...与数据联合驱动的多物种生命基础大模型GeneCompass,解析基因...
进而,研究人员在ESC中分别过表达NR5A1和GATA4,免疫荧光结果表明,在人类ESC中单独过表达任一基因均可诱导性腺基因。综上所述,作为迄今为止最大规模的、具有知识嵌入的跨物种预训练生命基础大模型,GeneCompass可实现多个跨物种下游任务的迁移学习,并在细胞类型注释、定量基因扰动预测、药物敏感性分析等方面,相比...
中国儿童急性呼吸道感染中,4型腺病毒(HAdV-4)危害有多大?BMC:前瞻...
H根据相似性分析,本研究获得的HAdV-4分离株与中国近期流行株的全基因组及3个基因的核苷和氨基酸序列一致性分别不低于98%,平均遗传距离非常接近('001),表明中国流行的HAdV-4毒株基因组具有高度的保守性和稳定性。近期,Gonzalez等报道了HAdV-4可分为两个组(PG):PGI与II,分别包括原型(p)样(4p)和a样(4a)...
中科院动物所金坚石组综述16S rRNA基因扩增子测序技术的前世今生
他们针对16SrRNA基因的可变区之间的保守区域设计了DNA探针并通过探针杂交进行16SrRNA基因的纯化富集,然后通过DNA克隆扩增和Sanger测序进行测序分析;中间无需培养细菌。1990年,更高效的16SrRNA基因PCR扩增富集法取代了DNA探针杂交富集法,即使用针对16SrRNA基因保守区域设计的引物特异性PCR扩增16SrRNA基因。这一富...
中国水产科学研究院黄海所科学家 揭示脊椎动物适应性免疫系统的...
通过跨物种谱系构建和跨物种比较分析,发现不同物种的相同细胞类型表现出相似的转录谱,其中,淋巴细胞中的直系同源基因表达模式具有较高的保守性。进一步对B细胞亚型鉴定分析,研究发现软骨鱼和硬骨鱼具有相同的B细胞亚群,而且不同物种相同亚群具有较高相似性。在软骨鱼中,发现部分B细胞具有吞噬功能,进一步通过荧光微球吞噬...
疫苗的百年发展
新抗原接下来需要进行杀菌滴度检测,B型脑膜炎球菌间序列保守性分析,不同分离株表达水平衡量,以及与人体蛋白的同源性问题鉴定等。通过这种方法,最终筛选出3种抗原,与OMVs一同制备疫苗。2013年,通过反向遗传学以基因组为基础开发出第一款疫苗(Bexsero),在欧洲、澳大利亚和加拿大注册。当普林斯顿和圣芭芭拉大学出现B型脑膜炎...
发布首个菊科多组学数据库平台AMIR
数据库搭建菊科植物首个“超级泛基因组”模块,使研究人员能够快速了解目标基因在菊科植物中的保守性和多样性,为作物分子育种提供了新的可能(www.e993.com)2024年10月17日。此外,AMIR还引入了多种分析工具,包括基因同源搜索、基因表达差异分析和共表达网络分析等。这些工具帮助研究人员快速分析基因之间的关联,挖掘重要性状相关的候选基因,解读菊科植物中...
达安基因申请微生物特异性序列保守性的筛选评估方法专利,提高特异...
达安基因申请微生物特异性序列保守性的筛选评估方法专利,提高特异性扩增的灵敏度和准确性,序列,扩增,特异性,微生物,保守性,达安基因
Nat Genet | 利用饱和基因组编辑分析抑癌基因BAP1编码序列中99%的...
基因架构和保守性的功能分析功能得分和FDR值用于将变异分类为功能类别。经过过滤步骤后,收集了18,108个独特变异的数据,并将变异分类:11,912个未变化,5,665个减少和531个增加。未变化的变异紧密围绕零功能得分,增加的变异得分略有增加,减少的变异表现出更广泛的得分分布(图3)。
2024诺贝尔生理学或医学奖 | microRNA:揭开细胞发育之谜
图5:let-7RNA表达的进化保守性及microRNA的总体演化。左图:动物的进化树,突出显示了存在可检测到的let-7microRNA表达的分支(+)或未检测到表达的分支(-)。在没有早期阶段表达,但在成年阶段表达let-7RNA的物种以”Dev.“标记(Pasquinelli等,2000)。右图:microRNA基因在多细胞生物基因组中演化和扩展超过5亿...
Science经典:植物基因组的同线性与共线性分析思路
通常,同线性和共线性是通过查找一对一的保守性来确定的,这意味着两个物种之间的对应基因在演化中保持不变。为了更好地利用新的基因组数据资源,需要进行多向共线性分析,包括渐进比对(progressivealignments),伴随统计评估和迭代优化。在被子植物中,这种多向比对的方法有助于揭示基因组复制带来的影响。