因为一个“很难,很重要的问题”,我从计算机转向研究蛋白质

所以,蛋白质结构是个非常重要的问题。蛋白质由很多氨基酸通过化学键串在一起。这里我用一些小球去表示这些氨基酸,每种颜色的小球表示一种氨基酸。从数学角度,你也可以用一个字符串去表示一个蛋白质的氨基酸序列。每个氨基酸都是由几十个原子形成的,在这页幻灯片的下半部分,我画了一些原子结构,大家可以对蛋白质的...

国家重大科学研究计划“肿瘤代谢异常的关键蛋白质作用机制及其...

10月9日,国家重大科学研究计划(973计划)“肿瘤代谢异常的关键蛋白质作用机制及其分子调控网络”课题结题验收会在我校召开。会议全面总结了项目研究成果,检查和评估各课题完成情况。课题结题验收会邀请了东方肝胆医院王红阳院士、中国科学技术大学田志刚院士、中山大学中山医学院宋尔卫教授、复旦大学赵世民和唐惠儒教授、四川...

...降噪"的纳米流式发展如何?第六届流式细胞网络大会纳米流式...

基于EVs的生物标志物的开发无论是基于蛋白质,核酸,脂质还是聚糖都显示出巨大的希望,特别是对于癌症和神经系统等疾病,细胞外囊泡用于疾病的诊断与治疗的潜力逐渐得到认可。目前基于病毒、外泌体、纳米药物等纳米颗粒的研究是国家《“十四五”医药工业发展规划》的重点发展方向和目标。在现代生物医学研究中,尽管流式细胞...

靠做大餐救星,安琪纽特酵母蛋白走红网络,销量飙升800%

近日,记者发现,安琪纽特凭借其创新的4.0酵母蛋白专利技术,推出的一系列定位为“大餐救星”的膳食营养食品迅速走红网络,在卷生卷死的肠道健康、体控赛道杀出一席之地,销量飙升800%。今年8月,安琪纽特再度荣获健康产业品牌榜西普金奖,这是该品牌第七次蝉联此殊荣。同时,在8月的电商胃肠道健康调节品牌排行榜上,安琪纽...

解锁帕金森病的新治疗靶点!Nat Commun|蛋白质基因组网络分析揭示...

蛋白质基因组网络分析揭示了帕金森病的失调机制和潜在的介质示意图图片来源:httpsdoi/10.1038/s41467-024-50718-x综上所述,通过整合UkB蛋白质基因组数据,研究者们创建了一个网络模型,以描绘基因组-蛋白质组的关系及其相互作用。这种综合方法为理解帕金森病及其他复杂疾病的遗传驱动蛋白破坏提供了一个全面的...

Nat Commun:蛋白质组学网络分析揭示帕金森病的失调机制

随后,通过无假设网络分析和假设驱动网络分析,利用蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,识别与PD相关的蛋白质复合体,发现了一些可能在疾病发病机制中起作用的蛋白质,并探索了这些蛋白与已知遗传PD遗传变异的相互作用(www.e993.com)2024年11月8日。最后,作者通过转录组和表观遗传数据分析,研究了GWAS识别的PD风险变异如何通过物理染色质环干扰相关基因的...

上海交大周冰心博士:锚定稀缺生物数据挑战,图神经网络重塑蛋白质...

在上海交通大学AIforBioengineering暑期学校中,上海交通大学周冰心博士以「图神经网络与蛋白质结构表征」为题,向大家分享了图神经网络的定义、优势、及其在蛋白质预测与生成等领域的前沿应用。8月12日,上海交通大学AIforBioengineering暑期学校正式开幕,吸引了来自国内外30余所高校和27家企业的百余名业...

无实验数据指导蛋白质定向进化,上海交大洪亮课题组发表微环境感知...

PROTLGN是一种基于图神经网络的蛋白质表征学习模型,其核心架构如下:PROTLGN架构*kNN图(k-NearestNeighborsGraph):输入蛋白质的氨基酸残基作为图中的节点,通过k临近算法确定边基与氨基酸残基之间的空间距离,进而构建蛋白质的拓扑结构,为后续的图神经网络处理提供基础。

基于微环境感知图神经网络构建指导蛋白质定向进化的通用人工智能

上海交通大学自然科学研究院/物理与天文学院/张江高等研究院洪亮课题组设计了一种微环境感知图神经网络(ProtLGN),能够从蛋白质三维结构中学习有益的氨基酸突变位点,建立自然选择下的氨基酸序列分布,用于指导蛋白质氨基酸位点设计,最终实现蛋白质指定功能的提升(定向进化)。课题组通过生物化学湿实验证明,这是一个通用人工智...

蛋白质组学革命:揭示生物系统的蛋白质组和功能网络

蛋白质组学是一门研究生物体内所有蛋白质的组成、结构、功能及其相互作用的学科。与基因组学研究DNA不同,蛋白质组学关注的是蛋白质的表达水平、修饰以及相互作用网络等方面。蛋白质组学的发展得益于高通量技术的快速发展,如质谱分析和蛋白质芯片技术等,使得我们能够更加全面、高效地研究生物体内的蛋白质。