Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这

short-read测序是检测和定量转录组范围基因表达的最常见方式,部分原因是因为它比表达芯片更便宜、更易于应用,但更主要的是它可以获得全转录组水平高质量的表达数据。采用Illumina的short-read测序做DGE分析的核心步骤包括RNA提取,cDNA合成,接头连接,PCR扩增,测序和数据分析(图一)。由于mRNA片段化和基于beads的文库纯化过...

Nature Methods | 全面评估长读长RNA测序:揭示转录组分析新前沿

LRGASP(长读长RNA测序基因组注释评估项目)的概览,包括数据生成、读长分布、合作设计、各工具在不同数据类型上的表现,以及独特剪接链(UJC)的相对重叠情况(Credit:NatureMethods)a.LRGASP项目的数据生成用于LRGASP项目的数据生成情况。研究团队使用多种文库制备方法和测序平台,包括:CapTrap-ONT(OxfordNanoporeTe...

探索关于微孢子虫病原体与宿主蚊子的相互作用原理和基因组点位

库氏弧菌基因组每700个碱基含有1个单核苷酸多态性(SNP),平均等位基因平衡为58%,在伊蚊中发现的SNP数量和频率更高,每284个碱基中有1个SNP,平均等位基因平衡为59%。为了估计这些物种的系统发育位置,我们鉴定了伊蚊、库氏弧菌和另外12种微孢子虫之间的同源物种,aeedis在微孢子虫中拥有最多的蛋白质编码基因反映出aee...

华大基因: 2023年半年度报告

宏基因组学????????????????????指??????部微生物的??DNA,构建宏基因组文库,利用基因组学的研究策略研究??????????????????????????????????????环境样品所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能????????????????????????????...

生物信息学、生信计算必备网址大全|翻译|遗传学|分子生物学_网易...

Brutlag生物信息学研究组是斯坦福大学的一个研究团体,主要研究从蛋白质一级结构预测蛋白质结构和功能,其开发了EMOTIF、EMATRIX和3MOTIF软件应用于非鉴定的基因组序列的功能确定,另外还开发了LOCK和3DSEARCH软件用于比较蛋白质结构和蛋白质结构数据库的搜索。

肿瘤研究:时空“肺”腑之言,从全新视角看肺癌 | 时空简讯49期

②ecDNA是SCLC关键致癌基因扩增和肿瘤间异质性的主要来源;除作为癌基因扩增和融合的载体外,ecDNA还使远端DNA元件更加接近,允许远端增强子和癌基因之间的染色质接触,从而发挥SCLC转录扩增单位的作用(www.e993.com)2024年11月16日。③ecDNA提供的转录灵活性可能是SCLC肿瘤内异质性、治疗耐药性和转移快速扩大的基础,且具有复杂ecDNA扩增的SCLC的生存结...