同源人类胚胎干细胞衍生的类胰岛细胞揭示20个与2型糖尿病相关基因...
通过比较WT细胞系和覆盖20个基因的KO细胞系,研究人员识别了与T2D相关基因对胰岛β细胞特性、基因表达和染色质可及性的下游影响。研究人员联合模拟了基因表达和染色质可及性与每个细胞特性间的关系并确定了5个编码蛋白质的基因进行因果关系测试。使用EndoC-bH1细胞,CRISPR干扰(CRISPRi)抑制了与胰岛素含量呈正相关的基因...
灵敏度提高56%,港中文/复旦/耶鲁等联袂提出全新蛋白质同源物检测...
然后,该研究利用这些嵌入(embedding)和相似搜索算法(similaritysearchalgorithms)来检索每个查询蛋白的同源体(homologs),通过指定相似度作为检索指标(retrievalmetric),可以比传统方法更准确地找到类似蛋白质,并且使用两个蛋白质之间的相似性进一步分析。最后,JackHMMER构建检索到的同源物MSA,该研究就得到了能...
【Cell子刊】基因泰克:创新推出神经元方案,揭示神经元成熟的不同...
在供体设计中,团队分别在左右同源臂附近,包括一个mScarlet和一个杀稻瘟菌素抗性(BlastR)基因,这有助于通过杀稻瘟菌素选择和目视检查丰富同源定向修复(HDR)。团队还整合了一个错配的向导RNA(gRNA)靶向序列,以便靶向AAVS1的相同gRNA,也使供体质粒线性化,从而提高整合率。考虑到BlastR或mScarlet可能会干扰下游应用,团队...
我科学家发现调控寿命的新基因
对此,研究团队首先查明,叉头框蛋白O在不同模式动物间的二级结构具有较高保守性,这为利用家蚕筛选叉头框蛋白O靶基因提供了依据。研究团队在家蚕中鉴定到叉头框蛋白O的42个候选靶基因,然后利用线虫高效干涉平台,对这些候选靶基因在线虫中的同源基因进行干涉实验。结果发现,线虫的OSER1同源基因表达降低后,寿命缩短幅度...
...胡红霞研究员团队开发针对鲟鱼同源多倍体特征的基因组选择新方法
该研究为包括鲟鱼在内的同源多倍体物种的基因组选择提供方法支撑。鲟鱼为同源多倍体鱼类,如小体鲟为四倍体,俄罗斯鲟、西伯利亚鲟等为八倍体。同源多倍体可通过同一等位基因多个拷贝的加性效应,或通过在基因座或等位基因之间产生更复杂的相互作用(如显性或上位效应)来影响表型,从而影响基因组预测准确性。因此,开发针对...
湖南省疾控中心完成德尔塔新冠病毒基因组测序 和南京疫情本土病例...
疫情,从7月28日拿到湖南省2021年第一例本土新冠肺炎病例标本以来,湖南省疾控中心微生物检验科立即组织专业技术人员,日夜不停地开展测序工作,通过文库制备、簇生成、上机测序与数据比对分析,已经完成测序结果的标本均为德尔塔毒株,从国家疾控中心反馈的结果显示和江苏省报送的南京疫情本土病例新冠病毒基因组序列高度同源(www.e993.com)2024年10月18日。
...Genetics:张强锋/汪阳明/席建忠团队开发鉴定同源lncRNA新方法
该研究开发了一套鉴定不同物种之间同源lncRNA的计算方法(lncHOME)。lncHOME计算方法通过比较基因组和机器学习的人工智能方法,在8种脊椎动物中鉴定出了一类在不同物种中具有保守基因组位置及保守RNA结合蛋白(RBP)结合位点模式的lncRNA(图1)。这些不同物种中潜在同源的lncRNA被命名为coPARSE-lncRNA(lncRNAwithconser...
创模生物:基因工程同源模型的应用前景将更加广阔
疾病预防和治疗:基因工程同源模型可以用于研究疾病的发病机制和药物作用机制,为疾病的预防和治疗提供新的思路和方法。遗传学研究:基因工程同源模型可以用于遗传学研究,为遗传病的诊断和治疗提供新的方法和手段。结论创模生物公司的基因工程同源模型是一种具有重要应用价值的生物信息学工具,它为生物医药领域的研究提供了...
多文聚焦:新方法新技术,助菌群研究更上一层楼
①开发出一种新型测序方式mEnrich-seq,可在测序前富集宏基因组DNA中感兴趣的类群;②该方法利用细菌DNA自然甲基化自我与非自我分化区分,选择甲基化敏感的内切酶消耗宿主和背景类群、富集目标类群;③与文库制备程序结合,可从人尿液和粪便样本中富集(高达117倍)致病或有益细菌,包括难以培养或低丰度物种;④通过对已...
SOFT研究基因组测序揭示HR+/HER2-年轻乳腺癌的基因组特征
研究方法随机、III期临床试验SOFT(NCT00066690)纳入了3066例HR+早期乳腺癌绝经前女性患者,随机分配接受他莫昔芬、他莫昔芬联合OFS或依西美坦联合OFS辅助内分泌治疗5年。本研究针对SOFT研究中HR+/HER2-患者的肿瘤样本进行了基因组测序,以确定绝经前年轻女性患者肿瘤中富集的基因组的驱动因素。