AlphaFold为什么能精准预测蛋白质结构?
当不同的氨基酸连成一串的时候,它们会脱水形成肽链,也就是蛋白质的一级结构;而这样的一级结构是不稳定的,受到疏水作用、氢键和范德华力等影响,肽链最终会折叠成一个非常复杂而稳定的三维结构。图1是一个蛋白质折叠前后对比的例子。图1:蛋白质折叠示意图丨图源:wiki蛋白质折叠成何种结构决定了它将具有何种功能,...
打脸Meta?被解散的原Meta AI蛋白质团队最新融资1.42亿美元
ESM3是一个生成式的AI模型,主要功能是生成新型蛋白质。该模型通过深度学习技术,使用大量的蛋白质数据进行训练,从而学习蛋白质的序列、结构和功能之间的关系。ESM3的训练使用了超过1万亿teraflops的计算能力,这是目前已知生物学领域中最大的计算规模。它在地球上自然多样性的27.8亿种蛋白质数据集上进行了训练,使其能...
第五届食品科学与人类健康国际研讨会-邓云教授:汉麻籽源蛋白肽...
本研究首先对比了4个不同产地的汉麻籽分离蛋白的多尺度结构和功能特征,分析了其构效关系,筛选出汾麻3号作为后续活性组分挖掘的原料;通过物理辅助酶解法制备了汉麻籽蛋白酶解物,结合超滤、肽组学和虚拟筛选等方法,筛选出具有高抑制胰脂肪酶和胆固醇酯酶活性的肽组分,并在模拟肠道环境中验证了筛选多肽的活性,最终确...
不只是AlphaFold!一文读懂蛋白质折叠的前世今生:从“不可能”到...
它们承担着各种各样的功能:血红蛋白和肌红蛋白将氧气运输到肌肉和全身;角蛋白为头发、指甲和皮肤提供结构;胰岛素使葡萄糖进入细胞,转化为能量。蛋白质可以呈现出看似无穷多的形状,从而匹配它们在生命活动中执行的看似无穷多的任务。“从原子到生态系统,(蛋白质结构)就像是一种通用语言,”AlQuraishi说道。“所有事情...
不只是 AlphaFold!一文读懂蛋白质折叠的前世今生_腾讯新闻
图|蛋白质结构水平(来源:MarkBelan)地球上已知的蛋白质有数亿种,未知的也有很多。它们承担着各种各样的功能:血红蛋白和肌红蛋白将氧气运输到肌肉和全身;角蛋白为头发、指甲和皮肤提供结构;胰岛素使葡萄糖进入细胞,转化为能量。蛋白质可以呈现出看似无穷多的形状,从而匹配它们在生命活动中执行的看似无穷多的任务。
...张金伟团队揭示长非编码RNA MALAT1成熟和mascRNA生成的结构机制
相比RNAseP,ELAC2则表现出一种较宽松的RNA底物特异性(www.e993.com)2024年7月9日。mascRNA的下半部分与tRNA有明确的结构差异,通过D茎区和反密码子区域的40度旋转和重新定位防止了氨酰化,避免干扰正常的核糖体蛋白质合成。这些结构和功能数据为MALAT1的末端成熟和mascRNA的生物学发生提供了详细的分子基础。
Nature: 一种基于宏基因组序列空间生成无参考的蛋白质家族的计算...
虽然大多数至少有50个成员(甚至可能至少有25个成员)的聚类可能代表了潜在的重要功能聚类,但我们将后续分析限制在至少有100个成员的较大家族,以关注更高质量的数据以及预测结构的更好候选者(表1)。我们总共发现了106198个至少有100个成员的家族,这些家族将被称为新型宏基因组蛋白质家族(NMPFs)(...
大模型推动产业级蛋白质设计进入“智能生成时代”
????据介绍,达尔文大模型是集成序列、结构、功能和进化的产业级AI蛋白质生成大模型,也是面向生物经济时代的基础设施级底层大模型,可实现高效的、功能驱动的蛋白质生成能力,支持生物医药、合成生物等产业创新发展。其可根据结构和功能需要,直接生成具有特定功能的蛋白质,满足蛋白疫苗、抗体、酶、多肽等多种类蛋白质设...
新算法揭示蛋白质进化秘密
研究团队指出,了解蛋白质结构对于研究其功能和进化至关重要,尽管科学家在基于序列的蛋白质结构预测方面取得了重大进展,但计算限制使大规模研究这些结构变得困难。折叠搜索聚类算法能以前所未有的规模对结构和集群进行比较,将完成此类任务的时间减少了几个数量级:使用现有方法对所有结构进行聚类需要10年,而使用折叠搜索聚类...
“一网多击”——巨型聚类算法工具发现多个稀有的CRISPR系统
鉴于其功能、结构的独特,作者将CRISPR关联-β-CASP蛋白命名为Cas14蛋白。功能实验表明Cas14蛋白是这一独特CRISPR系统的效应核酸酶,在Cas5-Cas7蛋白辅助下对相应RNA进行切割。作者还鉴定了一些III型CRISPR系统,其中Cas5和Cas7类似蛋白单独存在于效应系统中,效应核酸酶为Cas10,但切割DNA。CRISPR-Cas14/β-CASP...