...CUT&Tag技术,可精准检测单细胞基因组复杂区域的染色质修饰
基于二代测序平台检测方法的另一个主要局限在于无法在单细胞水平上直接检测同一条DNA分子上相邻调控元件(例如相邻的启动子和增强子)是否存在相同组蛋白修饰或相同转录因子的共占位事件。此外,短读段也限制了其对染色质修饰进行单倍型分析的能力,而单倍型分析对于探究二倍体细胞中等位基因上调控元件间的相互作用及深入...
...新一代Microwell-seq3.0平台用于单细胞总RNA和染色质可及性测序
通过SCRIP分析富集恶性细胞中激活的转录因子(TFs)及其调控的靶基因网络表明,肿瘤和肿瘤邻近组织的细胞表现出Foxc2(调控上皮-间质转化过程)、Nkx3-1(调节转移过程中移行恶性上皮细胞的细胞干性)、Foxm1、Nkx2-1、Tp63和Zeb1的高调控活性,而Trp53在正常组织中的调控活性相对较高。以上结果表明自发性肺肿瘤中的恶性...
Sci Adv:单细胞RNA测序和空间转录组学绘制金鱼端脑细胞类型图谱
ST(Visium,10xGenomics)是一种基于测序的全转录组原位基因检测方法;在失去细胞分辨率的情况下,该方法保留了mRNA分子的位置信息,每个55μm直径的捕获点排列成一个阵列,中心(X-Y)间隔100μm。研究者从两条金鱼的端脑上采集了8个10μm的冠状切片,每个切片平均间隔100μm(Z)。因此,在像素大小约为100μm时,ST数...
...Vazyme表观助力浙江大学王良静、陈淑洁团队合作发现抗癌新方法!
ChIP-qPCR、CUT&RUN-qPCR和CUT&Tag-seq的结果表明IPA处理后,转录因子T细胞因子1(TCF-1,由TCF7编码)Tcf7基因超级增强子位点的H3K27ac增加了(图4),进而促进CD8+T细胞的干性程序。图4.IPA通过修饰Tcf7基因SE区域的H3K27乙酰化来激活Tpex细胞F.Westernblot检测CD8+T细胞中TCF-1、H2AK5ac、H2BK5ac、H3...
安徽农大张照亮团队首次报道木本植物根系单细胞转录组图谱
欧易生物提供10×Genomics单细胞转录组测序服务。发表期刊：eLife影响因子：7.7涉及的欧易生物服务产品：10×Genomics单细胞转录组测序单细胞样本情况：茶树（Camelliasinensisvar.sinensiscv.Shuchazao）根尖区1.茶树根细胞簇的scRNA-seq鉴定茶树根系可以合成和积累大量的茶氨酸（图1A和1B)。茶树根的细胞...
98页重磅综述!单细胞组学技术、数据分析与应用
这些技术通过保留空间信息的同时检测基因表达,克服了传统单细胞测序技术丢失关键空间信息的局限(www.e993.com)2024年11月15日。讨论了基于微切割、条形码和成像的空间转录组学技术(图11),探讨了用于空间转录组数据分析的计算方法,涵盖去噪、亚细胞分析、细胞类型注释、空间域识别、空间变异基因及基因表达模式检测、伪时间轨迹分析、细胞间通讯和多样本及...
【快讯】2024单细胞组学在风湿免疫疾病研究与诊疗中的应用研讨会...
报告中讲到,他们通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞TCR/BCR测序技术,深入分析了稳定期RA患者,在接种COVID-19加强疫苗前后的免疫细胞变化。研究结果表明,加强针疫苗对RA患者的免疫细胞亚群组成和比例的影响有限。但在接种后,CD8+细胞毒性T细胞(CD8+T_CTL)占比呈上升趋势,而初始B细胞(na??veB)和经典树突状...
科学家利用CellSpace对单细胞ATAC-seq数据进行可扩展且无偏的序列...
研究表明,CellSpace能捕捉scATAC-seq数据集中有意义的潜在结构,包括细胞亚群和发育分层,并能根据嵌入同一空间的结合主题的接近程度对单细胞中的转录因子活动进行评分。重要的是,即使单个数据集是根据不同的峰图集处理的,CellSpace也能隐性地减轻多个样本、供体或检测产生的批次效应。因此,CellSpace为整合和解释大规模...
Cancer Immunol Res| 谢琦/祝向东/秦智勇用单细胞转录组学技术...
“Single-celltranscriptomicsrevealstheheterogeneityoftheimmunelandscapeofIDH-wildtypehigh-gradegliomas”的研究论文,利用单细胞转录组测序技术,对IDH-野生型高级别胶质瘤肿瘤浸润的免疫细胞和配对的外周血单核细胞(peripheralbloodmononuclearcells,PBMC)的免疫景观进行了深入的分析,并且发现了胶质瘤...
人视网膜神经发育和再生的潜在新机制获揭示
近日,中山大学中山眼科中心教授胡友金团队报道了一种名为scRICA-seq(single-cellRNAisoformandchromatinaccessibilitysequencing)的单细胞多组学测序方法,该技术能够同时检测单细胞水平染色质可及性、RNA表达,以及isoform全长结构,实现了单个细胞水平的表观遗传学、转录与RNA剪接的整合分析,为揭示视网膜神经元发育和...