??研究蛋白质热稳定性的几种方法
圆二色光谱(简称CD),或红外(傅里叶变换红外(FourierTransformInfrared,FTIR)光谱),是应用最为广泛的测定蛋白质二级结构的方法,是研究稀溶液中蛋白质构象的一种快速、简单的方法。圆二色谱法诞生于20世纪60年代,其原理是利用左、右两束偏振光透过具有手性结构的生物大分子等活性介质,获得的圆二色谱来分析其结构特点,...
Nature子刊,快10倍,基于Transformer的逆向蛋白质序列设计方法
从历史上看,这已经足够全面了;然而,包括CARBonAra在内的现代蛋白质设计方法可以设计出相似性低得多的蛋白质,这些蛋白质可以保留功能并高度稳定。结语展望未来,与其他蛋白质设计方法相比,CARBonAra具有一些优势,主要与其仅基于元素名称和坐标的内部工作有关,不需要任何进一步的参数化或中间计算。因此,CARBonAra看...
Nat Commun | AlphaFold2新方法高通量预测蛋白质构象分布,准确率...
GMCSF中N端螺旋A的动态变化可形成两种构象:一是封闭构象(基态),这是晶体堆积时最稳定的GMCSF构象;二是开放构象,可与肝素和其他免疫系统调节剂进行结合。图4:该研究预测的两个蛋白质系统的构象集合。研究团队使用野生型人类GMCSF序列作为查询和JackHMMR方法构建了MSA(112个序列)后,确定了导致GMCSF构象最大多样性的...
填补AlphaFold3空白,字节跳动提出物理引导的方法让蛋白质动起来
研究者评估了不同引导方法下模型在蛋白质构象生成任务上的性能,在快速折叠蛋白质(fast-foldingproteins)和牛胰蛋白酶抑制剂(BPTI)两种包含分子动力学模拟生成构象的蛋白质数据集上着重考察了生成样本的是否属于低能态、多样化且服从真实分布。1.快速折叠蛋白质(fast-foldingproteins)评估研究者在快速折叠蛋白质数...
蛋白质结构的解析方法:如何揭示蛋白质的三维构象?
解析蛋白质结构的方法,包括X射线晶体学、核磁共振和电子显微镜等,为我们揭示蛋白质的三维构象和功能提供了强大的工具。这些方法在药物研发和生物学研究中具有重要的应用价值,将进一步推动我们对蛋白质结构与功能的理解和应用。
韩国版AlphaFold?深度学习模型AlphaPPIMd:用于蛋白质-蛋白质复合...
首先,AlphaPPImd框架会对蛋白-蛋白复合物的MD轨迹进行预处理,得到两条链的序列长度、序列组成和氨基酸残基类型,并通过计算轨迹中选定残基的Φ,Ψ角度,以表示不同的构象状态(www.e993.com)2024年9月16日。(如上图中粉色与绿色虚线框内所示)其次,研究人员通过向量模块(embeddingmodule)将蛋白-蛋白复合物MD轨迹的每一帧输入Alpha...
访菲鹏数辉马步勇|AI与分子模拟引领创新,“构象选择机制”开辟...
首先,它能够识别多种构象,克服了传统方法仅关注静态结构的局限性。由于蛋白质在功能上能够展现出不同的构象,动态构象设计能够捕捉这些变化,进而分析诊疗与不同构象的结合效果。这不仅增加了诊疗设计的特异性,还提高了诊疗与特定构象的亲和力。在靶点优化方面,多构象识别同样具有巨大潜力。通过识别和利用蛋白质的不同...
恭喜张老师|张贵军课题组:蛋白质结构预测的最新进展与挑战
尽管人工智能在该领域取得了显著的成就,但仍存在一些挑战和局限性。本文就蛋白质结构预测的研究进展和一些挑战进行了综述。这些挑战包括预测多结构域的蛋白质结构、蛋白质复合物结构、蛋白质的多种构象状态和蛋白质折叠途径。此外,还强调了可以进行进一步改进的方向。图1显示了过去几年来的一些蛋白质结构预测方法。
深圳湾实验室周耀旗:填补AlphaFold 2缺口,开启所有蛋白质结构的高...
解决同源序列不足的蛋白质结构预测的两种方法是:用新解析的基因组或宏基因组数据更新序列数据库,并提高同源搜索的灵敏度。这可能对某些蛋白质有效,但不能解决那些缺乏天然同源序列的蛋白质的问题。另外一种方法是,通过学习数据库中的其他进化序列,使用隐含进化信息的蛋白质语言模型。然而,这两种方法均无法对不同...
科学家研发新型荧光探针,通过荧光蛋白与阿片受体融合实时监控阿片...
比如,需要在保持受体功能的同时,找到最佳的荧光蛋白插入位点和连接序列。期间,涉及到大量的分子生物学工作,包括设计、构建和筛选数百个不同的变体。而在体外表征阶段,则需要仔细评估每个探针变体对不同阿片肽和受体亚型的反应。包括详细测定探针的动态范围、灵敏度、选择性以及反应动力学。