中药单体靶点筛选新技术 | Phytomed揭示雷公藤红素靶向YY1和HMCES...

为了鉴定雷公藤红素的靶蛋白,我们进行了质谱耦联细胞热位移实验(MS-CETSA),然后通过基因敲低和过表达、细胞增殖实验、彗星实验、Westernblot、雷公藤红素探针原位标记和下拉实验、分子对接和生物层干涉实验进行了验证。多组学分析表明,雷公藤红素主要诱导K562T315I细胞的DNA损伤积累和未折叠蛋白反应。在12个最具潜力的雷...

Nature | 改写基因表达的未来:表观遗传编辑技术的突破及其潜力

特异性分析方法:研究人员采用了高通量测序技术,对编辑操作后的基因组进行了全面扫描,以识别可能的非目标编辑事件。此外,通过比对处理组与对照组的基因表达谱,进一步验证编辑的特异性。非目标效应评估:尽管EvoETR显示出高度的特异性,但在极少数情况下,研究人员仍观察到了微弱的非目标编辑活动。这些非目标效应主要集中在...

Genome Med | 首次揭示DNA去甲基化可促进结直肠癌细胞释放cfDNA...

最后,研究团队使用ATAC-seq和RNA-seq分别分析了HCT116DKO细胞与其亲代细胞(HCT116WT)的染色质可及性及基因差异表达情况。结果显示,DKO细胞中有10551个染色质可及性增加事件,且可观察到全基因组的染色质可及性重构;相比之下,WT细胞中仅有4470个区域的可及性(图...

...一种基于宏基因组序列空间生成无参考的蛋白质家族的计算方法

第一种方法是将测序读数精确地映射到一组已知的、有注释的参考基因组序列上,以提供已知生物、基因和潜在功能的快速概览。MG-RAST就是擅长这类分析的系统之一。在第二种方法中,将大量读数从头组装为contigs/scaffolds,可以为了解以前未被描述的生物体及其基因构成提供宝贵的信息。最近在组装和分选工具方面取得的技术进步...

如何让岁月“杀猪刀”刀下留人?让人永葆青春呢

当我们想从成千上万的基因中找到特定调控某个生理过程(如发育、衰老等)的基因时,遗传学筛选就是一个非常重要且有效的方法,往往能起到意想不到的效果。在常用于遗传学筛选的模式生物中,研究人员选用了线虫作为研究对象,因为线虫体型微小(身长仅1毫米),易于培养,遗传背景清楚且便于遗传操作,生命周期短,3.5天就可以...

「前沿资讯」CRISPRa文库筛选助力肝癌研究发现新靶点

图4候选基因的过度表达促进了肝癌细胞的增殖和侵袭研究人员使用WB检测蛋白表达水平，筛选出抑制效果最好的siRNA，用CCK8和Transwell检测细胞增殖和迁移(www.e993.com)2024年11月3日。结果显示，下调LMO1、MYADML2、PLK4和XAGE1B可在24h、48h和72h显著抑制HCC细胞增殖，Transwell实验清楚地显示，与HEPG2和Huh7细胞的siNC组相比，LMO1、MYADM...

【陈巍学基因】视频:PACE 噬菌体辅助基因连续进化方法

这是一种用噬菌体为基因载体,来对特定基因做持续定向突变的方法。接下来,我们会分“工作原理”和“实用案例”两个部分,对PACE进行讲解。一、工作原理我们先讲工作原理中的实验设计。1.1实验设计PACE实验的最基本原理,中间的这个是一个大肠杆菌和噬菌体培养瓶,里面有培养着大肠杆菌和我们要进行筛选的噬...

Phytomedicine | CETSA和TPP策略用于天然产物的靶点鉴定和药物...

然而,中药“多组分、多靶点、多水平”的特性导致许多传统的靶点筛选方法不适合快速发现中药靶点,如化学蛋白质组学,这使得靶点发现成为限制MoAs阐明和中药进一步临床应用的瓶颈。目前,揭示中药或中药方剂作用于细胞或生物后引起的整体基因组、转录组和蛋白质组的变化是揭示中药MoAs的常用方法。然而,这些组学水平的信号变化...

iMeta | 东北林业大学冯富娟组发现丛枝菌根真菌诱导削弱镉的迁移

WGCNA是一种无监督的分析方法,可以根据180种物质特异性样本的表达谱对基因进行聚类。为了稳健地构建共表达网络,我们仅保留至少一种物质的对应区域的mappedreads≥5的色谱峰面积,以及由CLCGenomicsWorkbench生成的区域之间的差异表达基因。物质表达按log2(FPKM+1)表达进行归一化。软阈值功率β计算邻接。为了最...

和元生物2023年年度董事会经营评述

2、基因治疗CDMO业务,报告期内实现销售收入10,699.11万元,较上年同期下降50.64%,主要由于外部经济市场环境延续疲弱态势、不确定性增加,全球和国内的生物科技领域融资均有明显放缓,基因细胞治疗CDMO行业下游客户融资进度普遍弱于预期,导致公司国内CDMO业务拓展、订单规模、项目交付等方面受到不利影响,短期内表现业绩下滑;面对...