我国科研团队发布水稻完整参考基因组

综合利用新一代测序技术,完成了“日本晴”参考基因组的完整组装,其大小为385.7百万碱基对,每条染色体的端粒到端粒均由一条完整连续的序列组成,碱基精确度超过99.9999%,最新的组装新增了12.5百万碱基对的基因组序列,主要解锁了水稻基因组中结构最为复杂的核糖体DNA序列、着丝粒区域、复杂转座子序列和端粒...

中国科学家牵头绘制精细水稻基因图谱,恢复“中国味”命名

中国农业科学院作物科学研究所黎志康研究员、国际水稻研究所KennethL.McNally和NickolaiAlexandrov高级科学家、上海交通大学生命科学与生物技术学院韦朝春教授、华大基因张耕耘博士、中国农业科学院深圳农业基因组研究所阮珏研究员、亚利桑那大学RodA.Wing教授为该篇论文的共同通讯作者。并列第一作者则有中国农业科学院作...

...| 南京农业大学张文利课题组在全基因组水平鉴定水稻单链DNA

该研究利用S1核酸酶切割单链DNA结合末端标记和测序方法(ISS1-seq),在全基因组水平表征了水稻ssDNA,发现ssDNA与多种非B型DNA结构和功能基因组位点相关,并具有独特的表观遗传特征;ssDNA可能独立或与非B型DNA结构、功能基因组位点及表观修饰一起共同调控基因转录。此外,ssDNA对水稻基因组中不同类型转座子(TEs)的活性和...

NSR | 中国农业科学院深圳农业基因组研究所商连光团队揭示转座子...

同时,研究人员利用SNP和TE的cis-eQTL分析鉴定到TE变异调控的基因3,868个,其中TE比起SNP标记特有调控的基因1,246个(图3),例如发现一个PILETIR插入基因OsRbohB的启动子区,显著影响了该基因的表达水平,进一步显著影响了水稻的千粒重,这些结果得到了实验的验证。这些新的TE变异位点有助于挖掘更多与重要农艺性状相关的...

华中农业大学揭示水稻雄性配子发生过程表观基因组动态重编程机制

4月2日,华中农业大学作物遗传改良全国重点实验室、湖北洪山实验室周道绣课题组在Genomebiology上发表了题为“DNAmethylationremodelingandthefunctionalimplicationduringmalegametogenesisinrice”的研究论文。研究结果表明,水稻DNA甲基化在雄配子发生过程中存在动态重编程现象,直接影响雄配子发育相关基因表达和...

黄学辉团队在《科学》刊文:研究1.8万份水稻“混血儿”,探索遗传构架

提取DNA针对各类水稻育种性状，该研究鉴定到了1207个基因位点，每个性状平均可以检测出27.5个基因位点，并在此基础上系统解析了水稻基因的遗传互作网络(www.e993.com)2024年11月13日。较以往工作，这项研究大幅提升了遗传定位的功效和分辨率，也大大加深了对水稻育种性状形成的了解。值得一提的是，这项研究涉及农学、生物学、信息学、统计学等多个...

福建省科学家创新水稻定向改良技术——神奇的基因“魔剪”

但这仍不是最高效的方法。杂交育种充满不确定性，需要海量筛选鉴定，育成一个品种通常需要8至10年。分子生物学的发展，破译了生命的遗传密码，也为提升育种效率打开了新的大门。人们发现，生命的外在特征取决于内在基因。基因的本质是DNA分子上的一些片段，ATCG等4种碱基的不同排列组合，决定了每一种基因的功能。这...

Science经典:植物基因组的同线性与共线性分析思路

在被子植物中,推断祖先基因顺序的一种方法是自下而上的方法,其中最近复制的片段被交错合并生成假设的中间体,然后逐步合并。然而,这种方法需要为每个复制事件进行额外的推断循环,并且可能会积累错误。另一种自上而下的替代方法只需要进行一次推断循环,同时搜索并对齐多个基因组和亚基因组(subgenome)中的所有结构相似的片...

揭秘基因组“暗物质”—新闻—科学网

经过深入讨论,专家组凝练出重大研究计划核心科学问题的4个方向,包括与遗传信息传递过程相关的非编码RNA,特别是长非编码RNA基因的鉴定与功能解析;与遗传信息传递相关的非编码RNA的生成、加工、修饰及代谢机制;非编码RNA与其他生物分子的相互作用、调控网络及其结构基础;非编码RNA研究的新方法和新技术。

王传超:2023年中国人群古DNA和古蛋白研究代表性成果及进展评述

随着测序价格的逐渐降低,学界或可考虑将位点有限的捕获测序转为全基因组测序,挑选内源DNA含量高且污染率低的样本直接进行全基因组测序来获得高质量高覆盖度的全基因组序列,大幅提高可用位点数目,增加群体遗传历史分析中的数据解析度。(四)东北到西辽河前期研究表明,在东北地区,自红山文化时期开始,西辽河流域农业...