西湖大学李子青/深圳湾实验室周耀旗等解读AI赋能的蛋白质结构与...
现有方法主要关注蛋白质序列、网络及结构数据,而忽视了蛋白相关文献信息。然而目前大约82%的SwissProt蛋白已拥有专家标注的文献信息。为此我们提出了一种基于深度信息检索的算法GORetriever。大量实验结果表明,GORetriever能显著提高蛋白功能预测性能。GORetriever也是我们开发的GOCurator的核心组件,GOCurator在最近的第五届大规...
中国科学家建立了新的蛋白质从头设计方法
要么基于片段组装的方法依赖于已知蛋白质片段。SCUBA方法原则上允许人们探索任意主链结构,然后填充序列,允许人们设计比自然界中观察到的更广泛的蛋白质几何结构”,“蛋白质从头设计仍然具有挑战性,本工作中六种不同蛋白质的高分辨率设计是一项重要成就,表明此方法工作良好”,“本研究中报道的成功设计数量之多令人印象深刻...
Cell Press Live:蛋白质结构与功能预测及设计
本演讲介绍西湖大学在人工智能与生命科学学科交叉领域的最新进展,包括(1)中心法则的人工智能模型、(2)蛋白质结构编码与生成模型、(3)蛋白质进化树,(4)蛋白质组学从头测序、(5)配体-蛋白靶点相互作用及一体化药物设计系统,等前沿研究课题。周耀旗教授是深圳湾实验室资深研究员和系统与物理生物学研究所副所长,也是靶...
Nature Methods | 突破传统方法:DeepPBS模型助力蛋白质-DNA相互...
蛋白质结构预测方法(如AlphaFold、OpenFold和RoseTTAFold)以及蛋白质-DNA复合体模型(如RoseTTAFoldNA、RoseTTAFoldAll-Atom、MELD-DNA和AlphaFold3)的快速发展,导致可用于分析的结构数据呈指数增长。这种情况突显了需要一个通用的计算模型来分析蛋白质-DNA结构。该研究展示了DeepPBS如何与结构预测方法结合使用,以预...
探索蛋白质结构解析的新途径与方法
1.冷冻电子显微镜(cryo-EM):冷冻电子显微镜是近年来蛋白质结构解析领域的重要突破之一。与传统的X射线晶体学不同,cryo-EM技术不需要蛋白质的晶体样品,而是通过冷冻和电子显微镜技术直接观察和分析蛋白质的结构。这种方法对于大型和难溶解的蛋白质非常有优势,使得蛋白质结构解析更加便捷和高效。2.蛋白质动力学分析:蛋白...
走进蛋白质的微观世界:详解测定蛋白质分子量的多种方法
SDS-PAGE(聚丙烯酰胺凝胶电泳)是一种常用的蛋白质分子量测定方法(www.e993.com)2024年9月16日。该方法通过将蛋白质溶液与SDS(十二烷基硫酸钠)和还原剂混合,使蛋白质变性并带负电荷,然后将其分离在凝胶中。根据蛋白质在凝胶中的迁移速度,可以估计其分子量。2.小角X射线散射法小角X射线散射(SAXS)是一种高级的技术,可用于测定蛋白质的分子量...
填补AlphaFold3空白,字节跳动提出物理引导的方法让蛋白质动起来
研究者评估了不同引导方法下模型在蛋白质构象生成任务上的性能,在快速折叠蛋白质(fast-foldingproteins)和牛胰蛋白酶抑制剂(BPTI)两种包含分子动力学模拟生成构象的蛋白质数据集上着重考察了生成样本的是否属于低能态、多样化且服从真实分布。1.快速折叠蛋白质(fast-foldingproteins)评估...
.../肖奕团队开发基于深度学习的冷冻电镜RNA全原子结构建模方法
为了解决建模精度不足和自动化问题,研究人员提出了各种方法来进行冷冻电镜自动结构建模。但跟蛋白质相比,RNA结构具有更低的保守性,结构更加复杂,自由度更多,柔性更大,导致冷冻电镜密度图中RNA区域的分辨率通常比蛋白质要低得多,因此,冷冻电镜的RNA结构建模要比蛋白质困难得多。目前国际上唯一的冷冻电镜全长RNA结构建模...
恭喜张老师|张贵军课题组:蛋白质结构预测的最新进展与挑战
图1.使用一些主要的蛋白质结构预测方法的时间线。不同颜色的方框表示方法的类别在CASP14之前,蛋白质结构预测方法主要分为两大类:template-basedmodeling(TBM)和freemodeling(FM)。在过去的两年里,这两种方法的分类标准变得越来越模糊。随着深度学习技术的快速发展和应用,特别是随着端到端预测方法的出现,蛋白质...
深圳湾实验室周耀旗:填补AlphaFold 2缺口,开启所有蛋白质结构的高...
解决同源序列不足的蛋白质结构预测的两种方法是:用新解析的基因组或宏基因组数据更新序列数据库,并提高同源搜索的灵敏度。这可能对某些蛋白质有效,但不能解决那些缺乏天然同源序列的蛋白质的问题。另外一种方法是,通过学习数据库中的其他进化序列,使用隐含进化信息的蛋白质语言模型。然而,这两种方法均无法对不同...