国产基因测序仪,在夹缝中爆发

基因测序的读长,是指在一次测序反应中能够测得的DNA序列的长度。在二代测序中,单个DNA分子需要扩增成基因簇进行同步复制,以增强荧光信号强度从而读出DNA序列,因为读长较短,往往在50bp~300bp之间,而纳米孔测序技术获得的测序读长则相对较长。2023年以来,国内纳米孔测序仪市场也悄然爆发。其中,齐碳科技的QNome-3841...

一谱识菌: MALDI-TOF MS 在病原微生物临床应用的专家共识

对不常见病原微生物的鉴定结果,建议查询其基本信息,并采用其他方法学的复核和验证,优先选择基因测序。病原学分子鉴定技术可采取保守区核酸扩增和Sanger测序结合的方式,细菌靶基因首选16SrRNA基因,通过与数据库中已知序列比对,相似度超过98.7%为同一种[48],无已知序列超过阈值则可能是新种;真菌首选ITS基因,通常使...

病原靶向测序(tNGS)——一种快速崛起的感染性疾病诊断方法

1.PCR扩增富集:采用两轮PCR法,第一步PCR是目标序列与基因特异性引物的结合,扩增目标序列;第二步是通过PCR引入带有Index序列的测序通用接头,并对目标序列进行富集,纯化后即可完成检测文库的构建,当然也可以将两步合并为一步,对技术上的要求更加严格。2.靶向富集:常规文库构建后,设计与病原体参考序列互补的小RNA/...

免费领取啦!《单细胞测序方法和应用》送给从事单细胞相关领域的你!

第4章单细胞测序在动态转录组中的应用23一、单细胞转录组动态分析的应用价值23二、单细胞转录组测序的基本原理和步骤24三、用于单细胞测序的微流体装置的开发26四、RNA测序方法的基本步骤27五、已发表的单细胞RNA测序方法及比较29六、分析单细胞转录组数据中的生物信息学挑战36七、单细胞RNA...

Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这

short-read测序是检测和定量转录组范围基因表达的最常见方式,部分原因是因为它比表达芯片更便宜、更易于应用,但更主要的是它可以获得全转录组水平高质量的表达数据。采用Illumina的short-read测序做DGE分析的核心步骤包括RNA提取,cDNA合成,接头连接,PCR扩增,测序和数据分析(图一)。由于mRNA片段化和基于beads的文库纯化过...

12月1日正式实施!高通量测序基因分型系统规范全文及解读

本文件规定了高通量测序基因分型系统的组成、功能要求、性能要求、信息安全要求及测试方法(www.e993.com)2024年11月5日。本文件适用于基于高通量测序的基因分型系统的设计、研发、测试与评估。高通量测序基因分型系统是通过对遗传标记STR、SNP的自动分型实现对生物特征的识别。其流程是将高通量测试设备下机数据经过预处理、序列比对、位点覆盖深度及...

整合生命组学数据,揭示生命复杂系统构成原理

1.差异表达分析(DifferentialExpressionAnalysis):通过统计方法识别在不同条件下显著差异表达的基因。2.蛋白-蛋白互作网络分析(Protein-ProteinInteractionNetworkAnalysis):使用STRING,Cytoscape等工具构建蛋白-蛋白互作网络,识别关键节点和模块。例如:用DNAJC5查询STRING蛋白-蛋白相互作用网络。蛋白质之间的彩色线...

基于影像多组学数据库的无创可视化新方法,揭示乳腺癌肿瘤内异质性...

尽管肿瘤异质性一直受到关注和研究,但传统基于病理活检、基因组测序等方式进行肿瘤异质性评估的方法在临床应用中存在诸多障碍。近期,国际著名综合性学术期刊ScienceAdvances(IF:13.6)在线发表的一项研究建立了大型多中心影像多组学数据库,提取高通量特征将影像转化为数字矩阵,进而关联分子特征和临床预后因素,开发了实现ITH...

2024诺贝尔生理学或医学奖 | microRNA:揭开细胞发育之谜

今年的诺贝尔生理学或医学奖表彰了维克多·安布罗斯(VictorAmbros)和加里·鲁夫坤(GaryRuvkun),他们发现了调控基因活动的一个基本原理。每个细胞都包含相同的染色体,因此每个细胞都拥有完全相同的一套基因和指令。然而,肌肉细胞和神经细胞等不同的细胞类型却表现出

RNA和DNA测序助力儿童淋巴瘤精准诊疗,结合案例分析

同样,在本研究中,患者队列在高质量诊断标准下以无偏倚的方式生成的相关RNAseq和WES数据集未与临床信息相关联,阻碍了这些患者生物标志物和新疗法的开发。现在执行诊断程序为未来改进治疗奠定基础。如果对有临床注释的WES和RNAseq数据集的分析发现了相关靶标,靶向测序将充分发挥其潜力。