基于Transformer的新方法,可从纳米孔测序中准确预测DNA甲基化

全基因组亚硫酸盐测序等测序方法可以成功检测5-甲基胞嘧啶DNA修饰。然而,它们存在读取长度短的严重缺陷,可能会引入扩增偏差。新加坡A*STAR的研究人员开发了一种深度学习算法Rockfish,该算法通过使用纳米孔测序(OxfordNanoporeSequencing,ONT)显著提高了读取级5-甲基胞嘧啶检测能力。该研究以「Rockfish:At...

...何川团队开发超快速精准检测微量DNA与RNA中5-甲基胞嘧啶的新方法

尽管亚硫酸氢盐测序(BS-seq)技术在基础研究和临床上应用广泛,但目前用于5mC检测的常规BS-seq方法有明显缺陷:1)反应时间长,限制了其在临床上的快速检测。2)在高GCDNA区域或高度结构化的DNA(例如线粒体DNA),C到U的转化不完全,导致高背景和假阳性。3)DNA降解严重,对微量的样品如cell-freeDNA(cfDNA)的检测带...

饮用水蓝绿藻检测方法

但这种方法需要耗费大量时间和人力。2、光学密度测量法:原理:利用蓝绿藻在不同波长下对光的吸收特性,通过测量一定波长的光在水体中透射时的光密度变化,推算出水体中蓝绿藻的浓度。操作特点:具有操作简便和实时监测的特点,适用于大范围水域的蓝绿藻监测。3、分子生物学技术(DNA测量法):原理:通过提取水体样品中的蓝绿...

cfDNA甲基化在器官和组织损伤检测中的强大力量

组织和器官损伤可以通过各种机制调控DNMT和DNA去甲基化酶(如TET和TDG),从而影响DNA甲基化状态,包括炎症、氧化应激和DNA损伤修复机制炎症在组织和器官损伤后,身体启动炎症反应以清除受损的细胞和组织,促进修复和再生。然而,这种炎症反应也可能导致DNA甲基化变化,因为炎症反应可以产生活性氧(ROS),亚硝酸盐和其他可能直接...

追问|科学家如何还原和挖掘海洋微生物基因数据?

对此，范广益认为，随着测序技术的进步和生物信息分析方法的完善，MAGs的准确性和生物学真实性得到了显著提高。在该研究构建的数据库中，研究团队对宏基因组数据进行了质量控制，并通过物种系统发育分析等方法提高分箱的准确性。他说，这样得来的MAGs能够代表海洋微生物的真实基因组，为理解微生物群落结构和功能提供了重要...

《食品科学》:东北农业大学孔保华教授等:锌原卟啉形成和呈色机理...

Laursen等使用体积分数为75%的丙酮溶液提取ZnPP,借助电子吸收光谱、荧光光谱和X射线荧光(XRF)光谱3种方法测定了帕尔玛火腿、伊比利亚火腿以及添加亚硝酸盐腌制火腿中ZnPP的含量(www.e993.com)2024年11月18日。3种光谱方法交叉验证,最终测得帕尔玛火腿和伊比利亚火腿中ZnPP的含量分别为12.1～15.6??g/g和12.5～14.6??g/g,其中添加亚硝酸盐腌制...

一切“伟大”源于作死:异形的解剖和生物学报告_腾讯新闻

※异形血液中的盐酸和硝酸也证明异形进食时还需要提取人体内的额外的氟和氯元素,也就是一些盐分。※异形呼吸除了需要氧气之外,也会利用大气中的氮气,与地球上的硝化细菌类似,利用硝化作用可以产生异形所需求的能量,同时这些硝酸盐也可以同化二氧化碳,产生糖原,供应异形肌肉组织、大脑中枢的能量。

蓝绿藻的危害、监测手段及应对措施

3、分子生物学技术(DNA测量法):通过提取水体样品中的蓝绿藻DNA,利用PCR、测序等分子生物学技术进行分析和测量。这种方法适合高通量测量和研究,具有高度的特异性和灵敏度,但成本较高。4、流式细胞仪法:利用流式细胞仪对水样中的微生物进行快速、准确的检测和计数。这种方法可以实现自动化和高通量检测,但设备昂贵...

鲁白:我们要做出真正一流的基础研究,还有很长一段路要走

第三个是1944年,美国细菌学家奥斯瓦尔德·艾弗里(OswaldAvery)提取出“转化因子”,并证实它就是DNA。艾弗里是整个分子生物学兴起事件中的核心人物,他的实验说明传递遗传信息的物质是DNA而不是蛋白质。第四个是1950年,美国生物化学家埃尔文·查戈夫(ErwinChargaff)应用紫外分光光度法结合纸层析简单技术,发现DNA碱基...

《自然》2024最值得关注的七大技术:ChatGPT未入选

名为RESI的成像形式或能对DNA内的个体碱基对进行成像。来源:MaxIglesias,MaxPlanckInstituteofBiochemistryONE是一种基于膨胀显微镜技术的方法,需要将样本中蛋白质化学耦合到水凝胶基质上,使蛋白质断裂,再让水凝胶体积膨胀1000倍。碎片会向各方向均匀膨胀,保留蛋白质的结构,并能用标准的共聚焦显微镜解析相隔几...