超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用

这一最新模型能预测含有蛋白质数据库(ProteinDataBank)内几乎所有分子类型的复合物的结构,包括配体(小分子)、蛋白质、核酸(DNA和RNA)如何聚集在一起并相互作用,以及预测翻译后修饰和离子对这些分子系统的结构影响,从而帮助我们在原子水平上精确地观察生物分子系统的结构。这种用计算机解析蛋白质与其他分子复杂相互作...

用AI模型预测蛋白质结构

他指出,蛋白质三维结构由主链和侧链搭建而成,Alphafold2的主链预测总体做得不错,但侧链预测的质量不够好,至少离药物设计要求的精度还有很大的差距。为此,复旦大学复杂体系多尺度研究院研发出一款名为OPUS-Rota5的算法,它能大大提升蛋白质侧链结构测试精度,专门针对Alphafold2的软肋。现在即便是有了Alphafold3,目...

中国科大建立新的蛋白质从头设计方法

目前,能够形成稳定三维结构的蛋白质,几乎全部是天然蛋白质,其氨基酸序列是长期自然进化形成。在天然蛋白结构功能不能满足工业或医疗应用需求时,想要得到特定的功能蛋白,就需要对其结构和序列进行设计。目前,国际上报道的蛋白质从头设计工作主要使用天然结构片段作为构建模块来拼接产生人工结构。然而,这种方法存在设计结果单一...

诺奖2024|专家解读:颁给蛋白质预测和AI实至名归,化学家还不会...

蛋白质由20个氨基酸排列组合成的长链折叠而成,就像同样的纸能折成纸鹤也能折成盒子,不同的折叠方式所形成的结构决定了蛋白质的功能。氨基酸链条在被细胞生产出来之后,会迅速自发折叠成具有特定结构的蛋白质。科学家们后来发现,指导折叠的“命令”就藏在氨基酸链条的序列之中,自此开启了对氨基酸序列和蛋白质结构之间...

关注2024诺奖|借助计算机模拟“上帝之手”,蛋白质设计不负众望...

事实上，蛋白质结构研究一直是诺贝尔化学奖青睐的对象，至今已颁发十余次奖项，既包括重要蛋白（或复合物）的解析，也包括新技术或新方法的突破，因此该领域长期来看是生命科学前沿和焦点。求解蛋白质折叠之谜借助计算机模拟“上帝之手”诺奖得主戴维·贝克是一位美国生物化学家和计算生物学家，目前是美国华盛顿大学蛋白...

“这是人工智能对科学领域最大的一次贡献”|2024诺贝尔化学奖解读

此前，生物学家主要利用X射线晶体学或冷冻电镜等实验技术来破译蛋白质的三维结构，但这类方法耗时长、成本高(www.e993.com)2024年11月8日。几年前，科学家用计算机预测复杂的蛋白质折叠结构，正确率还不到40%。直到德米斯·哈萨比斯和约翰·江珀所在的谷歌旗下DeepMind公司团队出现，奇迹出现了。当时，团队就有信心攻克这个世界难题。2020年11月30...

诺贝尔化学奖是AI for Science,物理奖是Science for AI

首先,作为AlphaFold2开发的一部分,这个AI模型已经在所有已知的氨基酸序列和已确定的蛋白质结构上进行了训练。工作流程分为四个主要步骤:1.数据录入和数据库搜索将一个结构未知的氨基酸序列输入AlphaFold2。系统会搜索数据库中类似的氨基酸序列和蛋白质结构。

【新民客户端】“这是人工智能对科学领域最大的一次贡献” | 2024...

蛋白质是生命的基础。被释放的蛋白质结构信息蕴含着生命信息的密码,将有力推动生命科学的发展,大大加速针对癌症、病毒的抗生素、靶向药物和新效率的蛋白酶的研发。但是,在过去50年中,“蛋白质折叠问题”一直是生物学界的重大挑战。此前,生物学家主要利用X射线晶体学或冷冻电镜等实验技术来破译蛋白质的三维结构,但这...

David Baker:可预测所有生物分子,生成具有高级结构的蛋白质

蛋白质是生命活动的物质基础,也是细胞内部的主要功能分子。公开资料显示,AlphaFold是DeepMind推出的蛋白结构预测工具;RoseTTAFold是DavidBaker实验室推出用于预测蛋白质结构的深度神经网络,RFdiffusion则是该实验室推出用于从头构建全新蛋白质的生成式AI工具。这些工具专注于蛋白质的氨基酸构建模块,而非捕获蛋白质...

...血友病新疗法有望在中国率先上市;Al不止预测蛋白质结构|等四条...

重要的是,AlphaFold3所预测的结合模式几乎与实验中的晶体结构完全一致,而所预测的无配体结构则显示了一个呈扁平和开放状态的不同口袋构象。AlphaFold3在蛋白质有无配体的状态下显示不同的结构预测,表明它能够根据其他分子的存在,情境性地调整蛋白质结构。