AI再问鼎诺贝尔化学奖!48岁DeepMind创始人因蛋白质结构预测摘桂冠
Baker团队首先绘制了一种全新结构的蛋白质,然后利用名为Rosetta的软件计算出能够产生所需蛋白质的氨基酸序列。Rosetta先搜索数据库中所有已知的蛋白质结构,寻找与目标结构相似的短蛋白质片段;随后,软件利用蛋白质能量图的基本知识,优化这些片段,并提出了最终的氨基酸序列。为了验证软件的效果,Baker的研究小组将设计的氨...
...了,专家解读:2024诺贝尔化学奖为何颁给蛋白质的AI计算和结构预测
蒋超介绍道,“AlphaFold是DeepMind在2016-2018年中一直在研究的项目。在AlphaGo成功之后,DeepMind转向了基于氨基酸序列的蛋白质结构预测,提出了名为AlphaFold的深度学习算法,其升级版AlphaFold2在国际蛋白质结构预测比赛CASP13中技压群雄,将蛋白质结构预测准确率提升至超过90%。”一般情况下,实验学家会使用X射线晶体学或...
2024年诺贝尔化学奖揭晓!揭开蛋白质折叠的秘密
第一步:贝克依赖于他们开发的Rosetta蛋白质结构预测算法,可以预测氨基酸序列在形成蛋白质时可能采取的三维结构。第二步:利用这个工具,他们针对随机生成的一系列氨基酸序列进行结构预测,这些序列都是在自然界中未被观察到的。如果预测结果显示出合理的蛋白质结构,那么这条氨基酸序列就会被保留下来,反之则抛弃该序列。第...
AI蛋白质折叠:在生命宇宙中漫游,远眺生物经济的流光
该方法的理论基石就是前面说到的“安芬森法则”,即蛋白质会折叠到最小的能量状态,如果能把某个蛋白质的能量最优化,理论上就可以算出它的结构。而把这种方法教给计算机,就可以一步步优化能量,从而达到预测蛋白质结构的目的。然而,基于能量优化的计算方法虽然在一段时间内取得了一定成果,结果却始终无法令人满意,预测...
分析蛋白质功能结构域的策略和步骤
如果可行,可以使用如Phyre2、SWISS-MODEL等工具来预测蛋白质的三维结构。这可以提供关于功能域如何在空间中组织的更多信息。4.功能注释结合文献、已有的数据库和实验数据,为预测的功能域进行功能注释。5.实验验证虽然计算方法可以提供有关蛋白质功能域的有用信息,但实验方法(如点突变、结构生物学研究或功能性测定...
单模型斩获“蛋白质突变预测”榜一,西湖大学提出基于结构词表方法
方法该研究利用Foldseek将蛋白质进行编码,生成了一维的3Di结构序列(使用了Foldseek的结构词表,每种3Ditoken代表不同的局部结构),这样的结构序列与氨基酸序列是等长的(www.e993.com)2024年11月8日。因此研究人员使用了一种简单而有效的结构嵌入方式:将结构词表和氨基酸词表计算笛卡尔积(即两两组合),形成新的结构感知词表。
西湖大学李子青/深圳湾实验室周耀旗等解读AI赋能的蛋白质结构与...
现有方法主要关注蛋白质序列、网络及结构数据,而忽视了蛋白相关文献信息。然而目前大约82%的SwissProt蛋白已拥有专家标注的文献信息。为此我们提出了一种基于深度信息检索的算法GORetriever。大量实验结果表明,GORetriever能显著提高蛋白功能预测性能。GORetriever也是我们开发的GOCurator的核心组件,GOCurator在最近的第五届大...
Cell Press Live:蛋白质结构与功能预测及设计—新闻—科学网
现有方法主要关注蛋白质序列、网络及结构数据,而忽视了蛋白相关文献信息。然而目前大约82%的SwissProt蛋白已拥有专家标注的文献信息。为此我们提出了一种基于深度信息检索的算法GORetriever。大量实验结果表明,GORetriever能显著提高蛋白功能预测性能。GORetriever也是我们开发的GOCurator的核心组件,GOCurator在最近的第五届大...
4000万蛋白结构训练,西湖大学基于结构词表的蛋白质通用大模型
方法本文利用Foldseek将蛋白质进行编码,生成了一维的3Di结构序列(使用了Foldseek的结构词表,每种3Ditoken代表不同的局部结构),这样的结构序列与氨基酸序列是等长的。因此本文使用了一种简单而有效的结构嵌入方式:将结构词表和氨基酸词表计算笛卡尔积(即两两组合),形成新的结构感知词表。这样对于蛋白质的每个位点...
牵手礼来和诺华,谷歌旗下AI公司原子级预测蛋白质三维结构
JohnMoult等生物学家创立了CASP(蛋白质结构预测大赛),来衡量预测蛋白质结构的结果准确性。测试的主要指标是GDT(氨基酸残基在阈值范围内与正确位置的百分比),如果GDT能达到90分以上就可以被认为与实验方法无异。在2020年11月公布的最新一届CASP评估结果中,AlphaFold系统总分为92.4GDT,这意味着预测平均误差约为1.6埃...