2024年诺贝尔奖中的生命科学
miRNA是一类由内源基因编码的长度约为22nt的非编码单链RNA,在动物、植物和病毒中广泛分布,在物种间具有高度的保守性和组织特异性。miRNA基因是最丰富的基因家族之一,据统计,人类基因组中含有1500种编码miRNA的基因。大多数miRNA基因以基因簇形式存在于基因组中,它们多以顺反子的形式存在于独立的转录单位中。其中一...
中科院动物所金坚石组综述16S rRNA基因扩增子测序技术的前世今生
以下是大多数已发明的16SrRNA基因扩增子测序方法的标准流程:通过一对靶向16SrRNA基因保守区域的通用引物扩增菌群中细菌的16SrRNA基因,并利用高通量测序平台测序获得所有扩增的16SrRNA基因的序列。高通量的16SrRNA基因扩增子测序方法有以下优点:该方法基于16SrRNA基因的扩增,因此可以适用于未培养的细菌或低生物...
从无数基因碎片中,寻找国人的“生命密码”
”高占成介绍,“长久以来,受制于技术和观念的限制,全球医学实践大量依赖欧美科学家创建并普及的参考基因组GRCh37/38,肿瘤、遗传病等测序诊断报告均以此序列为基准,判定是否正常或存在变异,而这一参考基因组由多个人类个体基因组序列嵌合而成,其中约70%的序列来自一个欧非裔个体。”“这个基因组主要反映欧洲和非...
"基因敲除狗"是怎么造出来的
“原间隔序列”的选取并不是随机的,这些原间隔序列的两端向外延伸的几个碱基往往都很保守,我们称为PAM(Protospaceradjacentmotifs-原间隔序列临近基序)。当病毒或外源质粒DNA首次入侵到细菌体内时,细菌会对外源DNA潜在的PAM序列进行扫描识别,将临近PAM的序列作为候选的“原间隔序列”,将其整合到细菌基因组上CRISPR...
现生鸟类“亲戚”关系如何? 万种鸟基因组图谱提供重要线索
此外,研究发现基于高覆盖度的物种取样的基因组比较分析,显著提高了对基因组序列保守性的检验效力,实现了在单碱基分辨度下的自然选择压力分析。相比于53个物种的比较分析,363个物种计算得到的单碱基保守位点从2.1%上升到13.2%。“以鸟类现有数据来看,我们可以在低于中性演化水平50%左右的演化速率下即可检测出受到自然选...
达安基因申请微生物特异性序列保守性的筛选评估方法专利,提高特异...
达安基因申请微生物特异性序列保守性的筛选评估方法专利,提高特异性扩增的灵敏度和准确性,序列,扩增,特异性,微生物,保守性,达安基因
Nat Genet | 利用饱和基因组编辑分析抑癌基因BAP1编码序列中99%的...
研究发现,BAP1的保守N端UCH结构域对错义变化和密码子缺失的耐受性较低,而蛋白质中央区域的耐受性较高。密码子缺失精确地划定了关键结构域,突出显示了未表征的区域。在与临床数据进行比较之前,研究团队检测了每个变异的功能得分和功能分类的可重复性,通过比较独立基因组编辑实验的LFC值。总体而言,81%的变异(14,624...
2024诺贝尔生理学或医学奖 | microRNA:揭开细胞发育之谜
特定细胞类型基因调控的精确指令编码在遗传物质中,由序列特异性的DNA结合蛋白执行。1965年,弗朗索瓦·雅各布(Fran??oisJacob)和雅克·莫诺(JacqueMonod)因发现基因的调控机制而获得诺贝尔生理学或医学奖。DNA结合转录因子库在单细胞和多细胞真核生物之间高度保守,而多细胞生物中出现了额外的基因调控层,以确保在每种...
Nature: 一种基于宏基因组序列空间生成无参考的蛋白质家族的计算...
在此,我们开发了一种计算方法,从宏基因组的序列空间中生成无参考的蛋白质家族,以研究目前通过参考基因组所能实现的功能多样性之外尚未开发的功能多样性。我们分析了26,931个宏基因组,识别出11.7亿个长度超过35个氨基酸的蛋白质序列,这些序列与102,491个参考基因组或Pfam数据库中的任何序列都不相似。
Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这
测序1百万个PacBio环形一致性序列(circularconsensus-sequencing,CCS)可以保证长度大于1kb的高表达基因测通,ONT测序技术也是如此。因此,测序深度主要影响低中表达的基因。低通量的局限性在研究功能基因组进行大规模差异基因分析时会更明显。为了获得足够的以保证转录组表达变化检测的准确性,需要对多个样品组的多个...