AlphaFold为什么能精准预测蛋白质结构? | 返朴
这是蛋白质结构预测界的奥林匹克竞赛,来自世界各地的参赛团队会拿到未知结构的蛋白质的氨基酸序列,然后使用自己的算法预测其三维结构,最后和实验测定结果进行比较,相似度越高分数就越高。在这一年的比赛中,AlphaFold2取得了中位数分数92.4分(满分100分;90分以上被认为预测方法可与实验方法媲美)的高分预测结果,它预测...
登山的快乐是在爬山的过程中——施蕴渝院士学术成长经历 | 科技导报
20世纪80年代,X射线晶体衍射可以在原子分辨率下提供有关蛋白质和核酸三维结构最完整的信息,是生物大分子空间结构测定最主要的方法。1974年的生物磁共振国际会议(ICMRBS)上,苏黎世联邦理工学院(ETHZürich)的物理化学家RichardErnst教授提出了第一个二维核磁共振实验,并用密度算符对二维核磁共振原理进行了详尽的理论阐述...
蛋白质总分子量测定的方法有哪些?
通过质谱分析、凝胶电泳和色谱技术等方法,我们能够确定蛋白质的总分子量,揭示其结构、功能和相互作用。根据具体需求和实验条件,选择合适的方法或综合应用多种方法,将有助于深入了解蛋白质的特性和生物学功能。
深圳湾实验室周耀旗:填补AlphaFold 2缺口,开启所有蛋白质结构的高...
其二,大多数深度突变扫描实验都是通过功能筛选进行的。例如抗生素抗性蛋白、荧光蛋白和具有特异结合性能的蛋白。鉴于数千种蛋白质功能,不可能针对不同的功能开发不同的筛选技术,更不用说并不是所有的蛋白质功能都适合高通量研究。因此,利用人工同源序列进行结构推断,将需要一种技术,它是基于结构稳定性来筛选结构上...
.../肖奕团队开发基于深度学习的冷冻电镜RNA全原子结构建模方法
RNA作为遗传信息的载体,在蛋白质合成、基因调控、免疫调节等许多生命活动中发挥重要作用,“结构决定功能”,因此,确定RNA的三维结构对于理解其功能及相关药物开发至关重要。作为被广泛用于解析生物大分子结构的冷冻电镜技术,除大量用于解析蛋白质结构外,也被用于解析RNA以及蛋白质-RNA复合物结构。对于实验获得的冷冻电镜密度...
...复旦大学马剑鹏团队开发先进智能算法,大幅提升蛋白质结构冷冻...
作为蛋白质结构预测领域顶尖团队,由诺贝尔奖得主MichealLevitt教授和马剑鹏教授领导的复旦大学复杂体系多尺度研究院,聚焦基础科学、交叉学科及源头底层技术,致力于推动生物大分子结构实验测定与计算机预测两大方法齐头并进(www.e993.com)2024年9月7日。团队不仅拥有规模化冷冻电镜平台,更具备一支实力扎实的人工智能人才队伍,在冷冻电镜先进算法和计算机蛋...
让蛋白质结晶不再神秘:李喆/王顺智等开发三维蛋白质晶体计算设计...
F4132-1、F4132-2和I432-1晶体的计算设计和实验表征令人兴奋的是,这些蛋白质晶体的整体结构以及其中特定的蛋白质-蛋白质界面和计算设计的模型几乎完全相同。不仅如此,这种计算方法可以在保持空间群对称性的同时,系统地重新设计晶胞的尺寸。此外,这种方法可以实现原子精度的可编程设计,并且所设计的晶体具有高度多孔性...
蛋白质组学驱动精准医学加速发展
蛋白质组是指一个基因组、一个细胞或组织、一种生物体所表达的全部蛋白质。由于蛋白质形态多样、结构复杂,蛋白质的测定一度非常复杂。1953年,剑桥大学教授弗雷德里克·桑格报告了牛胰岛素两条多肽链的氨基酸序列。后续的多肽链氨基酸序列测定,需要通过复杂方法获得分离后的蛋白质,通过拆分蛋白质分子、鉴定不同末端残基、...
为什么说想了解AI+合成生物学,必须先搞懂蛋白质?
并且传统方法下的科研人员需要使用实验仪器亲自测量蛋白质的三维结构,耗费了大量的时间和成本,甚至还不一定准确。02后AlphaFold2时代颠覆了什么?课题没有变,那么以AlphaFold2为代表的人工智能方法,是如何通过计算技术把蛋白质的三维结构给算出来的?2016年,被誉为“AI预测蛋白质结构*人”的许锦波博士在CASP12(“...
万字长文:人工智能终结了蛋白质研究吗?| 追问观察
通过观察,他发现,展开或折叠错误的蛋白质可以自发地重新折叠成正确的结构。这一发现证明了蛋白质的三维结构是由内部编码(由氨基酸串的编码)决定的,ChristianAnfinsen也凭此获得了诺贝尔奖。基于这一发现,Anfinsen提出了一个假设:应该有一种方法可以根据氨基酸序列预测蛋白质的结构——这就是后来广为人知的蛋白质折叠...