Genome Biol | 突破传统直接RNA测序局限!新方法可同时检测多类...
标准的直接RNA-seq方法依赖于poly(A)选择,可对poly(A)转录组(主要是mRNA)进行测序,但无法有效检测没有poly(A)尾的短ncRNA。为改善这一局限性,同时保持对poly(A)转录组进行测序的能力,研究团队开发了一种名为NERD-seq的非编码富集RNA直接测序方法(图1)。该方法利用柱基大小富集将总RNA分为长RNA和短RNA两部分...
Nature Genetics | 高通量空间转录组技术推动器官发生研究:MAGIC...
测序深度和基因数量的饱和曲线:图d展示了不同空间转录组方法在不同测序深度下检测到的基因数量饱和曲线,MAGIC-seq在同等测序深度下检测到的基因数量明显高于其他方法,显示出其更高的测序效率。采集面积和成本的比较:图e和图f展示了MAGIC-seq与其他方法在采集面积、采集点数量和每个采集点的成本方面的比较,MAGIC-seq...
“已有一定数量订单”!售价40万的纳米孔测序仪能否成华大系业绩...
WY01是一台高通量纳米孔测序仪,配套高通量高密度芯片,不仅具有超长读长和持久续测等性能,更能够全面覆盖复杂基因组序列。它可应用于数据通量需求更高的应用场景,比如大基因组、人基因组重测序、全长转录组测序和表观遗传学检测等。据悉,WT02将于即日起开放订购,WY01计划于2025年上半年上市。据国家药监局医疗...
上新| 转录组测序新突破:高效去除rRNA,解锁精准数据
对10ng、1μg投入量的293、小鼠肝、大鼠肝RNA进行rRNA去除并建库测序,测试RN416对不同模板投入量兼容性。结果显示各组Mappingratio均大于90%,rRNAratio均小于5%(图1)。测试总结:RN416能够兼容10ng-1μgRNA模板投入,且rRNA去除效果优异。图1.Vazyme#RN416不同物种及投入量兼容性数据*更加方便...
Cell子刊 | 定制化、低成本的高分辨率纳米图案空间转录组学平台...
Nova-ST是一种具有成本效益且易于使用的纳米图案空间转录组学平台,可以使用Illumina的高密度图案化流动槽对大型组织切片进行空间测序,进行定制化、低成本、灵敏和高分辨率的空间分析。在小鼠脑组织切片上的基准测试表明,与现有方法相比,Nova-ST的灵敏度显著提高,成本也有所降低。Nova-ST由实验和计算两部分组成,实施和...
【8月30日直播预告】利用Oxford Nanopore直接RNA测序加速您的研究
在该研究中,我们利用植物cDNA文库体外转录出带有不同修饰碱基的数千种转录本,加polyA尾后通过纳米孔RNA直接测序(DRS)创建了体外表观转录组(IVET)数据集(www.e993.com)2024年10月18日。IVET数据分析表明带有修饰的碱基电信号发生变化、导致比对基因组时错配率显著增加。以5个碱基的电信号及其统计特征作为输入层,我们开发了用于鉴定多种RNA修饰...
清华大学杨雪瑞团队系统总结空间转录组数据解析方法
空间转录组分析有不同的技术路线,当前的主流技术主要基于高通量测序或高分辨成像。总的来说,空间转录组数据的分析包括不同技术路线的数据预处理、生物学信息的挖掘和空间解析度下的知识重建(图1)。本综述详细总结了针对这一流程中各分析任务的生物信息方法,包括空间反卷积(图1A)、基因插补(图1B)、图像对齐和细胞分...
...Cell|车璇/高绍荣团队合作通过单细胞 RNA 测序结合空间转录组...
研究团队收集了4名子宫切除患者(包括3名子宫腺肌病患者和1名子宫肌瘤患者)的15个子宫不同区域的组织样本。通过单细胞RNA测序和空间转录组分析,鉴定了15种细胞类型,揭示了子宫腺肌病子宫不同区域的细胞异质性,特别是子宫内膜肌层交界区的细胞亚群。研究发现,LGR5+细胞在子宫腺肌病病灶中的上皮细胞中显著富集,LGR...
...浙江大学郭国骥、梁廷波等发文:公布新型单核总RNA测序方法
总之,研究人员证明了高分辨率单细胞全长转录组测序在鉴定新的肿瘤生物标志物方面的价值,并为全长单细胞测序提供了详细的分析。研究人员的综合分析方法包括检查基因表达、体细胞突变、剪接模式和克隆行为。通过利用这些不同的观点,研究人员可以确定与癌症相关基因和细胞类型相关的特定变异。这个项目代表了研究人员理解癌症潜...
云南农业大学单细胞转录组测序、单细胞ATAC测序、转录组测序项目...
采购方式:竞争性磋商预算金额:52.300000万元(人民币)最高限价(如有):52.300000万元(人民币)采购需求:单细胞转录组测序、单细胞ATAC测序、转录组测序。具体内容及要求详见采购文件“第三章”。合同履行期限:自接收样本后在180个工作日内及时完成。