汪劲:描述生物系统涌现行为的景观和流理论视角

假设一个氨基酸残基有10种可能的构象,一个蛋白质由100个这样的残基组成,那么蛋白质就有10100种可能的构象。蛋白质如何在如此大量的潜在构象状态中选择特定的天然结构状态?能量景观理论提出,不同氨基酸残基之间相互作用的冲突导致了折叠景观的粗糙性,而由于自然演化选择,折叠景观总体上偏向于自然折叠状态。这形...

Nature | 蛋白质测序技术突破:PASTOR单分子水平精准解读蛋白质...

该研究中,研究者开发了一种基于纳米孔的长链蛋白质单分子读取方法,通过结合ClpX解折酶(unfoldase)的作用,使蛋白质以可控的方式通过CsgG纳米孔,实现了对长达数百个氨基酸的完整蛋白质链进行测序。这项技术能够识别单个氨基酸的突变以及蛋白质链上的翻译后修饰。为提高测序准确性,研究者还展示了多次重读同一蛋白分子的...

ADC生物偶联技术的研究前沿动态

通过计算机辅助设计,磺酰丙烯酸酯被用作中间试剂,用于在天然蛋白质序列上对单个赖氨酸残基进行修饰。反应的区域选择性归咎于磺酰丙烯酸酯的设计以及每个赖氨酸周围独特的局部微环境。通过计算预测,pKa最低的赖氨酸容易以位点特异性的方式在弱碱性pH下优先反应。即使在其他亲核残基如半胱氨酸存在的情况下也观察到了这种...

...样受体家族3炎性小体的翻译后修饰及其在脓毒症发生发展中的作用

PKA是首个确定氨基酸序列的蛋白激酶,可磷酸化NACHT结构域。Mortimer等[12]通过突变分析和使用靶向磷酸化PKA共有位点的抗体,证明PKA直接磷酸化NACHT结构域上人类的Ser295(或鼠的Ser291)残基。在炎性小体活化前后,用腺苷酸环化酶激活剂福司可林激活PKA信号通路均可抑制BMDMs和佛波酯诱导分化的人急性单核细胞白血病细...

原理与应用:深入了解蛋白质等电点测定的科学价值

一、蛋白质等电点的测定原理蛋白质等电点的测定基于蛋白质分子中氨基酸残基的酸碱性质和电荷状态。蛋白质分子由氨基酸组成,其中包含带正电荷的氨基(NH3+)和带负电荷的羧基(COO-)。在不同pH条件下,蛋白质分子的电荷状态会发生变化。当蛋白质分子的净电荷为零时,即处于等电点状态。测定蛋白质等电点的方法包括等...

中山大学Chem:一种新型的蛋白质氢键杂交框架

在该组装过程中,蛋白质“模块”通过表面丰富的氢键作用位点(氨基酸残基)自发锚定有机配体,并借助有机配体间的强π-π作用定向组装,形成高度结晶的氢键生物杂交框架(Hydrogen-bondedbiohybridframework,HBF)(www.e993.com)2024年11月20日。低电子剂量冷冻电镜技术在单分子水平上剖析了HBF的晶体学结构,并证明蛋白质在晶体框架中的单分散性。框架的...

科学派 | (二) 靶向磷酸肌醇激酶的小分子药物在疾病治疗中的前景

PI4KA和PI4KB具有同源的螺旋结构和脂激酶结构域(图3),且在进化上与PI3K相关。然而,这两种蛋白受不同机制调控,其中涉及的结合蛋白以及转录后修饰形式存在差异。细胞膜上的PI4P库由PI4KA催化生成PI4P的质膜池。由2102个氨基酸残基组成的PI4KA是最大的磷酸肌醇激酶,由1个α-螺线管结构域、1个二聚化结构域、1...

氯取代在药物开发中有何妙用?

咪唑部分上的氯取代增强了蛋白质-配体结合,因为它位于氨基酸残基Phe227、Pro236和Pro225之间的最佳位置。氯原子可能通过范德华相互作用增强与蛋白质的结合。氯取代的效力增强作用,其背后的第二个原因是其吸电子性质,它可以降低咪唑NH质子的pKa(酸性增强),从而作为氢键供体与Lys103的酰胺羰基的氢键受体之间...

海南医学院2024研究生考试大纲:生物化学

6、蛋白质分子结构一级、二级、高级结构的概念、主要化学键及形式,包括超二级结构、结构域等7、蛋白质一级结构测定多肽链N端和C端氨基酸残基测定的各种方法;蛋白酶、肽段的氨基酸序列测定方法;二硫键的断裂和多肽的分离,二硫键位置的确定,多肽的人工合成等...

模仿天然酶的“笼限域催化”:开孔笼营造内外酸碱不同的溶液体系...

这一现象类似于酶催化过程中氨基酸残基受静电作用所发生的显著pKa位移。正电荷诱导的咪唑基团质子电离与pKa位移,创造出内碱外酸的局域溶液环境。与此同时,笼限域空间具有疏水效应和识别效应,因而可以通过笼壁界面的窗口,在均相溶液中实现选择性分子交换(底物识别与产物释放),甚至可以实现难溶性底物和产物的相转移。