【中国科学报】研究提出蛋白质变构路径预测的深度学习模型

为了解决该问题,作者结合物理约束的粗粒度分子动力学模型与增强采样方法建立了高效模拟蛋白变构的计算框架,并应用此框架模拟了2635个蛋白质在双稳态之间的构象转变。该工作采集了每个蛋白在其变构路径上的结构信息,从而建立了首个大规模的蛋白质动态数据库。在此基础上,作者开发了一个通用的深度学习模型PATHpre,能够...

实现蛋白质动态对接预测!上海交大/星药科技/中山大学等联合推出...

*用先进的深度扩散模型和等变几何神经网络技术,将蛋白质构象生成和配体姿势预测统一到1个框架中,实现了蛋白质和配体的动态对接预测*DynamicBind在蛋白质配体对接上优于传统对接方法和基于深度学习的刚性对接方法*DynamicBind利用AlphaFold预测的蛋白质构象,可以动态调整蛋白质构象,找到最适合配体的最优构象...

Science:David Baker团队从头设计出具有两种不同构象的铰链蛋白

因此,这种铰链蛋白可以广泛适用于蛋白质开关的设计,就像是电子电路中的晶体管一样,研究人员可以将蛋白质开关与外部输出和输入耦合,其状态转换通过与天然蛋白(例如胰高血糖素、神经肽、分泌素)结合而不是人工设计肽。所设计的铰链蛋白构象变化的定量分析基于这种设计的铰链蛋白可以用于创建生物传感设备,并将它们合并到...

突变RSV F蛋白的灵活区域可以稳定预融合构象

据研究人员介绍,呼吸道合胞病毒(RSV)融合(F)糖蛋白在其预融合(pre-F)构象中具有很高的免疫原性。然而,该蛋白不稳定,其构象必须得到稳定,才能有效地作为疫苗中的免疫原。研究人员提出了一种突变策略,通过阻止伴随大规模构象重排的蛋白质结构局部变化,来锁定RSVF蛋白于其pre-F状态。研究人员生成了一系列突变体,...

科学家揭示蛋白质折叠构象过程

氢键在维持蛋白质的空间结构中扮演重要角色。许多有趣甚至难以理解的现象,都可以归功于氢键的存在,比如冰作为一种固体,密度却比液态水小。科研人员想了许多方法来研究氢键,这一次,他们想到了数据声音化。因为,人对声音信息的处理速度更快。于是,我们可以在不同的音调中了解蛋白质如何折叠,又如何在其内部形成氢键。

Nat Commun | AlphaFold2新方法高通量预测蛋白质构象分布,准确率...

此外,亚采样方法在用于定性预测突变或进化对蛋白质构象分布和高密度状态的影响时效果最好(www.e993.com)2024年11月8日。综上,该方法高效、迅速且成本较低,能有效预测蛋白质构象的相对种群,甚至可达到单点突变的分辨率,有望成为药理学、实验结果分析和预测进化的有用工具。文章发表在NatureCommunications...

中国科大成功揭示癌基因蛋白Ras的可成药“隐态”

在之前工作中,龙冬教授课题组综合多种核磁共振弛豫实验方法定量捕捉到了非活性态Ras在微秒时间尺度的局部构象运动,并提出了以Ras“隐态”为设计靶点的可能性。但受快交换极限条件的制约,Ras构象运动的空间信息并无法直接从核磁弛豫实验中提取,这大大阻碍了利用蛋白质动态学性质进行理性药物设计的进程。针对这一挑战,该...

??研究蛋白质热稳定性的几种方法

圆二色光谱(简称CD),或红外(傅里叶变换红外(FourierTransformInfrared,FTIR)光谱),是应用最为广泛的测定蛋白质二级结构的方法,是研究稀溶液中蛋白质构象的一种快速、简单的方法。圆二色谱法诞生于20世纪60年代,其原理是利用左、右两束偏振光透过具有手性结构的生物大分子等活性介质,获得的圆二色谱来分析其结构特点...

Nature子刊,快10倍,基于Transformer的逆向蛋白质序列设计方法

该方法在从主链结构重建蛋白质序列时,蛋白质单体设计的序列恢复率中值为51.3%,二聚体设计的序列恢复率中值为56.0%。尽管恢复率相似,但三种方法的最佳序列之间的序列同一性中值为54%至58%不等。此外,研究人员观察到CARBonAra可以生成高质量序列,当在单序列模式下使用AlphaFold预测时,这些序列可以按预期...

填补AlphaFold3空白,字节跳动提出物理引导的方法让蛋白质动起来

研究者评估了不同引导方法下模型在蛋白质构象生成任务上的性能,在快速折叠蛋白质(fast-foldingproteins)和牛胰蛋白酶抑制剂(BPTI)两种包含分子动力学模拟生成构象的蛋白质数据集上着重考察了生成样本的是否属于低能态、多样化且服从真实分布。1.快速折叠蛋白质(fast-foldingproteins)评估...