...| 精准基因比对新突破:Genes2Genes框架助力单细胞轨迹分析
G2G框架能够在基因层面上精确对齐单细胞转录组轨迹,并支持后续的生物学分析(Credit:NatureMethods)G2G框架的输入和预处理:图中首先展示了G2G框架的输入要求,包括参考轨迹和查询轨迹的单细胞RNA测序数据,经过log1p标准化处理后,得到细胞-基因表达矩阵,以及每个轨迹的伪时间估计值。接着,G2G会对每个基因的表达轨迹进行...
复旦团队单细胞测序上分 Cell,高手都怎么设计实验和分析数据的?
①细胞活性:单细胞测序一般要求细胞活性保证80%以上,因此在酶消化法处理组织时,控制酶的浓度和时间,防止消化过度;物理方法解离组织时,避免操作用力过大等机械损伤。②细胞数量:细胞活性影响细胞数量,在保证细胞活性的情况下,可增加组织量以获得目标量细胞。③细胞悬液粘稠:组织中杂质干扰或细胞裂解释放的DN...
国自然思路:组学分析+单细胞测序探究肝-脑轴调控的认知功能障碍
3.外周apoE4促进内皮细胞免疫反应并增加血管相关胶质增生作者通过对从iE3/Cre和iE4/Cre小鼠脑中分离富集血管细胞的细胞群进行scRNA序列分析(图3a),来探究肝脏表达的apoE亚型如何影响胶质血管单位内的转录组学变化。图3b-e表明外周apoE4表达导致血管周围星形胶质细胞末端和胶质血管单位内炎症反...
单细胞蛋白质组测序原理
一、细胞分离首先,需要获得单一细胞。这通常通过流式细胞仪或微流控设备完成,这两种设备都可以对单一细胞进行排序并分离出来。二、蛋白质提取随后,从单一细胞中提取蛋白质。这通常通过裂解细胞并使用蛋白酶进行消化来完成。消化后的蛋白质样本然后进行洗涤和浓缩,以准备进行质谱分析。三、质谱分析将样本引入质谱...
科学家提出混样拆分新方法,至少能将单细胞测序实验费用降低10倍
最后,基于个人研究兴趣,他们用mitoSpliter分析了非小细胞肺癌对BRD4抑制剂抗性的机制,证实mitoSpliter是可以在真实生物医学研究中发挥作用的。后续,他们会继续在单细胞测序的方法学开展研究,以期提高单细胞测序的维度,通过增加可测量参数的种类,深入挖掘生物学过程的信息,更好地为生物医学研究服务。
98页重磅综述!单细胞组学技术、数据分析与应用
本章详细描述了多种测序方法,包括基于亚硫酸盐的DNA甲基化分析、染色质可及性分析的ATAC-seq和DNase-seq、以及组蛋白修饰分析的ChIP-seq等方法(www.e993.com)2024年10月18日。此外,还重点介绍了单细胞表观基因组测序技术的多种数据分析工具,涵盖从数据预处理、质量控制、数据量化、数据填充到聚类分析、细胞类型注释、轨迹推断、差异分析和基因调控...
...Cell | 王永成/樊龙江团队合作开发微生物组单细胞转录组测序技术
通过对人类肠道菌群单细胞转录组测序与分析,揭示了人类肠道菌群的异质性,结合针对性的计算分析方法,实现了复杂微生物群落中的微生物注释和细菌-噬菌体转录活性分析,为人类微生物组研究提供新视角。微生物组样本的单细胞转录组测序因样本中菌群的复杂性和不同物种RNA的低捕获效率,相对纯培养样本更为困难。基于团队之前...
5位嘉宾共话单细胞技术前沿|第七届细胞分析大会iCCA2024 开播倒计时
导读:近些年单细胞研究前沿发展得非常迅速,单细胞分析技术也随之迅速发展,包括单细胞测序技术、单细胞微流控技术分析、单细胞质谱技术、单细胞电化学分析等领域也取得了一系列发展和突破。近年来,单细胞研究前沿发展得非常迅速,单细胞分析技术也随之迅速发展,包括单细胞测序技术、单细胞微流控技术分析、单细胞质谱技术...
【科技自立自强】西安交大杨铁林教授团队开发可分析脑细胞异质性...
该方法首先通过精细定位筛选GWAS和单细胞eQTL的因果变异,随后通过遗传共定位分析鉴定细胞类型特异性共定位信号,识别工具变量;最后利用双样本MR分析判断细胞类型特异性因果效应。通过将这一方法应用于不同的肥胖表型GWAS数据,结果发现BMI可能通过不同的脑细胞调控途径影响其他疾病(如睡眠障碍、冠心病、二型糖尿病、骨质疏松...
Nature Communications |PiSPA平台:单细胞蛋白质组分析新工具
单细胞的定量深度:从3000+走向全蛋白质组测序PiSPA平台集成了基于序控液滴(SODA)技术的自动化液滴操纵机器人,能够在“点取式”操作模式下实现纳升级的细胞分选、多步样品前处理和自动进样操作。相比于其他单细胞分析方法,PiSPA平台的优势主要体现在与成像技术结合,能够灵活地选择任意单个细胞进行分析,目标细胞的捕...