中国科大解析Lon蛋白酶的完整三维结构并揭示其底物识别与转移的...
具有开放活性位点构象的Lon蛋白酶域采用六重对称结构,而具有非活性蛋白水解位点构象的LonA则采用开放螺旋六聚体结构。ADP结合的LonA六聚体的晶体结构揭示了ADP如何通过诱导形成封闭的降解室来抑制LonA活性。通过假设来自两对三个非相邻单体的无核苷酸和ADP结合状态之间的结构转换,建立了基于ADP结合结构底物易位模型。然而最...
中国科大建立新的蛋白质从头设计方法
(a)SCUBA主链能量面上的极小对应了蛋白质的可设计主链结构,即特定氨基酸序列下的最低自由能结构;(b)SCUBA中用神经网络表示的统计能量项;(c)和(d)用近邻计数(NC)-神经网络(NN)方法从蛋白质结构原始数据中学习解析能量函数的方法框架。理论计算和实验证明,用SCUBA设计主链结构,能够突破只能用天然片段来拼接产生...
独创方法提升蛋白质结构预测精度 腾讯AI Lab联合研究登上Nature子刊
通过自研的提升蛋白质结构预测精度的新方法,联合研究团队首次解析了II型5a还原酶(SRD5A2)的三维结构,揭示了治疗脱发和前列腺增生的药物分子“非那雄胺”对于该酶的抑制机制,这将有助于深化研究相关疾病的病理学机制及药物优化
AlphaFold3迎来革命性进展!国内大佬手把手教授!|蛋白|蛋白质|多肽...
这一最新模型能预测含有蛋白质数据库(ProteinDataBank)内几乎所有分子类型的复合物的结构,包括配体(小分子)、蛋白质、核酸(DNA和RNA)如何聚集在一起并相互作用,以及预测翻译后修饰和离子对这些分子系统的结构影响,从而帮助我们在原子水平上精确地观察生物分子系统的结构。这种用计算机解析蛋白质与其他分子复杂相互作...
探索蛋白质结构解析的新途径与方法
1.冷冻电子显微镜(cryo-EM):冷冻电子显微镜是近年来蛋白质结构解析领域的重要突破之一。与传统的X射线晶体学不同,cryo-EM技术不需要蛋白质的晶体样品,而是通过冷冻和电子显微镜技术直接观察和分析蛋白质的结构。这种方法对于大型和难溶解的蛋白质非常有优势,使得蛋白质结构解析更加便捷和高效。2.蛋白质动力学分析:蛋白...
Science | 解析出两种帕金森病相关蛋白结合在一起时的三维结构
这类结构研究的重要性不仅在于所获得的型见解,还在于它们在药物设计中的潜在应用(www.e993.com)2024年9月16日。例如,这些作者还捕捉到了药物DNL201存在时LRRK2的结构。这种药物经过了1期临床试验,能将这种蛋白锁定在活性状态,因此他们利用这一点来验证他们的发现,即四聚体确实是这种复合物的活性形式。
专访隋森芳院士:解析超大蛋白复合物原位结构,达成细胞切片样品最...
不过,在使用该技术之前,必须先将样品蛋白进行分离纯化,才能够进一步收集数据。另外,结构解析要求颗粒的全同性,以便通过平均提高分辨率。因而,如果想对细胞或组织这样的原位样品进行结构解析,这种技术并不实用。冷冻电子断层扫描技术(cryo-electrontomography,cryo-ET),是目前解析细胞或组织原位结构的常用方法,先利用冷冻...
蛋白质结构的解析方法:如何揭示蛋白质的三维构象?
X射线晶体学是一种常用的解析蛋白质结构的方法。它基于X射线的散射原理,通过测量蛋白质晶体中X射线的散射图案来获得蛋白质的结构信息。X射线晶体学可以揭示蛋白质的原子级别细节,包括原子的位置、键长和角度等。这种方法在蛋白质结构研究中应用广泛,尤其是对于较大的蛋白质复合物和酶的催化机制的研究。
...一种基于宏基因组序列空间生成无参考的蛋白质家族的计算方法
利用基于大规模并行图的聚类方法,我们将这些蛋白质归入了106,198个超过100个成员的新序列群,比利用相同方法从参考基因组聚类得到的蛋白质家族数量翻了一番。我们根据这些家族的分类学、栖息地、地理分布和基因邻近分布对其进行了注释,并在有足够序列多样性的情况下预测了蛋白质的三维模型,揭示了新的结构。总之,...
复旦学者提出蛋白解析新算法,相关代码已在GitHub开源
从蛋白质结构解析的两种测定方法说起据了解,蛋白质结构解析——分为实验蛋白测定和计算蛋白预测。实验蛋白测定,顾名思义就是在实验室里通过精密操作来测定蛋白质的结构情况,这一工作涉及到使用实验仪器。冷冻电子显微镜就是一种重要的仪器,通过它的极低温环境,可以将蛋白质冷冻,从而进行观察并收集数据。目前,它...