Nature Methods:肿瘤进化的空间图谱:CalicoST算法揭示癌症克隆的...

初步步骤包括使用参考单倍型数据库通过基于人群的算法(如Eagle2)对SNP进行相位。这种相位通常对邻近SNP可靠,但在远离SNP的情况下可能存在错误。3.错误校正CalicoST通过计算所有点的B等位基因频率(BAF)来纠正潜在的相位错误,从而有效地创建伪混合样本。这有助于通过聚合来自多个空间位置的数据来提高等...

...Novor(快序生物)实现对人血清多抗直接测序,获得SARS-CoV-2中和...

03然而,从血清中直接富集多抗进行从头测序,是获得优质治疗性抗体的有效途径。04研究团队建立了血清多抗的测序流程,包括蛋白分离、非还原条件下蛋白消化、从头测序等。05通过这一系列精心设计的步骤,研究团队成功鉴定出准确的抗体序列,展示了蛋白从头测序技术的独特价值。以上内容由腾讯混元大模型生成,仅供参考...

昭衍药物发现丨单克隆抗体发现技术之单B细胞测序

同时,昭衍抗体发现平台也可通过对单细胞PCR,把同一细胞内天然配对的轻重链可变区(VH/VL)进行扩增之后,构建成ScFv库,再利用酵母展示的方法筛选抗原特异性单克隆抗体,或利用NGS测序技术获取抗体编码基因库。从以上过程中,利用NGS技术来获得抗体编码基因尚有局限:单纯从抗体编码基因的信息,无法确认该抗体的一些生物学功能...

中科院动物所金坚石组综述16S rRNA基因扩增子测序技术的前世今生

以下是大多数已发明的16SrRNA基因扩增子测序方法的标准流程：通过一对靶向16SrRNA基因保守区域的通用引物扩增菌群中细菌的16SrRNA基因，并利用高通量测序平台测序获得所有扩增的16SrRNA基因的序列。高通量的16SrRNA基因扩增子测序方法有以下优点：该方法基于16SrRNA基因的扩增，因此可以适用于未培养的细菌或低生物...

基因工厂云探秘系列4-- 从PCR到基因组装:揭示合成关键步骤与精准...

全流程试剂控制确保每个环节的质量。载体与PCR片段的连转反应由自动移液工作站操作,复苏液通过自动涂布仪进行样品涂布,并利用全自动菌落挑选仪筛选阳性克隆,支持二维码和条形码管理,大幅提高生产效率,减少人工失误。擎科生物还自主开发了"磁珠法测序平台"用于Sanger测序,确保目的序列100%准确,并采用创新的NGS测序技术——...

回顾:我们生活中常见的银杏树,是种濒危物种?基因测序透露答案

究其本源，还是和基因多样性减少有关(www.e993.com)2024年11月26日。香蕉是一种三倍体植物，经由人工长期杂交育种，已经不能实现有性生殖，所以香蕉只能依赖人工无性生殖不断“克隆”。但从商业角度来说，这是最为有利的，因为基因组高度相似的香蕉往往味道稳定、品质统一，能够带来较大的经济效益。然而，当疾病来临时，这些堪称完美经济作物的...

Nat Biotechnol | 揭开肿瘤亚克隆演化之谜:31种算法在模拟肿瘤中...

这将有助于优化实验设计(如测序深度)和算法选择,从而提高单样本肿瘤亚克隆重建的准确性和可靠性。(6月11日NatureBiotechnology在“Crowd-sourcedbenchmarkingofsingle-sampletumorsubclonalreconstruction”)肿瘤的演化过程是一个复杂且多步骤的过程,涉及正常细胞通过体细胞突变(somaticmutations)的逐步积累而...

同时获得T细胞与B细胞克隆空间信息,科学家提出新型空间转录组学...

免疫系统中的T细胞和B细胞,是获得性免疫反应非常重要的组成部分,它们会以特定的克隆形式来识别抗原。每个T细胞和B细胞在发育过程中,都有可能通过的可变(variable)、多样(diversity)和连接(joining)区域序列(VDJ序列)的重排,获得独特的抗原识别受体。

RNA和DNA测序助力儿童淋巴瘤精准诊疗,结合案例分析

在某些情况下,通过IG/TR基因靶向DNA测序进行克隆性评估可以提供额外的关键信息,例如,关于不同病变之间的克隆关系(如病例1)或区分新淋巴瘤和疾病复发。相同的克隆型信息也可以用于开发用于播散性疾病定量的分子检测,这在我中心正越来越多地实施。在较小的医院和资源较少的国家,本研究提出的工作流程可能较难实施,但即...

瞭望|从克隆猴到嵌合猴,灵长类模型还有多远?

除此之外，团队建立了包含PCR扩增（聚合酶链式反应）、微卫星亲子鉴定、基因组单核苷酸多态性深度测序、流式细胞仪检测、绿色荧光蛋白检测、免疫荧光检测的一系列严格的嵌合体分析流程。刘真举例说，小猴出生后，团队首先用微卫星亲子鉴定（类似人的亲子鉴定）来确定嵌合猴确实携带来自胚胎干细胞的信息，随后用基因组单...