微软华人领衔AI??BMD登Nature,AI生物分子模拟双突破!继...

蛋白质由20种氨基酸构成,每种氨基酸都有一个通用的主链(由Cα、C、O、N和H组成)和一个不同的侧链(称为R基)。二肽是指在其N端和C端分别封端了Ace和Nme基团的氨基酸。鉴于氨基酸是蛋白质的基本单元,这些二肽便被作为分片的基本单元。二肽的结构该研究团队基于二肽设计了一种通用的蛋白质分片方法,并据此...

因为一个“很难,很重要的问题”,我从计算机转向研究蛋白质

最右边的蛋白(朊蛋白)跟疯牛病有关系,这里显示了朊蛋白两种不同构型,左边的构型是正常的折叠状态,右边的是不正常的折叠状态。如果朊蛋白的折叠是右边这个形状的话,就会引起疯牛病。所以,蛋白质结构是个非常重要的问题。蛋白质由很多氨基酸通过化学键串在一起。这里我用一些小球去表示这些氨基酸,每种颜色的小球表示...

面对蛋白质难题,这次有了空前强大的新工具——透视2024年诺贝尔...

但是,在氨基酸构成蛋白质的过程中,会先相互结合组成多肽链,然后多肽链在三维空间中发生折叠,最终变成稳定的蛋白质。最终形成的蛋白质的性质,不仅取决于合成肽链的氨基酸的类型和数量,在肽链折叠过程中所产生的三维结构,也会对蛋白质的性质产生决定性影响。由于在折叠过程中,多肽链中具有非常大量的自由度,这就使得生成...

从计算机跨界生物学,坐了10年冷板凳后,他开创蛋白质预测新范式

通俗来讲，每一个氨基酸分子都由若干原子通过化学键链接而成，若干氨基酸分子又通过各种化学键链接构成蛋白质。因此，在安芬森的假设下，蛋白质结构预测的问题，就被“转化”为对氨基酸分子序列的预测。而在氨基酸序列折叠的过程中，遵循着物理学的“最小能量原理”，即在没有外部干扰的情况下，一个系统会自然趋向于能...

困扰数学家一个多世纪的难题,AI从生物学中找到线索

蛋白质是由氨基酸组成的大分子化合物,是构成生物体的基本物质之一。氨基酸通过肽键连接形成肽链,进而通过螺旋、折叠等方式形成复杂的空间结构,使分子能够相互耦合。长期以来,人们认为,尽管蛋白质可能高度缠绕,但在正常条件下它们不能形成纽结,因为这会阻碍蛋白质的折叠[译者注1]。

AI蛋白质折叠:在生命宇宙中漫游,远眺生物经济的流光

答案在于,蛋白质拥有丰富而复杂的空间结构,这些结构决定了蛋白质的功能(www.e993.com)2024年11月15日。蛋白质以氨基酸为基本组成单位,氨基酸的不同排列(即序列)以及在此基础上的卷曲折叠,形成了特定的三维立体结构,进而执行不同的功能。人类现在已知组成蛋白质的氨基酸有20余种,如果它们可以以任意顺序和长度链接、并折叠形成不同的蛋白质,那么理论上...

??研究蛋白质热稳定性的几种方法

蛋白由20多种不同氨基酸组成,需要折叠成正确的三维结构才能发挥自身作用。蛋白质在一定的物理和化学条件(加热、加压、脱水、振荡、紫外线照射、超声波、强酸、强碱、尿素、重金属盐、十二烷基硫酸钠)下,其空间构象容易发生改变而失活,因此研究蛋白的构象和构型变化对其应用有重要的价值。蛋白质的变性作用主要是由于蛋白...

技术变革还是炒作噱头?AI for Bio到底能做什么|AI驱动科学

AlphaFold2是由DeepMind于2022年发布的蛋白质结构模型,给定一段蛋白质的氨基酸序列,该模型可以预测其结构。(这是一个免费平台,可用于非商业研究。)该模型经过数十万个已知蛋白质序列和结构的训练,计划预测43.8%人类蛋白质序列中超过四分之三的结构[2]。AlphaFold2不是第一个蛋白质结构预测模型,但在最近的蛋白质结构...

为什么说想了解AI+合成生物学,必须先搞懂蛋白质?

RoseTTAFold是一个“三轨”神经网络,这意味着它同时考虑一维蛋白质中的氨基酸序列、二维蛋白质的氨基酸如何相互作用以及蛋白质可能的三维结构。不仅能如AlphaFold2般计算数百种新的蛋白质结构,还能生成与人类健康直接相关的蛋白质结构,包括与非正常脂质代谢、炎症障碍和癌细胞生长相关的蛋白质结构。

人生速通传说:博士毕业后,7年就拿诺贝尔奖

90年代末期,贝克实验室开始开发计算机软件Rosetta,这个软件成功预测了氨基酸序列如何折叠成最终的蛋白质构型。贝克随后意识到,它可以反过来用——从蛋白质结构反向推出氨基酸序列,从而让从头设计蛋白质成为可能。正是这个想法引领他获得了诺贝尔化学奖。每个人都能参与研究...