以Mean±SEM表示(每组n=3-11个实验)。通过普通的单因素方差分析(ANOVA)评估显著性,然后在(B,C,E)中进行...