百小蓁课堂丨基于质谱的抗体从头测序

第一种策略适用于高度纯化的重组抗体,这些抗体可以利用自下而上(BU-MS)方法,通过结合几种不同的蛋白酶和先进的算法进行全测序;第二种通过结合基于质谱的技术和基因组学/转录组学的方法分析内源性抗体,例如全基因组测序或BCR测序生成个性化序列数据库,将BU-MS数据基于此数据库搜索;第三种包括多种基于质谱的从头测...

蛋白质一级结构测序的主要方式

一、Edman降解法Edman降解法是最常用的蛋白质一级结构测序方法,由PehrEdman在1950年代开发。此方法的核心步骤是使用Edman试剂将蛋白质的N末端氨基酸顺序去除和识别,然后反复进行这一过程,从而确定蛋白质的氨基酸序列。尽管这个方法准确并且可靠,但它适合于较小的蛋白质或肽段,因为它不能有效地处理大于50氨基...

...一种基于宏基因组序列空间生成无参考的蛋白质家族的计算方法

通过直接比较两个聚类集(参考与ED蛋白质聚类集),我们发现ED蛋白质聚类集中至少有3个成员的聚类集增加了14倍以上,至少有25个成员的聚类集增加了3倍以上,至少有50和75个成员的聚类集增加了2倍左右,至少有100个成员的聚类集也有所增加(表1)。虽然与参考基因组相比,宏基因组的序列...

准确率比现有方法高50%!谷歌DeepMind全新深度学习模型AlphaFold 3...

论文称，AlphaFold3在预测类似药物的相互作用（包括蛋白质与配体的结合以及抗体与目标蛋白质的结合）方面达到了前所未有的准确性。在基准测试中，AlphaFold3的准确率比现有最好的传统方法高出50%，且无需输入任何结构信息，这使得AlphaFold3成为首个在生物分子结构预测方面超越基于物理工具的方法的人工智能系统。DeepM...

深圳湾实验室周耀旗:填补AlphaFold 2缺口,开启所有蛋白质结构的高...

解决同源序列不足的蛋白质结构预测的两种方法是：用新解析的基因组或宏基因组数据更新序列数据库，并提高同源搜索的灵敏度。这可能对某些蛋白质有效，但不能解决那些缺乏天然同源序列的蛋白质的问题。另外一种方法是，通过学习数据库中的其他进化序列，使用隐含进化信息的蛋白质语言模型。然而，这两种方法均无法对不同...

专访姚建华、杨帆:腾讯 AI Lab 为何瞄准单细胞蛋白质组学

1数据、建模、应用,「三管齐下」雷峰网:首先请两位介绍下,三篇论文的创新点,简要介绍技术实现形式,应用价值,以及对单细胞蛋白质组学这一研究领域的贡献(比如最适合哪些人/机构使用)(www.e993.com)2024年11月8日。杨帆:单细胞测序技术已经取得了飞速发展,尽管单细胞转录组相关的测序技术和计算方法已经相当成熟,但转录水平与蛋白质水平的相关...

Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这

先描述短读长测序的文库构建过程、实验设计注意事项和计算分析流程,探究其应用如此广泛的原因。然后描述单细胞转录组和空间转录组的发展和应用。我们会举例说明RNA-seq在RNA生物学关键研究中的应用,包括转录和翻译的动力学分析,RNA结构,RNA-RNA和RNA-蛋白质间相互作用等。最后我们小小地展望一下RNA-seq的未来,如单...

「耀文解读」一文读懂|mRNA加帽率检测方法汇总

现在酶切前处理结合LC-MS逐步发展为一种高效的mRNA加帽检测分析方法，且已成为行业的金标准以用于关键批次的放行检测。2.5纳米孔测序法纳米孔测序是一种平台技术，可以对修饰/未修饰的mRNA进行直接测序。单个RNA分子被驱动到嵌入合成膜中的纳米级蛋白质通道孔中。RNA的序列通过测量分子穿过孔隙时电流的变化来确定...

追问weekly | 过去一周,脑科学领域有哪些新发现?

阻断ActivinA蛋白质以延长帕金森病治疗效果帕金森病中的新细胞机制早产儿脑室内出血新机制多奈哌齐有望成为厌食症的首个机制性治疗方法AI工具助力痴呆症的精准诊断对话式AIMindTalker帮助缓解痴呆症患者的孤独感肝素硫酸修饰蛋白或成阿尔茨海默病早期治疗新靶点...

整合生命组学数据,揭示生命复杂系统构成原理

1.差异表达分析(DifferentialExpressionAnalysis):通过统计方法识别在不同条件下显著差异表达的基因。2.蛋白-蛋白互作网络分析(Protein-ProteinInteractionNetworkAnalysis):使用STRING,Cytoscape等工具构建蛋白-蛋白互作网络,识别关键节点和模块。例如:用DNAJC5查询STRING蛋白-蛋白相互作用网络。蛋白质之间的彩色线...