蛋白质分子结构技术解析
1.样品准备蛋白质需要在溶液中,保持其天然状态。2.数据收集蛋白质样品置于强磁场中,随后通过射频脉冲激发样品。收集样品原子核的磁共振信号。3.结构解析分析这些信号,提取原子间的距离约束和角度约束信息。利用这些约束信息来计算蛋白质的三维结构。4.优点可以在近生理条件下观察蛋白质,包括蛋白质的动态信息。
中国科大建立新的蛋白质从头设计方法
(a)SCUBA主链能量面上的极小对应了蛋白质的可设计主链结构,即特定氨基酸序列下的最低自由能结构;(b)SCUBA中用神经网络表示的统计能量项;(c)和(d)用近邻计数(NC)-神经网络(NN)方法从蛋白质结构原始数据中学习解析能量函数的方法框架。理论计算和实验证明,用SCUBA设计主链结构,能够突破只能用天然片段来拼接产生...
从计算机跨界生物学,坐了10年冷板凳后,他开创蛋白质预测新范式
很长一段时间内,结构生物学家们用X射线晶体学、核磁共振波谱学(NMR)、冷冻电镜(Cryo-SEM)三种实验技术解析了很多蛋白质的结构。这个方法有许多弊端,例如,用时长、费用高,而且并非所有蛋白质的三维构型都能用这些实验技术解析。因此,科学家们开始尝试用计算的方法,预测蛋白质结构。1972年,诺贝尔化学奖得主、...
蛋白质结构的解析方法:如何揭示蛋白质的三维构象?
解析蛋白质结构的方法,包括X射线晶体学、核磁共振和电子显微镜等,为我们揭示蛋白质的三维构象和功能提供了强大的工具。这些方法在药物研发和生物学研究中具有重要的应用价值,将进一步推动我们对蛋白质结构与功能的理解和应用。
填补AlphaFold3空白,字节跳动提出物理引导的方法让蛋白质动起来
机器之心发布机器之心编辑部世界是变化的,分子是运动的,从预测静态单一结构走向动态构象分布是揭示蛋白质等生物分子功能的重要一步。探索蛋白质的构象分布,能帮助理机器之心发布机器之心编辑部世界是变化的,分子是运动的,从预测静态单一结构走向动态构象分布是揭示蛋白质等生物分子功能的重要一步。探索蛋白质的...
...一种基于宏基因组序列空间生成无参考的蛋白质家族的计算方法
最近在蛋白质结构预测方面取得的突破使蛋白质序列的结构表征变得快速而准确(www.e993.com)2024年10月7日。宏基因组序列已被证明是发现新结构的一个特别丰富的来源。在此,我们在至少有16个不同序列的NMPFs上运行了AlphaFold2,或在TrRosetta预测出结构良好的蛋白质的NMPFs上运行了AlphaFold2(方法)。图4a对结果进行了总结。在符合上...
Nature Methods | 超过AlphaFold2精度,蛋白质互作结构预测新工具
在传统的结构生物学研究中,人们可以使用X射线晶体衍射、核磁共振及冷冻电镜等实验手段去解析蛋白质复合物的原子结构。但是结构生物学实验往往耗费大量人力物力,无法用于大规模获取蛋白质组级别的分子结构信息。并且,因为技术上的限制(如结构的稳定性以及高阶复合物的尺度等),某些蛋白质相互作用的结构并不能通过传统的...
追问|蛋白质结构预测模型再升级,解锁新功能直接作用药物设计
首先,传统的药物筛选需要有明确的靶标,并确定靶标表面与药物小分子或配体小分子结合的部位,而新模型可以直接预测合适的靶标结合位置,“因此我们有可能针对全新靶标进行结构预测,并以此开发创新药。”常珊说。此外,在蛋白质和药物的相互作用中,两者形状构象都在发生变化,而传统方法很难对两者可能产生的协同变化进行...
专访隋森芳院士:解析超大蛋白复合物原位结构,达成细胞切片样品最...
这是目前通用的原位结构解析流程,即cryo-ET-STA,正是采用上述方法,团队于2021年成功地解析了一个原位的光合系统结构[2]。虽然在该结构中,他们已经能够实现15??左右的高分辨率水平,但还无法揭示分子之间相互作用的细节信息。图丨PBS和PSII通过四个连接蛋白连接(来源:Nature)...
让蛋白质结晶不再神秘:李喆/王顺智等开发三维蛋白质晶体计算设计...
在这项最新研究中,研究团队开发了一种通用的计算方法,用于设计具有原子精度的预定晶格结构的三维蛋白质晶体,这种结构在多个级次上限制了系统的总体自由度。研究人员设计了3对可以单独纯化的低聚物,在混合后,这些低聚物自发地自组装成大于100μm的三维晶体。