他们破译了蛋白质的结构之谜
根据瑞典皇家科学院发布的新闻公报:“大卫·贝克成功地完成了几乎不可能完成的任务,即构建了全新的蛋白质类型。戴米斯·哈萨比斯和约翰·江珀开发了一种人工智能模型,解决了一个50年未解的问题:预测蛋白质的复杂结构。”大卫·贝克在哈佛大学学习的是哲学和社会科学专业,后来探索细胞生物学,对蛋白质结构着迷。1993...
借助AI模型破解蛋白质结构的密码
另一个重大发现是科学家能够预测蛋白质的结构了。蛋白质中的氨基酸像长串珠子一样连接在一起,折叠成复杂的三维结构,这种结构对蛋白质的功能至关重要。自20世纪70年代以来,科学家们就一直在努力根据氨基酸序列预测蛋白质的结构,但这一直是个巨大的挑战。四年前,这一领域迎来了重大突破。2020年,哈萨比斯与江珀提...
2024诺贝尔化学奖解读:他们破译了蛋白质令人惊叹的结构之谜
在蛋白质中,氨基酸以长链的形式相互连接,形成三维结构,这是蛋白质功能的关键。自20世纪70年代以来,研究人员一直试图从氨基酸序列预测蛋白质结构,但这被认为是极其困难的。然而,四年前由戴米斯·哈萨比斯和约翰·江珀实现了一个惊人的突破。戴米斯·哈萨比斯其实是从游戏领域“跨界”来到化学领域。出生于1976年7月...
清华大学药学院学者开发基于蛋白质语言模型的结构与功能预测方法
DeepP450通过蛋白质语言模型ESM-2和可表征分子结构特征的预训练模型Uni-Mol分别提取不同CYPs和分子的高维特征,利用交叉注意力和自注意力层进行特征融合并反向微调ESM-2和Uni-Mol,通过集成模型的方式实现了人体关键CYPs潜在底物的精准预测。该模型在测试集上的预测准确率高达92%,9种CYPs的底物/非底物预测AUROC值在0.89...
2024年诺贝尔化学奖揭晓,AlphaFold开发者和David Baker斩获诺奖...
为了理解蛋白质的构建原理并探索其结构,科研人员采用了多种方法。他们试图用能量方程表达物理间的相互作用,同时运用X射线晶体学和其他技术来制作可作为蛋白质结构蓝图的模板。此外,他们还结合了关于特定氨基酸的知识(比如说是否带电荷)以及它们在链上的位置,以获得关于蛋白质结构特征的线索。
2024年诺贝尔化学奖揭晓,AlphaFold开发者和David Baker斩获诺奖
为了理解蛋白质的构建原理并探索其结构,科研人员采用了多种方法(www.e993.com)2024年10月16日。他们试图用能量方程表达物理间的相互作用,同时运用X射线晶体学和其他技术来制作可作为蛋白质结构蓝图的模板。此外,他们还结合了关于特定氨基酸的知识(比如说是否带电荷)以及它们在链上的位置,以获得关于蛋白质结构特征的线索。
解密蛋白变性后圆二色谱:探索变性过程中结构特征的演变与影响
1.蛋白质二级结构的变化:蛋白质的二级结构是指蛋白质中氨基酸残基的排列方式,包括α-螺旋、β-折叠和无规卷曲等结构。蛋白变性后,其二级结构通常会发生明显改变,如α-螺旋向β-折叠的转变或二级结构的部分或完全丧失。2.蛋白质三级结构的变化:蛋白质的三级结构是指蛋白质中各个氨基酸残基之间的空间排列方式。变性...
不只是AlphaFold!一文读懂蛋白质折叠的前世今生:从“不可能”到...
图|蛋白质结构水平(来源:MarkBelan)地球上已知的蛋白质有数亿种,未知的也有很多。它们承担着各种各样的功能:血红蛋白和肌红蛋白将氧气运输到肌肉和全身;角蛋白为头发、指甲和皮肤提供结构;胰岛素使葡萄糖进入细胞,转化为能量。蛋白质可以呈现出看似无穷多的形状,从而匹配它们在生命活动中执行的看似无穷多的任务。
蛋白质集合生成-VAE
与AF2的比较至关重要,因为它展示了单态结构预测的当前最先进技术;AF2通过合并输入结构模板和输入MSA特征的变化来为每个目标生成多样化的结构(表S5,“1.12.1Trainingprocedure”),从而为蛋白质构象多样性提供了有价值的见解。对于小分子对接计算,采样备选配体结合口袋几何构型尤为重要。比较生成的结构集中最接近的...
Transformer大杀器进入蛋白质组学,一文梳理LLM如何助力生命科学...
pLM领域中,GPT型Decoder的一个早期例子是ProtGPT2,参数量级为738M,在5000万个蛋白质序列上训练而成。ProtGPT2成功生成了与天然蛋白质有相似特征的序列,比如含有的氨基酸类型以及各种氨基酸的出现频率,而且序列在有序(稳定)和无序(灵活)区域之间表现出类似的平衡。