Genome Biol丨郑小琪团队开发空间转录组数据降维新算法——GraphPCA

这项研究为空间转录组数据的分析提供了一个强有力的新工具,有助于更深入地理解细胞在组织中的复杂相互作用和功能。GraphPCA建立在灵活的主成分分析框架上,它通过利用位点/细胞之间的空间邻域结构作为图约束,使得低维嵌入能够有效地保留位置信息。GraphPCA的输入包括基因表达矩阵和位点的空间坐标,这些信息被用于构建位点...

7.42亿元!复旦大学107项仪器采购意向

组织空间原位分析仪在亚细胞级分辨率对组织切片进行高通量单细胞转录组分析。4802024年10月玻片扫描仪空间转录组数据验证。1502024年10月高通量脑肌电信号采集系统与分析系统高通量脑肌电信号采集系统与分析系统可以对实验动物的脑电图(EEG)和肌电图(EMG)信号准确确定。该系统用于收集、处理和分析各种类型的...

【Cell子刊】美国卡内基梅隆大学团队:从空间转录组学中恢复单细胞...

空间转录组学(ST)技术通过将成像与测量组织样本不同位置的基因表达水平的能力相结合,促进了原位细胞研究。尽管越来越多的ST技术不断涌现,例如,ST和Visium,仍然缺乏单细胞水平分析所需的分辨率。在此类技术中,每个测量点覆盖10-20个细胞的组织区域,具体取决于组织,这种分辨率对于代表性良好的大细胞来说可能足够,但对于...

Nature Methods 前沿:空间转移张量方法解析细胞状态转变

g.使用STT分析空间转录组学数据,其中基于空间细胞坐标的空间相似性核与张量诱导和基因表达诱导的核相结合,以推断细胞在吸引子中的所属关系。在路径相似性图中,Dim.表示降维后的坐标。图2.STT在仿真数据集中的基准测试图3.A549细胞系中TGFB1诱导下EMT的多稳态性。图4.HybISS小鼠大脑空间转录组数据集中的...

跨物种小脑皮层单细胞空间转录组图谱发布

清醒小鼠、狨猴以及猕猴的静息态fMRI数据分析结果表明,小脑皮层内存在功能连接梯度,即“小脑内功能梯度”。这些梯度展示了不同小脑区域之间连接性的三维空间模式。在所有3个物种中,功能梯度1和转录组梯度1都显示出明显的前后差异,且猕猴和狨猴之间的空间模式相似性高于它们与小鼠之间的相似性。此外,基因表达与小脑内功...

整合生命组学数据,揭示生命复杂系统构成原理

四、转录组数据分析1.差异表达分析(DifferentialExpressionAnalysis):通过统计方法(如DESeq2,edgeR)识别在不同条件下显著差异表达的基因(www.e993.com)2024年11月18日。例子:对实验组和对照组的基因表达做差异分析,找出相对于对照组中,实验组的上下调基因:2.功能富集分析(FunctionalEnrichmentAnalysis):对差异表达基因进行基因本体(GO)...

清华大学杨雪瑞团队系统总结空间转录组数据解析方法

图1.空间转录组数据的深度分析任务在以上分析任务中,全面鉴定细胞间的复杂互作对于组织功能、发育和复杂疾病的研究至关重要。此前推断细胞互作的方法通常基于先验性信息所设计。此类方法容易受到不同空间区域不均衡特征谱分布的影响,并且强烈依赖配-受体对的先验知识或预定义的特征(如细胞类型信息)。此外,由于单细胞...

科学家打造空间转录组分析新工具,能整合不同患者的空间数据

对于大批量病人的数据，Starfysh具有较强的融合能力，故能进行大批量的比较分析，从而能够提供一种全面且深入的分析方式。作为一种新型计算工具包，Starfysh使用基于变分推断的方法，将组织学图像与空间转录组数据集成，进而开展去卷积的操作。由于不需要来自于单细胞RNA-seq的参考数据，因此这是一个重要的进步。

科学家打造空间转录组分析新工具,无需使用单细胞数据作为参考,能...

对于大批量病人的数据,Starfysh具有较强的融合能力,故能进行大批量的比较分析,从而能够提供一种全面且深入的分析方式。作为一种新型计算工具包,Starfysh使用基于变分推断的方法,将组织学图像与空间转录组数据集成,进而开展去卷积的操作。由于不需要来自于单细胞RNA-seq的参考数据,因此这是一个重要的进步。

Starfysh整合了空间转录组学和组织学数据来揭示异质肿瘤免疫中心

空间分辨基因表达谱提供观察组织配置和细胞间交流的见解。然而,基于测序的空间转录组学(ST)缺乏单细胞分辨率。目前的空间转录组学分析方法需要单细胞RNA测序数据作为严格解释细胞状态的参考,大多数不涉及相关的组织学图像,也无法推断多个组织的共同邻近区域。