超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用

该研究在AlphaFold2的基础上推出了AlphaFold3,能够以前所未有的准确度预测所有生命分子的结构和相互作用(包括蛋白质、核酸、小分子、离子)。在蛋白质-配体相互作用方面的预测精度远高于当前最先进的分子对接工具,在蛋白质-核酸相互作用方面的预测精度远高于专门针对核酸的预测工具,在抗体-抗原相互作用方面的预测精度也显著...

前沿透视|Cell:人工智能引领发现介导受精过程的膜蛋白相关新型...

预测结果显示,这三个蛋白质的Ig样结构域和跨膜区形成了紧密的相互作用,包括氢键、疏水作用和离子键等。预测还显示了这些蛋白质之间具有电荷互补性,这进一步支持了该三元复合物模型的稳定性。因此,基于这些预测结果,研究人员提出了一个假设:Tmem81是一种重要的受精因子,在脊椎动物精子的受精过程中通过与Izumo1和Spac...

David Baker 任科学顾问,发布世界最大蛋白质相互作用数据库!

蛋白质-蛋白质相互作用(Protein-ProteinInteractions,PPI)是细胞生命活动的重要组成部分，在调控和维持细胞的生理功能中（如细胞的信号传导、代谢反应和基因表达）发挥着不可或缺的作用。然而目前PPl数据库中的数据相对较少，最新的结合亲和数据集(PDBbind+)只有3,176个数据。DynoTherapeutics的高级机器...

哈尔滨商业大学辛嘉英教授等:酚酸与蛋白质和碳水化合物相互作用

蛋白质与酚酸之间的非共价相互作用通常是可逆的,可以通过多种机制实现,如氢键、静电相互作用、范德华力、疏水相互作用等。表1列出了蛋白质和酚酸以不同作用力实现的非共价相互作用。非共价相互作用非常不稳定,尤其依赖于pH值、离子强度和温度。低、中性的pH值有利于非共价键的形成。非共价相互作用具有操作简单、反应...

鱼精蛋白和肝素的相互作用:我们知道和不知道的

鱼精蛋白本身具有剂量依赖性抗凝血特性:它干扰凝血因子和血小板功能;它刺激纤维蛋白溶解;可导致血小板减少和凝血酶相关血小板聚集减少;它以剂量依赖性方式降低血小板对凝血酶受体激动剂的反应。在这篇综述中,我们将重点介绍鱼精蛋白及其与肝素的相互作用。值得注意的是,鱼精蛋白不仅能够拮抗普通肝素(UFH),还能够在不同...

Nature Methods | 解码RNA与蛋白质相互作用的新视角:TREX技术的突破

01RNA与蛋白质相互作用是调控基因表达的重要机制之一,影响细胞的命运和生理状态(www.e993.com)2024年11月3日。02TREX技术是一种创新的实验方法,能够精确识别出与特定RNA区域相互作用的蛋白质。03TREX技术具有高特异性、高灵敏度和操作简便等优势,可应用于不同细胞类型和疾病研究。

探索蛋白质相互作用的奥秘:GST-Pulldown质谱的应用

1.蛋白质相互作用研究:GST-Pulldown质谱技术广泛应用于蛋白质相互作用的鉴定和验证。通过与目标蛋白质相互作用的其他蛋白质可以通过质谱分析鉴定和定量,从而揭示蛋白质相互作用网络的组成和动态变化。2.蛋白质功能研究:GST-Pulldown质谱技术可用于筛选与目标蛋白特定功能相关的结合蛋白。通过富集结合蛋白并使用质谱分析...

打破AlphaFold大模型局限,世界最大蛋白质相互作用数据集AlphaSeq...

他们最近发布的AlphaSeq数据库专注于蛋白质-蛋白质相互作用(protein-proteininteraction,PPI),包含了超过7.5亿条测量结果,构成了世界上最大的PPI数据集。在AlphaSeq数据的基础上,训练出的AlphaBind模型可以准确预测有不同结合特性(亲和力、特异性、交叉反应性、表位等)的蛋白质序列,从而辅助蛋白质设计或发现全新的蛋...

质谱分析蛋白相互作用:深入了解生物药物的分子机制与优化设计

质谱分析蛋白相互作用的基本原理是通过质谱仪器对蛋白质样品进行分析,以鉴定和定量相互作用的蛋白质。常用的质谱分析方法包括质谱光谱法、串联质谱法和结构质谱法。这些方法可以通过测量蛋白质分子的质量、结构或特定碎片的生成情况来识别蛋白质之间的相互作用。

Nature:新研究深入揭示酵母的蛋白-蛋白相互作用网络

这一发现是蛋白研究领域向前迈出的决定性一步,代表了对有机体蛋白-蛋白相互作用网络的首次全面认识。相关研究结果于2023年11月15日在线发表在Nature期刊上,论文标题为“Thesocialandstructuralarchitectureoftheyeastproteininteractome”。Milgram在20世纪60年代进行的那项著名实验表明,人们平均仅通过六...