Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这

而以上这些方法都依赖于cDNA转换,这一过程抹去了有关RNA碱基修饰的信息,而且也只能粗略估计多聚腺苷酸(poly(A))尾巴的长度,而directRNA-seq可以直接分析全长转录本异构体、度量碱基修饰(比如N6-甲基腺苷(M6A))和检测poly(A)尾巴长度。RNA-seq技术的进步在NCBIShortReadArchive(SRA)数据共享平台中多于95%...

“无中生有”的新基因起源机制发现

据最新一期《美国国家科学院院刊》报道,芬兰赫尔辛基大学研究人员解决了围绕小分子RNA基因(microRNA)起源的悬而未决的问题,并描述了一种创造它们的DNA回文序列的机制。在适当的环境下,这些回文序列会进化成microRNA基因。所有的RNA分子都需要回文的碱基序列,以将分子锁定在其功能构象中。重要的是,即使对于简单的microR...

测序读长达25000碱基,准确性达99.9%之后,PacBio如何开启下一步破局?

HiFi测序对单个碱基的判读并没有非常高的准确率,但好在它的错误都是随机的,不存在偏向性,因此,可以通过增加对同一个序列的重复检测,来提升数据的准确性。此外,前文提到HiFi的测序文库中,DNA分子复合物是环状模型。测序时,DNA聚合酶在样品DNA分子的环状结构周围工作多次,类似于赛车在环形赛道上重复绕圈。由于聚合酶...

复旦上医团队系统描绘DNA转录成RNA起始连续动态全程

中国科学院生物物理研究所研究员朱冰点评认为，“揭示启动子逃逸过程”是领域中一个长期未能解决的问题，“因为这是一个快速的动态事件，RNA聚合酶II延伸的速度一般被认为是每分钟几千个碱基，而启动子逃逸过程涉及的只有最初的20个左右的碱基的合成，也就是说需要在几秒钟内完成一系列的动态事件，这对于结构生物学...

条形码病毒工具-解剖学和转录组学在神经结构解析中的结合

首先,使用分子克隆技术将不同碱基序列的DNA分子条形码UPB(uniqueprojectionbarcodes)引入到逆行示踪的腺相关病毒(AAVrg)中。其次,作者将含有不同DNA分子条形码的AAV病毒同时注射到同一只小鼠的不同器官上,包括肺、心脏、食道、胃、十二指肠、结肠和胰腺。一周后,分离出迷走神经元,进行单细胞测序分析。综合多方面...

打破校史:这所 211 以第一单位首登 Nature,基因编辑领域再创新高

在野生型(WT)Cas14存在下,靶RNA可被切割,而当Cas14活性位点中的锌配位残基(D66A/H67A)发生突变时,切割效应就会被消除,这表明锌依赖性催化模式是保守的(www.e993.com)2024年11月15日。因此,Cas14在结构域组成和底物切割方面不同于其他CRISPR-Cas系统的核酸酶效应器,这表明VII型系统使用一种新的作用机制。

刚刚!诺贝尔生理学或医学奖出炉,他们让我们重新认识基因调控 |...

他们也在8年后斩获了诺贝尔生理学或医学奖。1999年,英国的DavidC.Baulcombe教授与其合作伙伴证明在植物中,只有25个碱基长的RNA也能控制mRNA的活性。与线虫系统的高度类似性,表明这类通过微型RNA调控基因表达的机制,在很多生物中都存在。更直接的证据来自Ambros教授/Ruvkun教授团队。2000年,他们在线虫中找到了另...

2023年的诺贝尔生理学或医学奖,为何授予他们二人?

RNA含有四个碱基,缩写为A、U、G和C,对应于DNA中的A、T、G和C。Karikó和Weissman知道,来自哺乳动物细胞的RNA中的碱基经常被化学修饰,而体外转录的mRNA则没有被修饰。他们想知道,体外转录的mRNA中没有改变的碱基是否可以解释不必要的炎症反应。为了验证这一点,他们产生了不同的mRNA变体,每个变体的碱基都有独特的...

指南共识丨纳米孔测序在病原微生物检测中的应用专家共识

(4)测序过程不依赖PCR扩增,避免了扩增给测序带来的偏好性,可无偏倚地直接对原始DNA或RNA进行测序,保留了原始碱基的修饰信息。(5)可实时进行碱基识别与分析,并能按需终止测序,显著缩短了测序流程及分析时间,可满足动态检测需求。(6)纳米孔芯片经清洗后可反复使用,直至纳米孔蛋白失活,因此上样更加灵活,有效提高了...

研究发现“无中生有”的新基因起源机制

据最新一期《美国国家科学院院刊》报道,芬兰赫尔辛基大学研究人员解决了围绕小分子RNA基因(microRNA)起源的悬而未决的问题,并描述了一种创造它们的DNA回文序列的机制。在适当的环境下,这些回文序列会进化成microRNA基因。所有的RNA分子都需要回文的碱基序列,以将分子锁定在其功能构象中。重要的是,即使对于简单的micro...