Nature | 蛋白质测序技术突破:PASTOR单分子水平精准解读蛋白质...
通过PASTOR技术,研究者绘制出了不同条件下蛋白质的磷酸化图谱,表明该技术能够精准量化并检测蛋白质分子上的多种磷酸化状态。PASTOR技术在读取折叠状态下的蛋白质结构域方面的能力(Credit:Nature)折叠蛋白质的读取示例:图a展示了使用PASTOR技术对折叠蛋白质结构域进行连续读取的实验设计。研究者选用了绿色荧光蛋白(GFP)...
西湖大学李子青/深圳湾实验室周耀旗等解读AI赋能的蛋白质结构与...
利用可基因编码的多肽标签-蛋白质化学反应,通过合理的设计及与蛋白质折叠的结合,我们已经合成了多种具有复杂拓扑结构的蛋白质,包括轮烷、纽结蛋白质、套索蛋白质、蛋白质索烃等。在此基础上,我们发展了单结构域蛋白质的拓扑改造方法,实现了一系列单结构域蛋白质拓扑异构体的选择性合成,并初步探讨了拓扑对构效关系的影...
预测蛋白质-DNA结合特异性,南加州大学开发几何深度学习新方法
在额外的原理验证研究中,研究人员将DeepPBS应用于针对特定DNA序列的计算机设计的蛋白质-DNA复合物,该复合物来自最近一项结合结构设计与DNA诱变实验的研究。DeepPBS也可用于分析分子模拟轨迹。「对于研究人员来说,找到一种适用于所有蛋白质、而不局限于某个研究透彻的蛋白质家族的方法非常重要。这种方法还使...
Nature Methods | 突破传统方法:DeepPBS模型助力蛋白质-DNA相互...
蛋白质-DNA结构通常通过X射线晶体学、核磁共振光谱或冷冻电子显微镜实验获得,并存储在蛋白质数据银行(PDB)中。尽管这些结构显示了一个结合的DNA序列和相关的物理化学相互作用,但它们并不包含所有可能结合的DNA序列。相反,结合特异性数据可以通过蛋白质结合微阵列、SELEX测序、染色质免疫沉淀测序等实验获得,但这些实验不...
Nat. Methods. 速递:考虑生物背景信息的单细胞蛋白质计算模型
此外,文章采用定量统计学计算方法表明,模型考虑细胞类型信息后,的确会让来自相同细胞类型的蛋白表示相似度更高,反之亦然(图3a-b)。从组织层面,文章发现模型生成的组织层次表示也是合理的(图3c)。其次,研究者们选取了典型可结合蛋白对:PD-1/PD-L1和B7-1/CTLA-4,通过消融实验证实加入生物背景信息(...
全球首次湿实验证实,上交成功实现“蛋白质功能定向进化”,零数据...
但现有方法大多是基于多序列比对(MSA)或蛋白质语言模型(PLM)对蛋白质序列进行特征提取(www.e993.com)2024年9月16日。前者高度依赖于同源序列的数量,但在实际应用中,并非所有蛋白质序列都能进行深度的同源比对;后者需要大量训练数据和复杂的模型设计,导致训练成本很高。即使是使用当前主流的自然语言预训练模型的思路,考虑到每个蛋白质都有独特的性质...
河南工业大学
通过理论学习和科学研究,使学生能综合运用本专业的相关知识解决粮食、油脂及植物蛋白生产、产品质量控制中遇到的实际问题,并能为企业提供科研规划、产品研发方案。本硕士点已初步形成了粮食、油脂及植物蛋白加工基础研究、应用研究和工艺设计相结合的人才培养模式,其部分研究在国内外同领域处于先进地位。
解密蛋白质互作网络的关键方法:深入解析GST Pull-Do
在这个领域中,一种被广泛应用的关键实验方法是GSTPull-Down。通过GSTPull-Down实验,我们能够揭示蛋白质互作网络的组成和功能,从而为药物研发和疾病治疗提供重要的指导。本文将详细解析GSTPull-Down实验的原理、应用和重要性,带领读者深入了解这一关键方法。
深圳湾实验室周耀旗:填补AlphaFold 2缺口,开启所有蛋白质结构的高...
也就是说,这种具有成本效益的技术可以在任何分子生物学实验室进行,而不需要昂贵的设备。相比用实验方法解析这些结构,如X射线衍射或冷冻电镜等,费用要低至少一个量级,而且该方法实验操作简单,后续有望改写蛋白质结构的研究范式。此外,这一技术可以进一步扩展到预测蛋白质复合物,以及具有翻译后修饰的蛋白质的结构...
动态追踪蛋白质结构:深入了解氢氘交换质谱的原理与应用
通过在不同时间点上进行氢氘交换实验,可以观察到蛋白质中不同区域的氢氘交换程度的变化,进而揭示蛋白质折叠的动态过程。这有助于我们理解蛋白质的结构演化和折叠机制,为揭示蛋白质的功能提供重要线索。三、探究蛋白质相互作用和配体结合蛋白质的相互作用和配体结合对于其功能发挥和药物设计至关重要。氢氘交换质谱...