AI蛋白质折叠:在生命宇宙中漫游,远眺生物经济的流光
答案在于,蛋白质拥有丰富而复杂的空间结构,这些结构决定了蛋白质的功能。蛋白质以氨基酸为基本组成单位,氨基酸的不同排列(即序列)以及在此基础上的卷曲折叠,形成了特定的三维立体结构,进而执行不同的功能。人类现在已知组成蛋白质的氨基酸有20余种,如果它们可以以任意顺序和长度链接、并折叠形成不同的蛋白质,那么理论上...
...学院蔡华珍教授等:多频复合超声真空煮制对卤牛肉肌纤维结构及...
蛋白质二级结构是多肽链通过氢键沿一定方向盘旋、折叠而形成有规则的重复构象,包括α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规卷曲结构。由图2可知,各处理组牛肉肌原纤维蛋白质在波长208nm和222nm附近有两个强负吸收峰,这是α-螺旋结构的特征吸收峰,该特征吸收峰峰形随着超声波频数的增加渐趋平缓。利用软件进一步定量分...
河南科技大学罗登林教授等:热处理对荞麦麸皮蛋白结构与理化特性
由图2B可知,未经过热处理的SPI、TBBP与CBBP中二级结构的主要组成为相对稳定的α-螺旋与β-折叠结构,两者结构总占比可衡量蛋白质的稳定性,TBBP与CBBP中α-螺旋和β-折叠结构所占总比例相近(分别为66.95%和67.84%),均低于SPI(68.30%),表明制备的荞麦麸皮蛋白二级结构的稳定性低于SPI。经热处理后,SPI-G、TBBP-G与...
上海交大周冰心博士:锚定稀缺生物数据挑战,图神经网络重塑蛋白质...
总结来说,每一个有结构的主体(比如一个蛋白质)都可以被表示成一个图,如下图所示:可以使用G表示图,v表示节点,ε表示边,Xv表示节点上的特征,邻接矩阵A表示节点连接情况,Xe表示边的特征。基于图的3个基本元素(节点、边、图),可以对图上的向量表征和预测任务进行分类,如下:*节点预测(node-le...
解密蛋白变性后圆二色谱:探索变性过程中结构特征的演变与影响
1.蛋白质二级结构的变化:蛋白质的二级结构是指蛋白质中氨基酸残基的排列方式,包括α-螺旋、β-折叠和无规卷曲等结构。蛋白变性后,其二级结构通常会发生明显改变,如α-螺旋向β-折叠的转变或二级结构的部分或完全丧失。2.蛋白质三级结构的变化:蛋白质的三级结构是指蛋白质中各个氨基酸残基之间的空间排列方式。变性...
2024重组胶原蛋白行业白皮书:从美业革新先锋到精准医疗动力源
重组胶原蛋白具备的高拉伸强度、生物降解性能、低抗原活性、低刺激性等特征,不仅是护肤品、医美产品、保健品的理想生物活性成分,还在严肃医疗领域有着关键性的应用(www.e993.com)2024年9月19日。打开网易新闻查看精彩图片重组胶原蛋白严肃医疗应用数据来源:蛋壳研究院尽管重组胶原蛋白在生物医用材料领域展现出巨大的潜力,但尚未大规模应用于严肃...
Transformer大杀器进入蛋白质组学,一文梳理LLM如何助力生命科学...
ProtGPT2成功生成了与天然蛋白质有相似特征的序列,比如含有的氨基酸类型以及各种氨基酸的出现频率,而且序列在有序(稳定)和无序(灵活)区域之间表现出类似的平衡。此外,研究人员目测,ProtGPT2生成的蛋白质保留了一些结合位点,这对功能性至关重要。尽管生成的序列看起来很靠谱,但很难说它们的功能是否真的像天然蛋白...
...药物研发新革命,AlphaFold3太强了!专家团队手把手教授AI蛋白质...
??脚本编写:自动化常见的蛋白质设计任务,如序列对比、结构预测。??机器学习:使用Scikit-learn进行特征提取、模型训练、评估和优化。6.实战项目??项目1:蛋白质序列数据分析,如统计特定序列的频率、可视化序列分布等。??项目2:蛋白质结构预测,使用机器学习技术预测蛋白质的二级结构或功能位点。
两派最聪明头脑的激烈竞争,让化学键理论兼容并蓄
随着时间的推移,鲍林的兴趣逐渐转向生物大分子,他是使用X-射线晶体衍射实验测定生物大分子结构的先驱。基于对血红蛋白的研究,鲍林提出了α螺旋和β折叠作为蛋白质二级结构的理论。二战后,鲍林已然是美国科学界举足轻重的人物,战争的后果促使他成为积极的和平主义者。他参与了爱因斯坦(A.Einstein)和西拉德(L.Szilárd)...
前沿综述:面向复杂系统建模的多模态图学习
相互作用通常是明确给出的,因此可视为图是预先给定的,该组件负责将已有的图结构与其他模态结构相结合(例如,在图5c中,“拓扑发现”部分对应于将蛋白质表面信息与蛋白质结构本身相结合)。当数据没有预设网络结构时,揭示拓扑组件会基于显式特征(例如,空间和视觉特征)或隐式特征(例如,表示中的相似性)来探索可能的邻接...