QB 伯晓晨/李昊/陈河兵团队合作提出从三维染色质结构中高效检测...

团队进一步探究了不同染色体空间结构特征与CNV之间的关系,将Hi-C数据使用图的方式进行建模,并基于图卷积神经网络模型从捕获的染色质空间结构特征推断CNV。首先,通过Node2Vec算法构造图的节点特征后,使用一个权重参数共享的GCN模型在三种细胞系的不同染色体中进行预测,预测准确率达97.18%、94.87%和95.81%,结果表明与CNV...

科学家破解人体肠道菌群结构密码登上《细胞》,将为疾病治疗带来...

能否可以构建一个全人类共有的通用"跷跷板"模型,作为人类的核心菌群呢?为验证这一假设,研究团队挑选出对建模贡献最大的284株细菌,最终形成由两组稳定竞争的功能群构成的通用"跷跷板"模型。"经过我们的反复验证,结果始终一致:‘跷跷板’模型确实普遍存在于不同疾病患者及其健康对照中,是一个重要的核心菌群特征。"赵...

《食品科学》:浙江工业大学关荣发教授等:体外肠道细胞模型及其在...

Caco-2细胞系是Fogh等首次从人结肠腺癌中分离出来的细胞系,最初被运用于药物的筛选及耐药机制的研究,是目前应用最为广泛的体外药物分子肠道吸收细胞模型,其结构简单、适应性强、同源性和重现性较好。Caco-2细胞在长达21d的培养过程中能够自发分化,因此尽管Caco-2细胞起于结肠,但它分化后表现出成熟肠上皮细胞的...

...第一个大脑信息高速公路模型;预测所有生命分子结构的AI模型发布

该模型包括两个主要阶段:首先,在“fMRI到特征”阶段,利用fMRI-视觉-语言三模态对比学习和稀疏因果注意机制,从fMRI中解耦出语义、结构和运动特征;其次,在“特征到视频”阶段,通过一个膨胀的稳定扩散模型将这些特征合成为视频,确保重建的视频动态完全来源于fMRI数据,而非生成模型的幻觉。研究团队在CC2017、HCP和Algonaut...

1亿参数的细胞大模型来了!登Nature子刊,清华大学团队发布sc...

在实际应用中,scFoundation模型支持「开箱即用」和「微调」两种模式。在「开箱即用」模式下,得益于其独特的预训练任务,该模型能直接用于提升细胞数据的质量,在不需要进一步调整的情况下便可达到或超越现有方法的效果。此外,用户可以利用scFoundation提取细胞的预训练表征,该表征可以用于识别细胞类型特异基因模块和转录...

又一突破性成果!人工智能大模型预测蛋白质结构速度再次提高数百倍!

传统实验室观测蛋白质结构的方法主要有三种,即核磁共振、X射线晶体学、冷冻电镜,但这些方法往往依赖昂贵的设备,还要反复试错,搞清楚每种蛋白质的三维结构都需要花费数年时间(www.e993.com)2024年11月25日。人体内约有10万种以上的蛋白质,被科学家解析过三维结构的少之又少,为了对大量未知的蛋白质展开研究,必须发明全新的方法,比如,在搞清蛋白质...

OpenAI发布全新o1模型:它会像人类一样“深思熟虑”

o1模型就是用和AlphaGo“同门”的方法逐步处理问题。在这个过程中,o1通过强化学习不断完善自己的思考过程,学会识别和纠正错误,将复杂步骤分解为更简单的部分,并在遇到障碍时尝试新的方法。这种训练方式显著提升了o1的推理能力,让o1能够更有效地解决问题。

技术变革还是炒作噱头?AI for Bio到底能做什么|AI驱动科学

类型一:结构预测模型1.AlphaFold22.ESM33.Evo类型二:蛋白质和肽结合模型1.RFDiffusion2.RESPAI类型三:分子结合模型1.AlphaFold32.BioSimDock3.MoLFormerXL4.BELKA(BigEncodedLibraryforChemicalAssessment)类型四:细胞模型...

David Baker:可预测所有生物分子,生成具有高级结构的蛋白质

然后,该团队通过对去噪任务微调创建了新版本的RFdiffusion——RFdiffusionAll-Atom,该模型可以从头合成生成自然界中不存在的新型蛋白质。它围绕小分子构建蛋白质结构,即直接在小分子和其他非蛋白质分子周围构建蛋白质结构产生结合口袋。实验室测试表明,RFdiffusionAll-Atom可以产生具有高级功能的蛋白质,比方说,产生...

AI预测所有生命分子!谷歌AlphaFold 3模型登Nature,免费开放节省上...

在处理输入后,AlphaFold3会使用扩散网络来处理预测结果,这种方式跟AI图像生成器中的网络类似。扩散过程从原子云开始,经过多个步骤逐渐汇聚成最终的、准确的分子结构。作为一个能够整体计算整个分子复合物的单一模型,AlphaFold3在预测分子相互作用方面的准确性超过了所有现有系统。