预测蛋白质-DNA结合特异性,南加州大学开发几何深度学习新方法
蛋白质结构预测方法(包括AlphaFold、OpenFold和RoseTTAFold)以及蛋白质-DNA复合物建模器(例如RoseTTAFoldNA(RFNA)、RoseTTAFoldAll-Atom、MELD-DNA和AlphaFold3)的快速发展,导致可供分析的结构数据数量呈指数级增长。这一场景凸显了对用于分析蛋白质-DNA结构的通用计算模型的需求日益增长。研究人员展示了De...
“阿尔法折叠2”预测蛋白结构近原子水平
将实验方法得到的蛋白质结构叠加在“阿尔法折叠2”的结构上,组成蛋白质主链骨架的叠加原子之间的距离中位数(95%的覆盖率)为0.96埃(0.096纳米)。成绩排第二的方法只能达到2.8埃的准确度。“阿尔法折叠2”的神经网络能在几分钟内预测出一个典型蛋白质的结构,还能预测较大蛋白质(比如一个含有2180个氨基酸、无同源结...
Nature Methods | 突破传统方法:DeepPBS模型助力蛋白质-DNA相互...
蛋白质结构预测方法(如AlphaFold、OpenFold和RoseTTAFold)以及蛋白质-DNA复合体模型(如RoseTTAFoldNA、RoseTTAFoldAll-Atom、MELD-DNA和AlphaFold3)的快速发展,导致可用于分析的结构数据呈指数增长。这种情况突显了需要一个通用的计算模型来分析蛋白质-DNA结构。该研究展示了DeepPBS如何与结构预测方法结合使用,以预...
AlphaFold为什么能精准预测蛋白质结构? | 返朴
这是蛋白质结构预测界的奥林匹克竞赛,来自世界各地的参赛团队会拿到未知结构的蛋白质的氨基酸序列,然后使用自己的算法预测其三维结构,最后和实验测定结果进行比较,相似度越高分数就越高。在这一年的比赛中,AlphaFold2取得了中位数分数92.4分(满分100分;90分以上被认为预测方法可与实验方法媲美)的高分预测结果,它预测...
单模型斩获“蛋白质突变预测”榜一,西湖大学提出基于结构词表方法
方法该研究利用Foldseek将蛋白质进行编码,生成了一维的3Di结构序列(使用了Foldseek的结构词表,每种3Ditoken代表不同的局部结构),这样的结构序列与氨基酸序列是等长的。因此研究人员使用了一种简单而有效的结构嵌入方式:将结构词表和氨基酸词表计算笛卡尔积(即两两组合),形成新的结构感知词表。
...系首个在生物分子结构预测方面超越基于物理工具方法的AI系统
AlphaFold3的生物分子结构准确率比现有最好的方法高50%论文称,基于AlphaFold2能力的提升,AlphaFold3如今能预测蛋白质与其他蛋白质、核酸、小分子、离子、修饰蛋白质残基的复合物,以及抗体-抗原相互作用,其预测准确性显著超过当前预测工具,包括AlphaFold-Multimer(www.e993.com)2024年10月5日。DeepMind团队称,这意味着AlphaFold3将人类带到...
科学家开发生成式AI模型,可准确预测蛋白质-配体复合体结构
从效果上看,NeuralPLexer比现有的方法更加先进。首先,从定性方面看,该模型在小分子结合以后对蛋白功能产生影响的体系上,取得了比AlphaFold更好的全局结构预测精度。与此同时,该模型可以实现在非功能态和功能态之间,对于小分子有不同的选择性。“我们可以通过改变模型的输入,将这几个状态的最终构象区分开。这是...
AI预测蛋白质结构或助力开发新型抗抑郁药,《自然》:重视它
AlphaFold是总部位于英国伦敦的DeepMind开发的人工智能(AI)工具。2020年,DeepMind推出AlphaFold2,改变了人们对蛋白质及其相互作用的理解方式。2023年10月底,DeepMind又推出AlphaFold3,可以预测蛋白质数据库(PDB)中几乎所有分子的结构,被认为有望改变药物发现的“游戏规则”。与疾病相关的蛋白质分子结构已经在...
探索蛋白质结构解析的新途径与方法
二、新方法1.冷冻电子显微镜(cryo-EM):冷冻电子显微镜是近年来蛋白质结构解析领域的重要突破之一。与传统的X射线晶体学不同,cryo-EM技术不需要蛋白质的晶体样品,而是通过冷冻和电子显微镜技术直接观察和分析蛋白质的结构。这种方法对于大型和难溶解的蛋白质非常有优势,使得蛋白质结构解析更加便捷和高效。
深圳湾实验室周耀旗:填补AlphaFold 2缺口,开启所有蛋白质结构的高...
解决同源序列不足的蛋白质结构预测的两种方法是:用新解析的基因组或宏基因组数据更新序列数据库,并提高同源搜索的灵敏度。这可能对某些蛋白质有效,但不能解决那些缺乏天然同源序列的蛋白质的问题。另外一种方法是,通过学习数据库中的其他进化序列,使用隐含进化信息的蛋白质语言模型。然而,这两种方法均无法对不同...