想改造蛋白质?交给人工智能吧

2020年蛋白质结构预测模型AlphaFold2横空出世,上海交通大学物理与天文学院、自然科学研究院教授洪亮大受震撼。彼时他是计算化学领域的专家,志在借助各类装置“看清”蛋白质的结构,并用传统计算方法解释其结构特点。AlphaFold2颠覆了这一切——它能广泛预测蛋白质的结构,准确程度不亚于真实实验所获。不出所料,AlphaFold的...

AlphaFold为什么能精准预测蛋白质结构?

AlphaFold3不仅仅能够预测蛋白质的三维结构,也能预测更广泛的生物分子复合物的结构(包括蛋白质、核酸、配体等),以及生物分子之间的相互作用。有趣的是,尽管AlphaFold3对于预测精度和广度都有提升,它自身的模型架构相比AlphaFold2却更加简化而且通用了。AlphaFold2虽然使用了Transformer这种通用的模型,但同时它也加入了...

科学家开发生成式AI模型,可准确预测蛋白质-配体复合体结构

第一层是语义层,用于预测蛋白和小分子相互作用过程中的接触图。“通俗地理解就是,小分子在引入之后,对蛋白内部长距离的相互作用的影响。我们提出了一个高效的、基于高阶注意力机制的架构来学习这些长程相互作用。”乔卓然表示。第二层则是根据语义约束,基于扩散模型对小分子和蛋白结合结构的三维坐标进行预测。“...

又一突破性成果!人工智能大模型预测蛋白质结构速度再次提高数百倍!

所有蛋白质都有三级结构,三级结构跟蛋白质的稳定性关系最大,如果三级结构被破坏,蛋白质就会失去部分或全部功能。部分蛋白质还有四级结构,传统实验室观测蛋白质结构的方法主要有三种,即核磁共振、X射线晶体学、冷冻电镜,但这些方法往往依赖昂贵的设备,还要反复试错,搞清楚每种蛋白质的三维结构都需要花费数年时间。人体...

解锁蛋白质结合剂设计,谷歌DeepMind推出首个蛋白质生成模型

包括基因组学研究、加速药物设计、新材料开发、培育作物等等。此次AlphaProteo则将是更更近了一半。从更层次来说，人工智能技术及AI大模型的兴起，也推动了AIforScience的进步和发展，让越来越多领域和专业学者开始使用大模型工具或系统，以提升科研的效率，并取得更好的结果。

汇集结构质谱尖兵,开拓蛋白质结构生物学的新天地——第十四届质谱...

本次会议中,王冠博研究员将围绕生物样本中蛋白高级结构的质谱分析主题分享报告(www.e993.com)2024年11月24日。生物质谱已成为蛋白质多次结构表征的重要工具。为将蛋白结构质谱技术的应用拓展至生物样本乃至临床样本中,我们针对背景基质复杂、糖基化等修饰异质性高、超大分子量颗粒结构层次多样等问题,以非变性质谱等质谱手段为核心工具开发了一系列组合策...

...突破性的纳米蛋白质组学技术揭示人体心肌肌钙蛋白复合物的结构...

在非变性条件下,使用肽功能化的超顺磁性纳米粒子对cTn复合物进行富集和纯化,以实现cTn复合物的同位素解析,揭示其复杂的结构和组装。此外,nTDMS阐明了cTn复合物的化学计量和组成,定位Ca2+结合域,定义cTn-Ca2+结合动力学,并提供蛋白质形态的高分辨率图谱。这种天然纳米蛋白质组学策略为内源天然蛋白质...

AI蛋白质折叠:在生命宇宙中漫游,远眺生物经济的流光

巨大的研究价值,加上有限的研究手段和缓慢的研究进展,让蛋白质结构研究成为现代分子生物学“皇冠上的明珠”。仅在二十世纪的后四十余年内,蛋白质相关的研究成果就有七次获得诺贝尔奖,足见其研究难度和价值。就此,深入广阔无垠的蛋白质世界、揭开更多的生命奥秘,成为生命宇宙探索的一个清晰的航向。

不只是 AlphaFold,一文读懂蛋白质折叠的前世今生:从“不可能”到...

随着时间的推移,蛋白质折叠问题又衍生出新的问题。主要包括以下三点:能否根据氨基酸序列预测蛋白质的结构?折叠的“密码”是什么?折叠机制又是什么?20世纪60年代早期,第一批通过实验确定的蛋白质结构问世。剑桥大学的两位生物学家MaxPerutz和JohnKendrew将蛋白质培育成晶体,用X射线轰击它们,并测量射线...

不只是AlphaFold!一文读懂蛋白质折叠的前世今生:从“不可能”到...

随着时间的推移,蛋白质折叠问题又衍生出新的问题。主要包括以下三点:能否根据氨基酸序列预测蛋白质的结构?折叠的“密码”是什么?折叠机制又是什么?20世纪60年代早期,第一批通过实验确定的蛋白质结构问世。剑桥大学的两位生物学家MaxPerutz和JohnKendrew将蛋白质培育成晶体,用X射线轰击它们,并测量射线...