中国科大在蛋白质设计领域取得重要进展

作者建立了一种新的统计能量函数,并将胞内进化方法应用于从头设计蛋白可折叠性的高效实验鉴定和改进,用其成功实现给定目标结构的蛋白全序列从头设计。图1从头设计蛋白质的实际空间结构(黄色)与目标结构(红色)比较。作为生命功能的主要执行者,蛋白质氨基酸序列和空间结构之间的关系是科学界悬而未决的课题。如何在广...

灵敏度提高56%,港中文/复旦/耶鲁等联袂提出全新蛋白质同源物检测...

在获得生成的蛋白质嵌入后,该研究将其与标准SCOPe(蛋白质结构分类)数据集上的方法进行比较,从而评估DHR的性能。如下图c所示,DHR数据的灵敏度优于其他方法。DHR与其他方法的灵敏度比较另外,如下图h所示,在d1w0ha查询的具体示例中,PSI-BLAST和MMseqs2都没有匹配到任何结果,但DHR检索到...

...新进展:细胞定向迁移调控分子动力学机制及其功能的结构基础解析

近日,中国科大暨安徽细胞动力学与化学生物学省级实验室细胞迁移与肿瘤转移动力学科研团队,利用功能蛋白质组学、结构生物学及纳米尺度分子成像技术,鉴定了GTP酶激活蛋白ACAP4调控细胞膜动力学的结构基础,并深入解析了细胞外微环境调控肿瘤细胞定向运动的分子动力学机制。6月17日,国际著名学术期刊《美国科学院院报》(Procee...

清华大学药学院学者开发基于蛋白质语言模型的结构与功能预测方法

基于结构的方法如GraphBind利用图神经网络(GNN)来提取蛋白的序列和结构特征,并以此来识别蛋白质分子中哪些氨基酸残基与核酸的结合位置。然而基于结构的方法需要准确的蛋白质结构作为模型的输入,因此,目前基于蛋白质序列的DNA结合位点的预测仍然是一个具有挑战性的问题。田博学课题组于2024年1月在BriefingsinBioinformatic...

蛋白质质谱分析:多肽结构鉴定的新视角

在质谱仪中,蛋白质需要被离子化,通常使用质子化或电子喷雾离子化等方法。离子化后的蛋白质可以更容易地在质谱仪中进行分析。1.3质谱仪分析离子化的蛋白质进入质谱仪后,会经过一系列的分析步骤,包括质量分析和离子碎裂。质量分析可以测量蛋白质的质量,而离子碎裂则可以提供蛋白质的结构信息。

科学家发展聚集态蛋白质组邻近标记分析新方法

刘宇团队从传统有机光敏剂骨架结构出发,发现具有高疏水常数的分子对聚集态蛋白质有更高的结合能力,并将其应用于细胞内的聚集态蛋白质邻近标记和靶向原位交联中(www.e993.com)2024年11月3日。张丽华团队建立了聚集态蛋白质分离富集、蛋白质组学和交联质谱解析新方法,鉴定了药物应激时聚集态蛋白质组的组分及互作网络信息。

...副教授等:辣木籽ACE抑制肽的分离纯化、结构鉴定及其体外活性评价

从辣木籽蛋白酶解产物中分离鉴定到11条肽序列,其中肽QGPRPQ、PPKKKFRTGV、DPNNFT均具有较好的水溶性,分子对接显示肽QGPRPQ与ACE的S1活性口袋的氨基酸残基紧密结合,与ACE活性中心残基形成氢键和疏水键作用,可以较好地抑制ACE活性,是潜在的ACE抑制肽,其IC50值为(1.15±0.3)mmol/L。该ACE抑制肽的二级结构由α-螺旋(...

汇集结构质谱尖兵,开拓蛋白质结构生物学的新天地——第十四届质谱...

研究工作致力于生物大分子质谱新仪器、新方法及其在生命健康领域的应用研究,搭建了世界首台50-150nm可调波长极紫外激光超快解离-串联质谱;提出了位点光解离碎片产率和原位化学标记效率定量表征蛋白质结构变化的两种质谱分析新原理,实现亚微克蛋白质复合物序列和结构变化单氨基酸位点分辨表征;发展了蛋白质-纳米材料界面...

糖蛋白组学新方法,复旦基于Transformer和GNN的混合端到端框架

糖蛋白质组学是在蛋白质组范围内研究蛋白质糖基化,利用液相色谱与串联质谱(MS/MS)联用技术获取糖基化位点、糖基化水平和糖结构的组合信息。然而,由于结构决定离子的出现有限,目前糖蛋白质组学的数据库搜索方法通常难以确定聚糖结构。虽然光谱搜索方法可以利用碎片强度来促进糖肽的结构鉴定,但是光谱库构建的困难阻...

性能大幅提升!华科大团队给出新方法!

准确预测蛋白质间的残基接触可为鉴定蛋白质互作和建模复合物结构提供关键信息,因此,蛋白质间残基接触预测问题作为计算生物物理领域的一个经典问题,受到了广泛的关注。此前的蛋白质间残基接触预测模型主要基于蛋白质间的共进化信息,然而,由于蛋白质间的共进化信息较难准确提取,仅基于共进化信息的预测方法往往精度非常有限...