Nature Methods | 新算法利用空间转录组数据构建肿瘤的“空间进化...
此外,研究团队还通过分析乳腺癌患者空间距离大于200μm的两个切片,评估了CalicoST在空间间隔较大的肿瘤切片上的准确性。结果显示,CalicoST推断出的肿瘤克隆与基于5个切片推断出的克隆基本一致。CalicoST在两个切片上推断的等位基因特异性拷贝数谱与通过WES数据推断的基因组CNAs相匹配,分别为79.2%和68.0%。这一结果表...
Nat Commun|空间转录组学和单细胞多组学整合分析构建人类胸腺细胞...
研究团队开发了TSO-his(组织结构的转录组学分割)工具,用于整合单细胞和空间转录组学的多模态数据,并破译人类胸腺的复杂结构。研究描述了细胞类型和关键标志物的动态变化,确定了ELOVL4是皮质中CD4+T细胞阳性选择的介质。利用TSO-his的映射功能,研究人员以单细胞分辨率重建了胸腺空间结构,并概括了经典细胞类型及其对T细胞...
Cell|临床级FFPE样本空间全转录组测序技术
2024年9月30日,耶鲁大学樊荣团队的白志亮博士等在Cell杂志上发表了题为SpatiallyexploringRNAbiologyinarchivalformalin-fixedparaffin-embeddedtissues的论文,报道了全球首个临床级FFPE样本空间全转录组测序技术——Patho-DBiT。该平台巧妙地利用FFPE样本中自然发生的RNA片段化,向广泛多样的RNA分子原位添加poly(A...
【Cell子刊】美国卡内基梅隆大学团队:从空间转录组学中恢复单细胞...
空间转录组学(ST)技术通过将成像与测量组织样本不同位置的基因表达水平的能力相结合,促进了原位细胞研究。尽管越来越多的ST技术不断涌现,例如,ST和Visium,仍然缺乏单细胞水平分析所需的分辨率。在此类技术中,每个测量点覆盖10-20个细胞的组织区域,具体取决于组织,这种分辨率对于代表性良好的大细胞来说可能足够,但对于...
科学家建立高通量大视野空间转录组学新技术
在生物医学研究领域,空间转录组学技术已成为揭示细胞组成、空间异质性以及细胞间复杂相互作用的关键工具,对探讨胚胎发育、神经科学及疾病发生机制等至关重要。然而,该技术在实际应用中受限于成本高昂、视野范围有限和数据处理通量不足等技术瓶颈。这些限制在构建三维及多时空全转录组图谱时尤为突出。
Cell|樊荣团队开发全球首个临床级FFPE样本空间全转录组测序技术
在对室温下存放超过5年的T细胞淋巴瘤样本的分析中,Patho-DBiT精准揭示了淋巴瘤发生的基础生物学机制(www.e993.com)2024年11月18日。其转录组捕获的准确性通过在相邻组织切片上使用CODEX技术进行的高重度免疫荧光空间细胞分型分析得到了验证。团队接下来使用了100×100的微流控设备,以20微米的像素尺寸对10,000个点进行条形码标记,空间解析了被诊断...
【陈巍学基因】视频129:系统地比较 11 种空间转录组方法
内容简介解读论文《Systematiccomparisonofsequencing-basedspatialtranscriptomicmethods》。这篇论文系统地比较11种基于高通量测序的空间转录组方法。论文中设定了3种标准样品,做了35个实验。从:1、捕获效率2、空间分辨率与分子横向扩散3、数据
科学家提出新型空间转录组学技术,或能预测免疫细胞作用机制
这是一种将组织空间信息和基因表达数据结合的技术，通过结合组织切片和转录组测序，能够在组织的空间尺度上对基因表达进行定位。他们在Science发表了首篇通过测序获得空间位置信息的论文，相关技术已于2018年被美国生物技术公司10xGenomics收购，并将Visium空间基因表达解决方案进行商业化[2]。通过该技术，研究...
Nat Commun | 基于单细胞和空间转录组学分析构建NSCLC免疫和非...
此外,研究还使用10xGenomicsVisium平台对8例患者的肿瘤和背景组织切片进行空间转录组学处理。研究鉴定了单核细胞、巨噬细胞、树突状细胞(DC)以及肥大细胞、自然杀伤细胞(NK)细胞、T细胞、B细胞和非免疫细胞亚群。此外,研究还在肿瘤内发现了一个以髓系(LYZ、CD68、CD14、MRC1)和上皮基因(KRT19、EPCAM)共同表达为...
Nature Genetics | 揭示肺纤维化新视界:从小鼠到人的空间转录组学...
空间转录组学(spatialtranscriptomics,SRT)是一种新兴的技术,能够在组织的空间背景下,分析和定位基因表达情况。这项技术允许研究人员在组织切片上识别不同细胞类型及其相互作用,从而提供比单细胞RNA测序(single-cellRNAsequencing,scRNA-seq)更全面的组织结构和功能信息。通过将SRT与scRNA-seq数据整合,研究人员可以更好...