Nature:胡政/贺雄雷/何真团队揭示早期肿瘤从多克隆至单克隆转变的...

基因组测序数据显示,大约30%的人类肠息肉是多克隆起源,且具有较低的突变负荷和拷贝数变异。病理特征也表明,相比单克隆息肉,多克隆息肉尺寸更小、恶性程度更低;相反,单克隆息肉表现出更多的基因组变异、较大尺寸和更高的恶性程度。这些发现在人体中验证了小鼠的谱系示踪结果,共同支持了多克隆向单克隆转变的早期肿瘤演...

中科院动物所金坚石组综述16S rRNA基因扩增子测序技术的前世今生

以下是大多数已发明的16SrRNA基因扩增子测序方法的标准流程：通过一对靶向16SrRNA基因保守区域的通用引物扩增菌群中细菌的16SrRNA基因，并利用高通量测序平台测序获得所有扩增的16SrRNA基因的序列。高通量的16SrRNA基因扩增子测序方法有以下优点：该方法基于16SrRNA基因的扩增，因此可以适用于未培养的细菌或低生物...

昭衍药物发现丨单克隆抗体发现技术之单B细胞测序

同时,昭衍抗体发现平台也可通过对单细胞PCR,把同一细胞内天然配对的轻重链可变区(VH/VL)进行扩增之后,构建成ScFv库,再利用酵母展示的方法筛选抗原特异性单克隆抗体,或利用NGS测序技术获取抗体编码基因库。从以上过程中,利用NGS技术来获得抗体编码基因尚有局限:单纯从抗体编码基因的信息,无法确认该抗体的一些生物学功能...

柳叶刀-微生物丨全基因组测序揭示我国肺炎支原体流行病学和耐药现状

总之,这项多中心研究结果表明,随着COVID-19限制的放宽,肺炎支原体可能引发了新的疫情,而大环内酯类耐药的肺炎支原体克隆在中国大陆广泛传播。此外,该研究还强调了高通量全基因组测序作为肺炎支原体流行病学监测和诊断方法的适用性。▌原文链接:httpsthelancet/journals/lanmic/article/PIIS2666-5247(24...

“克隆猴之父”详解瓶颈:目标是把猴体细胞克隆成功率提升到10%以上

孙强表示，克隆不是一个自然发育的过程，要打破很多障碍。通过这个克隆过程中，人们可以了解胚胎早期发育的，尤其表观遗传学层面的生物学机制，这也是对生命的认识。目前，孙强团队正在用多组学和测序的方法来分析，细胞基础表观的变化是什么样的，克隆时什么样，来观察各种调控过程的振荡。科研三阶段：试管猴、转基因...

成本砍半!这家合成生物学+AI初创企业,要拿工程酵母做单细胞测序

通过其他单细胞方法,仅测序的成本将远远超过1.3M美元(10,000美元X136美元)(www.e993.com)2024年11月23日。但如果借助SamplingHuman的技术,成本降低至少一半。“成本减半,信息更清晰,手机信号更有针对性。这就是好处,“王博士评价道。利用SamplingHuman的技术,不仅可以识别和测量罕见的MDSC,还可以对其进行测序。

Nat Biotechnol | 揭开肿瘤亚克隆演化之谜:31种算法在模拟肿瘤中...

亚克隆重建的目的是通过分析肿瘤DNA测序数据中的突变特征来推断肿瘤亚克隆的定量特征。为了实现这一目标,研究人员开发了许多基于体细胞单核苷酸变异(SNVs)和拷贝数异常(CNAs)的算法。这些算法广泛应用贝叶斯推断(Bayesianinference)等方法来识别和量化肿瘤亚克隆的组成和演化。

RNA和DNA测序助力儿童淋巴瘤精准诊疗,结合案例分析

在儿童癌症中,基于RNA测序(RNAseq)的融合基因检测显示出比传统方法更高的灵敏度,使诊断率提高了约40%。2018年,RNAseq和全外显子组测序(WES)导致鉴定出至少5个成人弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)亚群。与传统的免疫组化和细胞遗传学分类相比,这些遗传特征不仅为DLBCL发病机制提供了新的信息,而且改善了预后...

同时获得T细胞与B细胞克隆空间信息,科学家提出新型空间转录组学...

“得益于更长的测序长度,我们能够对克隆谱系进行更精细的区分,并还原它们的空间分布,就像给克隆演化过程做了个快照。”林麒荣表示。在基础生物学/医学和临床具有应用潜力在本次研究中,研究人员验证了SpatialVDJ方法的可行性和可重复性,并体现了在基础生物学/医学和临床上的应用潜力。

Nature Genetics | 解析克隆性造血的隐秘世界:17个新基因与健康和...

研究方法在该研究中,研究人员利用Mutect2(BroadInstitute开发的一种高灵敏度体细胞突变识别工具)对UKBiobank中200,618名个体的全外显子组测序数据进行分析,识别出52,701个可能的编码体细胞变异。为了确保数据的准确性,研究团队实施了严格的过滤步骤,剔除了可能的测序伪影和常见的种系变异(如在1000Genomes、ExAC...