AI再问鼎诺贝尔化学奖!48岁DeepMind创始人因蛋白质结构预测摘桂冠

Baker团队首先绘制了一种全新结构的蛋白质,然后利用名为Rosetta的软件计算出能够产生所需蛋白质的氨基酸序列。Rosetta先搜索数据库中所有已知的蛋白质结构,寻找与目标结构相似的短蛋白质片段;随后,软件利用蛋白质能量图的基本知识,优化这些片段,并提出了最终的氨基酸序列。为了验证软件的效果,Baker的研究小组将设计的氨...

...了,专家解读:2024诺贝尔化学奖为何颁给蛋白质的AI计算和结构预测

蒋超介绍道,“AlphaFold是DeepMind在2016-2018年中一直在研究的项目。在AlphaGo成功之后,DeepMind转向了基于氨基酸序列的蛋白质结构预测,提出了名为AlphaFold的深度学习算法,其升级版AlphaFold2在国际蛋白质结构预测比赛CASP13中技压群雄,将蛋白质结构预测准确率提升至超过90%。”一般情况下,实验学家会使用X射线晶体学或...

2024年诺贝尔化学奖揭晓!揭开蛋白质折叠的秘密

第一步:贝克依赖于他们开发的Rosetta蛋白质结构预测算法,可以预测氨基酸序列在形成蛋白质时可能采取的三维结构。第二步:利用这个工具,他们针对随机生成的一系列氨基酸序列进行结构预测,这些序列都是在自然界中未被观察到的。如果预测结果显示出合理的蛋白质结构,那么这条氨基酸序列就会被保留下来,反之则抛弃该序列。第...

分析蛋白质功能结构域的策略和步骤

1.序列比对使用如BLAST之类的工具,将目标蛋白序列与已知的蛋白数据库进行比对,寻找相似的已知结构或功能的区域。2.域预测使用专门的软件工具,如Pfam、InterPro、SMART等,来预测蛋白序列中可能存在的结构域或功能域。3.三维结构预测如果可行,可以使用如Phyre2、SWISS-MODEL等工具来预测蛋白质的三维结构。这可以...

清华大学药学院学者开发基于蛋白质语言模型的结构与功能预测方法

基于结构的方法如GraphBind利用图神经网络(GNN)来提取蛋白的序列和结构特征,并以此来识别蛋白质分子中哪些氨基酸残基与核酸的结合位置。然而基于结构的方法需要准确的蛋白质结构作为模型的输入,因此,目前基于蛋白质序列的DNA结合位点的预测仍然是一个具有挑战性的问题。

西湖大学李子青/深圳湾实验室周耀旗等解读AI赋能的蛋白质结构与...

现有方法主要关注蛋白质序列、网络及结构数据,而忽视了蛋白相关文献信息(www.e993.com)2024年11月3日。然而目前大约82%的SwissProt蛋白已拥有专家标注的文献信息。为此我们提出了一种基于深度信息检索的算法GORetriever。大量实验结果表明,GORetriever能显著提高蛋白功能预测性能。GORetriever也是我们开发的GOCurator的核心组件,GOCurator在最近的第五届大...

分子量分布测定方法在化学交联质谱中的选择与应用

化学交联质谱结合分子量分布测定方法,为蛋白质结构研究提供重要数据。通过测定蛋白质的交联产物,可以推断蛋白质的二级和三级结构信息。4.2聚合物分析在聚合物领域,化学交联质谱是测定聚合物分子量分布的重要手段。这对于聚合物的合成和应用具有重要意义。

恭喜张老师|张贵军课题组:蛋白质结构预测的最新进展与挑战

图1.使用一些主要的蛋白质结构预测方法的时间线。不同颜色的方框表示方法的类别在CASP14之前,蛋白质结构预测方法主要分为两大类:template-basedmodeling(TBM)和freemodeling(FM)。在过去的两年里,这两种方法的分类标准变得越来越模糊。随着深度学习技术的快速发展和应用,特别是随着端到端预测方法的出现,蛋白质...

...烟台大学杨建荣副教授等:不同处理方法对蛋黄及其组分结构和...

鸡蛋是天然食品中最理想的蛋白质来源之一,主要由蛋壳、蛋清和蛋黄组成,蛋黄是其中结构最为复杂的一部分。通常认为蛋黄组分难以分离,现阶段最简单的分离方法是对蛋黄进行冷冻离心分离,得到蛋黄颗粒和蛋黄浆质。蛋黄颗粒与蛋黄浆质的结构均较为复杂,且是天然的纳米和微米尺度自组装结构单元。与浆质相比,颗粒结构更为复杂...

深圳湾实验室周耀旗:填补AlphaFold 2缺口,开启所有蛋白质结构的高...

解决同源序列不足的蛋白质结构预测的两种方法是:用新解析的基因组或宏基因组数据更新序列数据库,并提高同源搜索的灵敏度。这可能对某些蛋白质有效,但不能解决那些缺乏天然同源序列的蛋白质的问题。另外一种方法是,通过学习数据库中的其他进化序列,使用隐含进化信息的蛋白质语言模型。